SAXSdb — 1y69

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L16

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 K； UniProt 1–141	未记录	23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65） Ribosome-recycling factor × 1 （P0A805）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.33 Å R-free 0.338

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Y69	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NJM The crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with a tRNA acceptor stem mimic (ASM) and the antibiotic sparsomycin 提交 2003-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 K 2–142（141 aa）	未记录	SPS SPARSOMYCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, SPARSOMYCIN; SOAKING CRYSTALS IN: 0.025mM ASM	分辨率 3.60 Å R-free 0.308
1NJP The crystal structure of the 50S Large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans complexed with a tRNA acceptor stem mimic (ASM) 提交 2003-01-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 K 2–142（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, SPARSOMYCIN; SOAKING CRYSTALS IN: 0.025mM ASM , pH 7.80	分辨率 3.50 Å R-free 0.295
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 K 1–140（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWX COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH ABT-773 提交 2003-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 K 2–142（141 aa）	未记录	773 CETHROMYCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 3.50 Å R-free 0.313
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 K 2–142（141 aa）	未记录	ZIT AZITHROMYCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric	链 K 1–142（142 aa）	未记录	DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K	分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 K 2–142（141 aa）	未记录	MUL TIAMULIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K	分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.	分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.	分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 51	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol	分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol	分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 J 5–140（136 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 198	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 J 5–140（136 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.	分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 J 1–141（141 aa）	未记录	6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol	分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 J 5–140（136 aa）	未记录	QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.	分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 J 5–140（136 aa）	未记录	QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.	分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 J 5–138（134 aa）	未记录	MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.	分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL16_DEIRA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

50S ribosomal protein L27

物种未注明

UniProt Q9RY65

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 U； UniProt 1–91	未记录	23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） Ribosome-recycling factor × 1 （P0A805）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.33 Å R-free 0.338

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Y69	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NKW Crystal Structure Of The Large Ribosomal Subunit From Deinococcus Radiodurans 提交 2003-01-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 U 1–91（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.10 Å R-free 0.274
1NWX COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH ABT-773 提交 2003-02-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 U 1–91（91 aa）	未记录	773 CETHROMYCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；281 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K	分辨率 3.50 Å R-free 0.313
1NWY COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH AZITHROMYCIN 提交 2003-02-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 U 1–91（91 aa）	未记录	ZIT AZITHROMYCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1SM1 COMPLEX OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS WITH QUINUPRISTIN AND DALFOPRISTIN 提交 2004-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric	链 U 1–91（91 aa）	未记录	DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL , PH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K	分辨率 3.42 Å R-free 0.348
1XBP Inhibition of peptide bond formation by pleuromutilins: The structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with Tiamulin 提交 2004-08-31	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 U 1–91（91 aa）	未记录	MUL TIAMULIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；280 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2,KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K	分辨率 3.50 Å R-free 0.360
2ZJP Thiopeptide antibiotic Nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NO1 4-(hydroxymethyl)-3-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 35	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.70 Å R-free 0.340
2ZJQ Interaction of L7 with L11 induced by Microccocin binding to the Deinococcus radiodurans 50S subunit 提交 2008-03-08	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.30 Å R-free 0.339
2ZJR Refined native structure of the large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.91 Å R-free 0.311
3CF5 Thiopeptide antibiotic Thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of Deinococcus radiodurans 提交 2008-03-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.30 Å R-free 0.318
3DLL The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning 提交 2008-06-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 ZLD N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；10mM MgCl2, 60mM NH4Cl, 5mM KCl, 10mM HEPES, pH7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
3PIO Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 154 NA SODIUM ION × 42 K POTASSIUM ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.	分辨率 3.25 Å R-free 0.294
3PIP Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit 提交 2010-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	LC2 N-[(1S,2R,3E,5E,7S,9E,11E,13S,15R,19R)-7,13-dihydroxy-1,4,10,19-tetramethyl-17,18-dioxo-16-oxabicyclo[13.2.2]nonadeca-3,5,9,11-tetraen-2-yl]-2-oxopropanamide × 1 LMA Lankamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 73 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 15% 2:1 ethanol:methylpentanediol was diffused to a hanging drop of 180 AU/ml solution of D50S.	分辨率 3.45 Å R-free 0.301
4IO9 Crystal structure of compound 4d bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 1F2 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.235
4IOA Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 1F3 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15R,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-2-[4-(acetylamino)phenyl]-2,3-dihydro-1H-pyrrole-1-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.230
4IOC Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50S) from Deinococcus radiodurans 提交 2013-01-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 1F4 (3aS,4R,7R,8S,9S,10R,11R,13R,15S,15aR)-4-ethyl-11-methoxy-3a,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,14-trioxo-10-{[3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranosyl]oxy}tetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-8-yl (2R)-4,4-dimethyl-2-(pyridin-3-yl)pyrrolidine-1-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.60 Å R-free 0.239
4U67 Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 提交 2014-07-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 51	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol	分辨率 3.65 Å R-free 0.270
4WFN Crystal structure of the large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans containing a three residue insertion in L22 in complex with erythromycin 提交 2014-09-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 70 ERY ERYTHROMYCIN A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesuim chloride, Hepes, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexadiol	分辨率 3.54 Å R-free 0.282
5DM6 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 T 2–85（84 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 198	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1, 3-hexanediol, ethanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.270
5DM7 Crystal structure of the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with hygromycin A 提交 2015-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric	链 T 2–85（84 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 186 HGR Hygromycin A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；HEPES, sodium hydroxide, magnesium chloride, ammonium chloride, 2-mercaptoethanol, spermidine, 2-ethyl-1,3-hexanediol, ethanol	分辨率 3.00 Å R-free 0.326
5JVG The large ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans in complex with avilamycin 提交 2016-05-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	6NO Avilamycin × 1 MG MAGNESIUM ION × 446 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.	分辨率 3.43 Å R-free 0.253
5JVH The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin 提交 2016-05-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	6O1 Evernimicin × 1 MG MAGNESIUM ION × 123	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol	分辨率 3.58 Å R-free 0.247
7A0R 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 T 12–85（74 aa）	未记录	QTZ mycinamicin II × 1 MG MAGNESIUM ION × 345	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.	分辨率 3.30 Å R-free 0.249
7A0S 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin I 提交 2020-08-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 T 1–91（91 aa）	未记录	QU2 mycinamicin I × 1 MG MAGNESIUM ION × 367 SPD SPERMIDINE × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1 EOH ETHANOL × 1 CA CALCIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.	分辨率 3.22 Å R-free 0.253
7A18 50S Deinococcus radiodurans ribosome bounded with mycinamicin IV 提交 2020-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 T 12–83（72 aa）	未记录	MIV MYCINAMICIN IV × 1 MG MAGNESIUM ION × 277 SPD SPERMIDINE × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293.15 K；Ribosome solution containing 0.0065 mM (180 A/ml) of D50S in 10 mM Hepes pH=7.8, 15 mM MgCl2 and 75 mM NH4Cl crystallization buffer was mixed with 10 mM spermidine, 1 % ethanol and 0.5 % 2-ethyl-1,3-hexanediol precipitants. A 0.005 ml crystallization drop was hanged over 10 % ethanol and 5% 2-ethyl-1,3-hexanediol in ddw reservoir.	分辨率 3.40 Å R-free 0.318

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL27_DEIRA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

Ribosome-recycling factor

Escherichia coli

UniProt P0A805

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 8； UniProt 1–30 链 8； UniProt 106–185	片段：UNP residues 1-30 and 106-185 突变：RRF domain II deletion and GGG insertion	23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L16 × 1 （Q9RXJ5） 50S ribosomal protein L27 × 1 （Q9RY65）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.33 Å R-free 0.338

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Y69	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EK8 CRYSTAL STRUCTURE OF THE RIBOSOME RECYCLING FACTOR (RRF) FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2000-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–185（185 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 3 DEM DECYLOXY-METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；287 K；0.1 M MES-NaOH, 10 % PEG 350 MME, 12 % PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.30 Å R-free 0.297
1ISE Crystal structure of a mutant of ribosome recycling factor from Escherichia coli, Arg132Gly 提交 2001-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–185（185 aa）	突变：R132G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；50mM MES-NaOH, PEG 1500, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.297
1ZN0 Coordinates of RRF and EF-G fitted into Cryo-EM map of the 50S subunit bound with both EF-G (GDPNP) and RRF 提交 2005-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–185（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 15.50 Å
1ZN1 Coordinates of RRF fitted into Cryo-EM map of the 70S post-termination complex 提交 2005-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–185（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 14.10 Å
2RDO 50S subunit with EF-G(GDPNP) and RRF bound 提交 2007-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric	链 8 1–185（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 PolyMix；pH 7.5；PolyMix cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane by Vitrobot	分辨率 9.10 Å
4V9C Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics 提交 2012-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric	链 CY 1–185（185 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 266 NMY NEOMYCIN × 8 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.255
4V9D Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding 提交 2012-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric	链 AY 2–183（182 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
4WOI 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2 提交 2014-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric	链 AV 1–185（185 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 269 PAR PAROMOMYCIN × 6 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KCl, KSCN	分辨率 3.00 Å R-free 0.253

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 8； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 8； PDB构建体 34–113； UniProt 106–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y69
沉积日期 deposition_date	2004-12-04
结构标题 title	RRF domain I in complex with the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans
关键词 keywords	RIBOSOME, 50S, RRF, RECYCLING FACTOR; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.15 Å
零角强度 I(0) i0	39929100000.00
分子量 molecular_weight	974710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	919080 Å³
包络体积 envelope_volume	1765300 Å³
水化壳体积 shell_volume	208800 Å³
包络直径 envelope_diameter	248.8 Å
壳层 Rg shell_rg	75.73 Å
包络 Rg envelope_rg	65.71 Å
形状 Rg shape_rg	66.12 Å
总 Rg total_rg	66.27 Å
总原子数 total_atoms	64484
残基数 n_residues	3217
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	257.5 Å
Rg (实空间) rg_real	70.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0200e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3630e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39970000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8546
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	85.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.676
峰度 Kurtosis kurtosis	0.700
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8338
最高正则化参数 α highest_alpha	5163000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.548; Stabil: 0.864; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.902

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	23S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	933405.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	0
原子数 atom_count	64484

GGUCAAGAUAGUAAGGGUCCACGGUGGAUGCCCUGGCGCUGGAGCCGAUGAAGGACGCGAUUACCUGCGAAAAGCCCCGACGAGCUGGAGAUACGCUUUGACUCGGGGAUGUCCGAAUGGGGAAACCCACCUCGUAAGAGGUAUCCGCAAGGAUGGGAACUCAGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCUGAAGGAGAAGAAAGAGAAUUCGAUUCCGUUAGUAGCGGCGAGCGAACCCGGAUCAGCCCAAACCGAAACGCUUGCGUUUCGGGGUUGUAGGACCAGUUUUUAAGAUUCAACCCCUCAAGCCGAAGUGGCUGGAAAGCUACACCUCAGAAGGUGAGAGUCCUGUAGGCGAACGAGCGGUUGACUGUACUGGCACCUGAGUAGGUCGUUGUUCGUGAAACGAUGACUGAAUCCGCGCGGACCACCGCGCAAGGCUAAAUACUCCCAGUGACCGAUAGCGCAUAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAGAGAACCUGAAACCGUGGACUUACAAGCAGUCAUGGCACCUUAUGCGUGUUAUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUUAGACCUGACGUGCGAGCUUAAGUUGAAAAACGGAGGCGGAGCGAAAGCGAGUCCGAAUAGGGCGGCAUUAGUACGUCGGGCUAGACUCGAAACCAGGUGAGCUAAGCAUGACCAGGUUGAAACCCCCGUGACAGGGGGCGGAGGACCGAACCGGUGCCUGCUGAAACAGUCUCGGAUGAGUUGUGUUUAGGAGUGAAAAGCUAACCGAACCUGGAGAUAGCUAGUUCUCCCCGAAAUGUAUUGAGGUACAGCCUCGGAUGUUGACCAUGUCCUGUAGAGCACUCACAAGGCUAGGGGGCCUACCAGCUUACCAAACCUUAUGAAACUCCGAAGGGGCACGCGUUUAGUCCGGGAGUGAGGCUGCGAGAGCUAACUUCCGUAGCCGAGAGGGAAACAACCCAGACCAUCAGCUAAGGUCCCUAAAUGAUCGCUCAGUGGUUAAGGAUGUGUCGUCGCAUAGACAGCCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCCUUCAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUGACGAUGCGCCGAAAAUGAUCGGGGCUCAAGUGAUCUACCGAAGCUAUGGAUUCAACUCGCGAAGCGAGUUGUCUGGUAGGGGAGCGUUCAGUCCGCGGAGAAGCCAUACCGGAAGGAGUGGUGGAGCCGACUGAAGUGCGGAUGCCGGCAUGAGUAACGAUAAAAGAAGUGAGAAUCUUCUUCGCCGUAAGGACAAGGGUUCCUGGGGAAGGGUCGUCCGCCCAGGGAAAGUCGGGACCUAAGGUGAGGCCGAACGGCGCAGCCGAUGGACAGCAGGUCAAGAUUCCUGCACCGAUCAUGUGGAGUGAUGGAGGGACGCAUUACGCUAUCCAAUGCCAAGCUAUGGCUAUGCUGGUUGGUACGCUCAAGGGCGAUCGGGUCAGAAAAUCUACCGGUCACAUGCCUCAGACGUAUCGGGAGCUUCCUCGGAAGCGAAGUUGGAAACGCGACGGUGCCAAGAAAAGCUUCUAAACGUUGAAACAUGAUUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGUCCGAGUGUCAAUGCACUAAGGCGCGCGAGAGAACCCUCGUUAAGGAACUUUGCAAUCUCACCCCGUAACUUCGGAAGAAGGGGUCCCCACGCUUCGCGUGGGGCGCAGUGAAUAGGCCCAGGCGACUGUUUACCAAAAUCACAGCACUCUGCCAACACGAACAGUGGACGUAUAGGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGGUCAAGUGGAGCGGUGCAAGCUGCGAAAUGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAGGCGUAACGAUCUGGGCGCUGUCUCAACGAGGGACUCGGUGAAAUUGAAUUGGCUGUAAAGAUGCGGCCUACCCGUAGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUAUAGUCUGGCAUUGGGAUUCGGGUUUCUCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGCGAAACUGGCCUUUUGGGGUCGGUGGAGGCAACGGUGAAAUACCACCCUGAGAAACUUGGAUUUCUAACCUGAAAAAUCACUUUCGGGGACCGUGCUUGGCGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCCAAAAUGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCACCUCAAGACGGUUGGAAAUCGUCUGUAGAGCGCAAAGGUAGAAGGUGGCUUGACUGCGAGACUGACACGUCGAGCAGGGAGGAAACUCGGGCUUAGUGAACCGGUGGUACCGUGUGGAAGGGCCAUCGAUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGAGUCCAUAUCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCUACGGGCGCAGGAGAAUUGAGGGGAGUUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGAACGGACCGCUGGUCUCCCUGCUGUCGUACCAACGGCACAUGCAGGGUAGCUAUGUCCGGAACGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCAGCCCCAAGAUGAGUUCUCCCACUGUUUAUCAGGUAAGACUCCCGGAAGACCACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCGAGGUCUUGACCACUC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	39911.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	9

ACACCCCCGUGCCCAUAGCACUGUGGAACCACCCCACCCCAUGCCGAACUGGGUCGUGAAACACAGCAGCGCCAAUGAUACUCGGACCGCAGGGUCCCGGAAAAGUCGGUCAGCGCGGGGGUUU

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L16
分子量 formula_weight	16126.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MLLPKRTKFRKQFRGRMTGDAKGGDYVAFGDYGLIAMEPAWIKSNQIEACRIVMSRHFRRGGKIYIRIFPDKPVTKKPAETRMGKGKGAVEYWVSVVKPGRVMFEVAGVTEEQAKEAFRLAGHKLPIQTKMVKREVYDEAQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L27
分子量 formula_weight	9609.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MAHKKGVGSSKNGRDSNPKYLGVKKFGGEVVKAGNILVRQRGTKFKAGQGVGMGRDHTLFALSDGKVVFINKGKGARFISIEAAQTEVAAD

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ribosome-recycling factor
分子量 formula_weight	12844.6 kDa
突变 mutation	RRF domain II deletion and GGG insertion
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8

MISDIRKDAEVRMDKCVEAFKTQISKIRTGGGGTEERRKDLTKIVRGEAEQARVAVRNVRRDANDKVKALLKDKEISEDDDRRSQDDVQKLTDAAIKKIEAALADKEAELMQF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1y69k1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.41 — alpha/beta-Hammerhead
超家族 Superfamily superfamily	d.41.4 — Ribosomal protein L16p/L10e
家族 Family family	d.41.4.2 — Ribosomal protein L16p

结构域编号 domain_id	d1y69u1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.4 — Ribosomal L27 protein-like
家族 Family family	b.84.4.1 — Ribosomal L27 protein

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1y69800
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribosome-recycling factor

结构域编号 domain_id	1y69K01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1170 — Aldehyde Oxidoreductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L16/L10

结构域编号 domain_id	1y69U01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	168.700 Å
晶胞边长 b length_b	405.000 Å
晶胞边长 c length_c	693.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.330 Å
最低分辨率 resolution_low	8.130 Å
R 因子 r_factor	0.2750
R_work r_work	0.2750
R_free r_free	0.3380

fit	/app/data/saxs_computation/y6/1y69/1y69.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y6/1y69/1y69.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y6/1y69/1y69.dat

RRF domain I in complex with the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L27

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribosome-recycling factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)