1xxi

ADP Bound E. coli Clamp Loader Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III, delta subunit

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA polymerase III subunit gamma × 3 （P06710） DNA polymerase III, delta prime subunit × 1 （P28631） ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHATE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA polymerase III subunit gamma × 3 （P06710） DNA polymerase III, delta prime subunit × 1 （P28631） ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HOLA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–343； UniProt 1–343 作者链 F； PDB构建体 1–343； UniProt 1–343

DNA polymerase III subunit gamma

Escherichia coli

UniProt P06710

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA polymerase III, delta subunit × 1 （P28630） DNA polymerase III, delta prime subunit × 1 （P28631） ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHATE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA polymerase III, delta subunit × 1 （P28630） DNA polymerase III, delta prime subunit × 1 （P28631） ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3X_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368 作者链 C； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368 作者链 D； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368 作者链 G； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368 作者链 H； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368 作者链 I； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368

DNA polymerase III, delta prime subunit

Escherichia coli

UniProt P28631

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA polymerase III, delta subunit × 1 （P28630） DNA polymerase III subunit gamma × 3 （P06710） ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHATE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA polymerase III, delta subunit × 1 （P28630） DNA polymerase III subunit gamma × 3 （P06710） ZINC ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HOLB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 J； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xxi
沉积日期 deposition_date	2004-11-05
结构标题 title	ADP Bound E. coli Clamp Loader Complex
关键词 keywords	AAA+ ATPase, clamp loader, DNA polymerase III, DNA replication, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1xxi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1xxi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1xxi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.19 Å
Rg（电子密度）	39.21 Å
总 Rg	39.67 Å
原子数	13860
残基数	1766
排除体积	247160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1xxi__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1xxi__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase III, delta subunit
分子量 formula_weight	38745.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	27688

MIRLYPEQLRAQLNEGLRAAYLLLGNDPLLLQESQDAVRQVAAAQGFEEHHTFSIDPNTDWNAIFSLCQAMSLFASRQTLLLLLPENGPNAAINEQLLTLTGLLHDDLLLIVRGNKLSKAQENAAWFTALANRSVQVTCQTPEQAQLPRWVAARAKQLNLELDDAANQVLCYCYEGNLLALAQALERLSLLWPDGKLTLPRVEQAVNDAAHFTPFHWVDALLMGKSKRALHILQQLRLEGSEPVILLRTLQRELLLLVNLKRQSAHTPLRALFDKHRVWQNRRGMMGEALNRLSQTQLRQAVQLLTRTELTLKQDYGQSVWAELEGLSLLLCHKPLADVFIDG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase III subunit gamma
分子量 formula_weight	40900.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,G,H,I

MSYQVLARKWRPQTFADVVGQEHVLTALANGLSLGRIHHAYLFSGTRGVGKTSIARLLAKGLNCETGITATPCGVCDNCREIEQGRFVDLIEIDAASRTKVEDTRDLLDNVQYAPARGRFKVYLIDEVHMLSRHSFNALLKTLEEPPEHVKFLLATTDPQKLPVTILSRCLQFHLKALDVEQIRHQLEHILNEEHIAHEPRALQLLARAAEGSLRDALSLTDQAIASGDGQVSTQAVSAMLGTLDDDQALSLVEAMVEANGERVMALINEAAARGIEWEALLVEMLGLLHRIAMVQLSPAALGNDMAAIELRMRELARTIPPTDIQLYYQTLLIGRKELPYAPDRRMGVEMTLLRALAFHPRMPLPEP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase III, delta prime subunit
分子量 formula_weight	36980.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

MRWYPWLRPDFEKLVASYQAGRGHHALLIQALPGMGDDALIYALSRYLLCQQPQGHKSCGHCRGCQLMQAGTHPDYYTLAPEKGKNTLGVDAVREVTEKLNEHARLGGAKVVWVTDAALLTDAAANALLKTLEEPPAETWFFLATREPERLLATLRSRCRLHYLAPPPEQYAVTWLSREVTMSQDALLAALRLSAGSPGAALALFQGDNWQARETLCQALAYSVPSGDWYSLLAALNHEQAPARLHWLATLLMDALKRHHGAAQVTNVDVPGLVAELANHLSPSRLQAILGDVCHIREQLMSVTGINRELLITDLLLRIEHYLQPGVVLPVPHL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d1xxia1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxia2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1xxib1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxib2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1xxic1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxic2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1xxid1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxid2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1xxie1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxie2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1xxif1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxif2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1xxig1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxig2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1xxih1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxih2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1xxii1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxii2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1xxij1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1xxij2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

▶

晶胞边长 a length_a	98.208 Å
晶胞边长 b length_b	106.574 Å
晶胞边长 c length_c	535.829 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.3660
R_free r_free	0.3690

ADP Bound E. coli Clamp Loader Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III, delta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase III subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase III, delta prime subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xxi__assembly_1__model_1

1xxi__assembly_1__model_1 | I(q)

1xxi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

ADP Bound E. coli Clamp Loader Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III, delta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase III subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase III, delta prime subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1xxi__assembly_1__model_1

1xxi__assembly_1__model_1 | I(q)

1xxi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

7. 引用文献 (1)