1ye9

Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 187.8 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

catalase HPII

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 75–300 链 B； UniProt 75–300 链 C； UniProt 75–300 链 D； UniProt 75–300 链 E； UniProt 309–567 链 F； UniProt 309–567 链 G； UniProt 309–567 链 H； UniProt 309–567	片段：proteolytic fragment, residues 75-300 片段：proteolytic fragment, residues 309-567	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；50mM TrisHCl, 8% PEG 20000, 8% PEG MME 550, 0.2M KSCN, 0.1M dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 75–300 链 J； UniProt 75–300 链 K； UniProt 75–300 链 L； UniProt 75–300 链 M； UniProt 309–567 链 N； UniProt 309–567 链 O； UniProt 309–567 链 P； UniProt 309–567	片段：proteolytic fragment, residues 75-300 片段：proteolytic fragment, residues 309-567	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；50mM TrisHCl, 8% PEG 20000, 8% PEG MME 550, 0.2M KSCN, 0.1M dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YE9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CF9 Structure of the mutant VAL169CYS of catalase HPII from Escherichia coli 提交 1999-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–753（727 aa）链 B 27–753（727 aa）链 C 27–753（727 aa）链 D 27–753（727 aa）	突变：V169C 突变：V169C 突变：V169C 突变：V169C	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；pH 9	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
1GG9 CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, HIS128ASN VARIANT. 提交 2000-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 1.89 Å R-free 0.188
1GGE CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, NATIVE STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION. 提交 2000-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K	分辨率 1.89 Å R-free 0.202
1GGF CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, VARIANT HIS128ASN, COMPLEX WITH HYDROGEN PEROXIDE. 提交 2000-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl. Before data collection the protein crystal was soaked during a few seconds in the solution with 2M hydrogen peroxide., pH 9.0, temperature 297.0K	分辨率 2.28 Å R-free 0.254
1GGH CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, HIS128ALA VARIANT. 提交 2000-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H128A 突变：H128A 突变：H128A 突变：H128A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 2.15 Å R-free 0.206
1GGJ CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, ASN201ALA VARIANT. 提交 2000-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：N201A 突变：N201A 突变：N201A 突变：N201A	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 1.92 Å R-free 0.235
1GGK CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, ASN201HIS VARIANT. 提交 2000-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：N201H 突变：N201H 突变：N201H 突变：N201H	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K	分辨率 2.26 Å R-free 0.208
1IPH STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1995-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1P7Y Crystal structure of the D181A variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181A 突变：D181A 突变：D181A 突变：D181A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.225
1P7Z Crystal structure of the D181S variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181S 突变：D181S 突变：D181S 突变：D181S	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
1P80 Crystal structure of the D181Q variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181Q 突变：D181Q 突变：D181Q 突变：D181Q	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.65 Å R-free 0.202
1P81 Crystal structure of the D181E variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181E 突变：D181E 突变：D181E 突变：D181E	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.81 Å R-free 0.216
1QF7 STRUCTURE OF THE MUTANT HIS392GLN OF CATALASE HPII FROM E. COLI 提交 1999-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：H392Q 突变：H392Q 突变：H392Q 突变：H392Q	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；pH 9	分辨率 2.20 Å R-free 0.210
1QWS Structure of the D181N variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：D181N 突变：D181N 突变：D181N 突变：D181N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；15% PEG 3350, 1.6M LiCl, 0.1M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
28WU Crystal Structure of Catalase HPII (KatE) from Escherichia coli 提交 2026-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；293 K；0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.75, 0.2M Na-acetate, 20% PEG3350.	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
3P9P Structure of I274V variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274V 突变：I274V 突变：I274V 突变：I274V	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
3P9Q Structure of I274C variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.48 Å R-free 0.177
3P9R Structure of I274G variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.184
3P9S Structure of I274A variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.191
3PQ2 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 1-6 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ3 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 7-12 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ4 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 13-18 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ5 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 19-24 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3PQ6 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 25-30 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.191
3PQ7 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 31-36 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3PQ8 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 37-42 提交 2010-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3TTT Structure of F413Y variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413Y 突变：F413Y 突变：F413Y 突变：F413Y	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.189
3TTU Structure of F413Y/H128N double variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.89 Å R-free 0.193
3TTV Structure of the F413E variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.172
3TTW Structure of the F413E variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.62 Å R-free 0.199
3TTX Structure of the F413K variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.74 Å R-free 0.185
3VU3 Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex 提交 2012-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 A 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；0.1M Tris-HCl, 0.18M NaCl, 10% PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.246
4BFL Structure of natively expressed catalase HPII 提交 2013-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；10 % PEG 20000, 20% PEG 500MME, 30 MM SODIUM NITRATE, 30 MM DISODIUM HYDROGENPHOSPHATE, 30 MM AMMONIUM SULFATE, AND 100 MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5	分辨率 1.64 Å R-free 0.202
4ENP Structure of E530A variant E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530A 突变：E530A 突变：E530A 突变：E530A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.162
4ENQ Structure of E530D variant E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.207
4ENR Structure of E530I variant E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
4ENS Structure of E530Q variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：E530Q 突变：E530Q 突变：E530Q 突变：E530Q	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.184
4ENT Structure of the S234A variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
4ENU Structure of the S234D variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.170
4ENV Structure of the S234I variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234I 突变：S234I 突变：S234I 突变：S234I	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4ENW Structure of the S234N variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S234N 突变：S234N 突变：S234N 突变：S234N	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
5BV2 Crystal structure of E. coli HPII catalase variant 提交 2015-06-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 1–753（753 aa）链 Q 1–753（753 aa）链 R 1–753（753 aa）链 S 1–753（753 aa）	未记录	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 GOL GLYCEROL × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 39 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2% PEG20000, 15% PEG5000 MME, 0.1 M potassium chloride, 0.1 M manganese acetate, 0.1 M HEPES	分辨率 1.53 Å R-free 0.132
6BY0 Crystal structure of catalase HPII from E. coli in space group P1 提交 2017-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.085 M sodium HEPES pH 7.5, 17% w/v PEG 4000, 15% v/v glycerol, 8.5% v/v isopropanol or 0.1 M HEPES pH 7.0, 20% w/v PEG 6000, 1.0 M lithium chloride	分辨率 2.93 Å R-free 0.236
6ZTV Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000, 10% MPD	分辨率 1.78 Å R-free 0.229
6ZTW Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 GOL GLYCEROL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000	分辨率 1.84 Å R-free 0.184
6ZTW Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–753（753 aa）链 F 1–753（753 aa）链 G 1–753（753 aa）链 H 1–753（753 aa）	突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 5 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000	分辨率 1.84 Å R-free 0.184
6ZTX Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–753（753 aa）链 B 1–753（753 aa）链 C 1–753（753 aa）链 D 1–753（753 aa）	突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 1.30 Å R-free 0.162

共 46 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 B； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 C； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 D； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 I； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 J； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 K； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 L； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 E； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 F； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 G； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 H； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 M； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 N； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 O； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 P； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ye9
沉积日期 deposition_date	2004-12-28
结构标题 title	Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli
关键词 keywords	catalase HPII, proteolytic truncation, beta barrel core, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.36 Å
零角强度 I(0) i0	2757220000.00
分子量 molecular_weight	443630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	552920 Å³
包络体积 envelope_volume	716550 Å³
水化壳体积 shell_volume	89422 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.2 Å
壳层 Rg shell_rg	69.47 Å
包络 Rg envelope_rg	62.85 Å
形状 Rg shape_rg	64.35 Å
总 Rg total_rg	64.48 Å
总原子数 total_atoms	31472
残基数 n_residues	3832
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	187.8 Å
Rg (实空间) rg_real	64.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8820e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2752000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7475
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.975
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	462800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.628; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.830; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	catalase HPII
分子量 formula_weight	25615.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,I,J,K,L
原子数 atom_count	31715

SENYALTTNQGVRIADDQNSLRAGSRGPTLLEDFILREKITHFDHERIPERIVHARGSAAHGYFQPYKSLSDITKADFLSDPNKITPVFVRFSTVQGGAGSADTVRDIRGFATKFYTEEGIFDLVGNNTPIFFIQDAHKFPDFVHAVKPEPHWAIPQGQSAHDTFWDYVSLQPETLHNVMWAMSDRGIPRSYRTMEGFGIHTFRLINAEGKATFVRFHWKPLAGKA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	catalase HPII
分子量 formula_weight	30072.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,M,N,O,P

KLTGRDPDFHRRELWEAIEAGDFPEYELGFQLIPEEDEFKFDFDLLDPTKLIPEELVPVQRVGKMVLNRNPDNFFAENEQAAFHPGHIVPGLDFTNDPLLQGRLFSYTDTQISRLGGPNFHEIPINRPTCPYHNFQRDGMHRMGIDTNPANYEPNSINDNWPRETPPGPKRGGFESYQERVEGNKVRERSPSFGEYYSHPRLFWLSQTPFEQRHIVDGFSFELSKVVRPYIRERVVDQLAHIDLTLAQAVAKNLGIELT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
分子量 formula_weight	632.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	180

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	1ye9A01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9B01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9C01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9D01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9D03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9I01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9I03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9J01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9J03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9K01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9K02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9K03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9L01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9L03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	111.011 Å
晶胞边长 b length_b	152.888 Å
晶胞边长 c length_c	135.287 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2198
R_work r_work	0.2171
R_free r_free	0.2690

fit	/app/data/saxs_computation/ye/1ye9/1ye9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ye/1ye9/1ye9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ye/1ye9/1ye9.dat

Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

catalase HPII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)