1xxd

Crystal Structure of the FXIa Catalytic Domain in Complex with mutated Ecotin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor XI

Homo sapiens

UniProt P03951

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 388–625 链 B; UniProt 388–625 片段:Catalytic Domain 突变:S75A, T115A Ecotin × 2 (P23827) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.3;293 K;PEG-MME 2000, Ammonium Sulfate, Sodium Cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.91 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA11_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–238; UniProt 388–625 作者链 B; PDB构建体 1–238; UniProt 388–625

Ecotin

Escherichia coli

UniProt P23827

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–162 链 D; UniProt 21–162 突变:P80N, V81D, S82F, M84R, M85V, A86V Coagulation factor XI × 2 (P03951) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.3;293 K;PEG-MME 2000, Ammonium Sulfate, Sodium Cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.91 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ECOT_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–142; UniProt 21–162 作者链 D; PDB构建体 1–142; UniProt 21–162

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1xxd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1xxd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1xxd
沉积日期 deposition_date2004-11-04
结构标题 titleCrystal Structure of the FXIa Catalytic Domain in Complex with mutated Ecotin
关键词 keywordsFXIa; Catalytic domain; Serine protein; Ecotin, BLOOD CLOTTING-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; BLOOD CLOTTING/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.71
零角强度 I(0) i0112377000.00
分子量 molecular_weight84716.0 kDa
排除体积 excluded_volume106190 ų
包络体积 envelope_volume135860 ų
水化壳体积 shell_volume36902 ų
包络直径 envelope_diameter115.2
壳层 Rg shell_rg37.68
包络 Rg envelope_rg31.31
形状 Rg shape_rg31.71
总 Rg total_rg32.19
总原子数 total_atoms5963
残基数 n_residues711
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.0
Rg (实空间) rg_real32.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.84
I(0) (实空间) i0_real1.1240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal112400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6814
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.4
偏度 Skewness skewness0.493
峰度 Kurtosis kurtosis-0.301
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35490000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.885; Smooth: 0.855

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1xxda_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1xxdb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1xxdc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.16 — Ecotin, trypsin inhibitor
超家族 Superfamily superfamilyb.16.1 — Ecotin, trypsin inhibitor
家族 Family familyb.16.1.1 — Ecotin, trypsin inhibitor
结构域编号 domain_idd1xxdd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.16 — Ecotin, trypsin inhibitor
超家族 Superfamily superfamilyb.16.1 — Ecotin, trypsin inhibitor
家族 Family familyb.16.1.1 — Ecotin, trypsin inhibitor

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1xxdA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1xxdA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1xxdB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1xxdB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1xxdC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily550 — Ecotin
结构域编号 domain_id1xxdD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily550 — Ecotin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)