1xzx

Thyroxine-Thyroid Hormone Receptor Interactions

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 64.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thyroid hormone receptor beta-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 202–461	片段：ligand binding domain (residues 202-461)	CAC CACODYLATE ION × 6 T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；279 K；sodium acetate, cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.50 Å R-free 0.244
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 202–461	片段：ligand binding domain (residues 202-461)	CAC CACODYLATE ION × 12 T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；279 K；sodium acetate, cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.50 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1XZX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BSX STRUCTURE AND SPECIFICITY OF NUCLEAR RECEPTOR-COACTIVATOR INTERACTIONS 提交 1998-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.9；pH 4.9	分辨率 3.70 Å R-free 0.299
1BSX STRUCTURE AND SPECIFICITY OF NUCLEAR RECEPTOR-COACTIVATOR INTERACTIONS 提交 1998-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.9；pH 4.9	分辨率 3.70 Å R-free 0.299
1N46 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A POTENT SUBTYPE-SELECTIVE THYROMIMETIC 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 204–461（258 aa）链 B 204–461（258 aa）	未记录	PFA [4-(4-HYDROXY-3-ISOPROPYL-PHENOXY)-3,5-DIMETHYL-PHENYL]-6-AZAURACIL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0, temperature 100K	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
1NAX Thyroid receptor beta1 in complex with a beta-selective ligand 提交 2002-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 209–460（252 aa）片段：Ligand binding domain (residues 209-460)	未记录	IH5 {3,5-DICHLORO-4-[4-HYDROXY-3-(PROPAN-2-YL)PHENOXY]PHENYL}ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulphate, TRIS, NDSB-201, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.237
1NAX Thyroid receptor beta1 in complex with a beta-selective ligand 提交 2002-11-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–460（252 aa）片段：Ligand binding domain (residues 209-460)	未记录	IH5 {3,5-DICHLORO-4-[4-HYDROXY-3-(PROPAN-2-YL)PHENOXY]PHENYL}ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulphate, TRIS, NDSB-201, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.237
1NQ0 TR Receptor Mutations Conferring Hormone Resistance and Reduced Corepressor Release Exhibit Decreased Stability in the Nterminal LBD 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：A234T	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1 ARS ARSENIC × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；700 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
1NQ0 TR Receptor Mutations Conferring Hormone Resistance and Reduced Corepressor Release Exhibit Decreased Stability in the Nterminal LBD 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：A234T	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 ARS ARSENIC × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；700 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
1NQ1 TR Receptor Mutations Conferring Hormone Resistance and Reduced Corepressor Release Exhibit Decreased Stability in the Nterminal LBD 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：R243Q	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1 ARS ARSENIC × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；700 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.287
1NQ1 TR Receptor Mutations Conferring Hormone Resistance and Reduced Corepressor Release Exhibit Decreased Stability in the Nterminal LBD 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：R243Q	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 ARS ARSENIC × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；700 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.287
1NQ2 Two RTH Mutants with Impaired Hormone Binding 提交 2003-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	NA SODIUM ION × 1 4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1 ARS ARSENIC × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；700 mM sodium acetate, 200mM sodium succinate 100mM sodium cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
1NQ2 Two RTH Mutants with Impaired Hormone Binding 提交 2003-01-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	NA SODIUM ION × 2 4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 ARS ARSENIC × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；700 mM sodium acetate, 200mM sodium succinate 100mM sodium cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.264
1NUO Two RTH Mutants with Impaired Hormone Binding 提交 2003-01-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 201–461（261 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	未记录	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；277 K；800 mM sodium acetate, 100mM Sodium Cacodylate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.302
1Q4X Crystal Structure of Human Thyroid Hormone Receptor beta LBD in complex with specific agonist GC-24 提交 2003-08-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 209–461（253 aa）片段：Ligand Binding Domain	未记录	G24 [4-(3-BENZYL-4-HYDROXYBENZYL)-3,5-DIMETHYLPHENOXY]ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；291 K；PEG 3350, sodium acetate, glucose, cymal-2, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K	分辨率 2.80 Å R-free 0.264
1R6G Crystal structure of the thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with a beta selective compound 提交 2003-10-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 203–461（259 aa）片段：ligand binding domain	未记录	442 2-[3,5-DIBROMO-4-(4-HYDROXY-3-{HYDROXY[(2-PHENYLETHYL)AMINO]METHYL}PHENOXY)PHENYL]ETHANE-1,1-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；Sodium acetate, sodium cacodylate , pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.347
1Y0X Thyroxine-Thyroid Hormone Receptor Interactions 提交 2004-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 202–461（260 aa）片段：ligand binding domain (residues 202-461)	未记录	CAC CACODYLATE ION × 6 T44 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；279 K；sodium acetate, cacodylate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
1Y0X Thyroxine-Thyroid Hormone Receptor Interactions 提交 2004-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 202–461（260 aa）片段：ligand binding domain (residues 202-461)	未记录	CAC CACODYLATE ION × 12 T44 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；279 K；sodium acetate, cacodylate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
2J4A Human Thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with KB131084 提交 2006-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 209–461（253 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 209-461	突变：YES	OEF 3,5-DIBROMO-4-(3-ISOPROPYL-PHENOXY)BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.45 M AMMONIUMSULFATE, 100 MMTRIS PH8.0, 100MM NDSB	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
2NLL RETINOID X RECEPTOR-THYROID HORMONE RECEPTOR DNA-BINDING DOMAIN HETERODIMER BOUND TO THYROID RESPONSE ELEMENT DNA 提交 1996-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 104–206（103 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALLIZED FROM 40% PEG 3350 25 MM IMADAZOLE BUFFER, PH 7.0, 400 MM NH4CL, 10 MM DTT, AND 5 MM MGCL2	分辨率 1.90 Å R-free 0.269
2PIN Thyroid receptor beta in complex with inhibitor 提交 2007-04-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–461（253 aa）片段：Ligand-binding domain (residues 209-461) 链 B 209–461（253 aa）片段：Ligand-binding domain (residues 209-461)	突变：D355R 突变：D355R	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 LEG 1-(4-HEXYLPHENYL)PROP-2-EN-1-ONE × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
3D57 TR Variant D355R 提交 2008-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–460（252 aa）片段：C-terminal domain 链 B 209–460（252 aa）片段：C-terminal domain	突变：D355R 突变：D355R	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
3GWS Crystal Structure of T3-Bound Thyroid Hormone Receptor 提交 2009-04-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 202–460（259 aa）片段：Ligand Binding Domain (UNP residues 202 to 460)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE, 1.4M SODIUM ACETATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
3IMY Structure of TR-beta bound to selective thyromimetic GC-1 提交 2009-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：UNP residues 202-461	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B72 {4-[4-hydroxy-3-(1-methylethyl)benzyl]-3,5-dimethylphenoxy}acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；100mM NaCac, 1.2M NaAc, 200mM Na succinate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.55 Å R-free 0.271
3IMY Structure of TR-beta bound to selective thyromimetic GC-1 提交 2009-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）片段：UNP residues 202-461	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B72 {4-[4-hydroxy-3-(1-methylethyl)benzyl]-3,5-dimethylphenoxy}acetic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；100mM NaCac, 1.2M NaAc, 200mM Na succinate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.55 Å R-free 0.271
3JZC Crystal Structure of TR-beta bound to the selective thyromimetic TRIAC 提交 2009-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）片段：UNP residues 202-461, Ligand Binding Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	4HY [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；291 K；100mM Sodium Cacodylate, 1.4M sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
4ZO1 Crystal Structure of the T3-bound TR-beta Ligand-binding Domain in complex with RXR-alpha 提交 2015-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 X 210–461（252 aa）片段：ligand binding domain unp residues 210-461	未记录	T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；20% PEG 3350, 100 mM Tris pH 8.0, 0.1 M ammonium acetate, and 1 mM Methoprene acid	分辨率 3.22 Å R-free 0.281
6KKB A novel agonist of THRb 提交 2019-07-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 211–460（250 aa）	未记录	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6KKE THRb mutation with a novel agonist 提交 2019-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–459（249 aa）	突变：H435L	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.58 Å R-free 0.217
6KNU THRb mutation with a novel agonist 提交 2019-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–460（250 aa）	突变：V264D	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0M Sodium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.231
6KNV THRb mutation with a novel agonist 提交 2019-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–460（250 aa）	突变：R438W	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
6KNW THRb mutation with a novel agonist 提交 2019-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 211–460（250 aa）	突变：R438H	8HO 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM Nacl 20% PEG 4000	分辨率 2.67 Å R-free 0.244
7WLX A novel chemical derivative(53) of THRB agonist 提交 2022-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9GC 2-[[1-methoxy-4-oxidanyl-7-[4-(phenylmethyl)phenoxy]isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2% v/v tacsimate pH 5.0, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 16% w/v polyethylene glycol 3,350.	分辨率 2.39 Å R-free 0.270
7WMG A novel chemical derivative(52) of THRB agonist 提交 2022-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IF 2-[[1-methoxy-4-oxidanyl-7-(4-phenoxyphenoxy)isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium formate pH 7.0 and 20% w/v polyethylene glycol 3,350.	分辨率 2.93 Å R-free 0.298
7WMH A novel chemical derivative(56) of THRB agonist 提交 2022-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9II 2-[[1-methoxy-4-oxidanyl-7-(4-phenylphenoxy)isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MgSO4 and 5% PEG 8000	分辨率 1.97 Å R-free 0.253
7WMJ A novel chemical derivative(71) of THRB agonist 提交 2022-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IL 2-[[7-[2,6-dimethyl-4-(phenylcarbonyl)phenoxy]-1-methoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；25% v/v ethylene glycol.	分辨率 2.81 Å R-free 0.274
7WML A novel chemical derivative(85) of THRB agonist 提交 2022-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IQ 2-[[7-[4-(3,5-dimethylphenyl)carbonyl-2,6-dimethyl-phenoxy]-1-ethoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MgSO4 and 12% PEG 6000.	分辨率 2.67 Å R-free 0.245
7WMN A novel chemical derivative(89) of THRB agonist 提交 2022-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IT 2-[[7-[2,6-dimethyl-4-(3-methylphenyl)carbonyl-phenoxy]-1-methoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MgSO4 and 12% PEG 6000.	分辨率 2.57 Å R-free 0.261
7WMO A novel chemical derivative(92) of THRB agonist 提交 2022-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 217–476（260 aa）	未记录	9IW 2-[[1-ethoxy-7-[4-(3-fluoranyl-5-methoxy-phenyl)carbonyl-2,6-dimethyl-phenoxy]-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M sodium malonate pH 6.0 and 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.56 Å R-free 0.241
8RQN Human thyroid hormone receptor beta ligand binding domain in complex with beta-selective agonist ALG-055009 提交 2024-01-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–461（260 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A1H2J 6-azanyl-2-[3,5-bis(chloranyl)-4-[(6-oxidanylidene-5-propan-2-yl-1~{H}-pyridazin-3-yl)oxy]phenyl]-1,2,4-triazine-3,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.40 M NaAcetate, 0.10 M NaCacodylate pH 7.0	分辨率 2.88 Å R-free 0.262
9IX5 An agonist(compound 15n) of Thyroid Hormone Receptor B 提交 2024-07-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 203–461（259 aa）	未记录	A1EAC 2-[(1-methoxy-7-naphthalen-2-yloxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.35 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 22%(w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.65 Å R-free 0.277
9J0K An agonist(compound 14e)of Thyroid Hormone Receptor B 提交 2024-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 202–461（260 aa）	未记录	A1EAE 2-[[7-[3-(aminomethyl)phenoxy]-1-methoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.7 and 13% v/v 1,4-Dioxane	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
9J0K An agonist(compound 14e)of Thyroid Hormone Receptor B 提交 2024-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 202–461（260 aa）	未记录	A1EAE 2-[[7-[3-(aminomethyl)phenoxy]-1-methoxy-4-oxidanyl-isoquinolin-3-yl]carbonylamino]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.3 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.7 and 13% v/v 1,4-Dioxane	分辨率 2.70 Å R-free 0.275

共 33 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 22–281； UniProt 202–461

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xzx
沉积日期 deposition_date	2004-11-12
结构标题 title	Thyroxine-Thyroid Hormone Receptor Interactions
关键词 keywords	HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR, HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR complex; HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.33 Å
零角强度 I(0) i0	14985200.00
分子量 molecular_weight	28382.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34979 Å³
包络体积 envelope_volume	39748 Å³
水化壳体积 shell_volume	18289 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.6 Å
壳层 Rg shell_rg	24.53 Å
包络 Rg envelope_rg	18.80 Å
形状 Rg shape_rg	18.36 Å
总 Rg total_rg	19.14 Å
总原子数 total_atoms	1945
残基数 n_residues	249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7985
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.218
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3455000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thyroid hormone receptor beta-1
分子量 formula_weight	31713.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	2011

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEELQKSIGHKPEPTDEEWELIKTVTEAHVATNAQGSHWKQKRKFLPEDIGQAPIVNAPEGGKVDLEAFSHFTKIITPAITRVVDFAKKLPMFCELPCEDQIILLKGCCMEIMSLRAAVRYDPESETLTLNGEMAVTRGQLKNGGLGVVSDAIFDLGMSLSSFNLDDTEVALLQAVLLMSSDRPGLACVERIEKYQDSFLLAFEHYINYRKHHVTHFWPKLLMKVTDLRMIGACHASRFLHMKVECPTELFPPLFLEVFED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3,5,3'TRIIODOTHYRONINE
分子量 formula_weight	651.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1xzxx1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d1xzxx2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1xzxX00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.764 Å
晶胞边长 b length_b	68.764 Å
晶胞边长 c length_c	130.943 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.840 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/xz/1xzx/1xzx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xz/1xzx/1xzx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xz/1xzx/1xzx.dat