1ye9

Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

catalase HPII

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 water × 8	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 B； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 C； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 D； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 I； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 J； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 K； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 L； PDB构建体 1–226； UniProt 75–300 作者链 E； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 F； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 G； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 H； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 M； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 N； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 O； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567 作者链 P； PDB构建体 1–259； UniProt 309–567

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ye9
沉积日期 deposition_date	2004-12-28
结构标题 title	Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli
关键词 keywords	catalase HPII, proteolytic truncation, beta barrel core, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ye9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ye9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ye9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.73 Å
Rg（电子密度）	35.24 Å
总 Rg	35.88 Å
原子数	15736
残基数	1916
排除体积	276460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ye9__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ye9__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	catalase HPII
分子量 formula_weight	25615.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,I,J,K,L
原子数 atom_count	31715

SENYALTTNQGVRIADDQNSLRAGSRGPTLLEDFILREKITHFDHERIPERIVHARGSAAHGYFQPYKSLSDITKADFLSDPNKITPVFVRFSTVQGGAGSADTVRDIRGFATKFYTEEGIFDLVGNNTPIFFIQDAHKFPDFVHAVKPEPHWAIPQGQSAHDTFWDYVSLQPETLHNVMWAMSDRGIPRSYRTMEGFGIHTFRLINAEGKATFVRFHWKPLAGKA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	catalase HPII
分子量 formula_weight	30072.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,M,N,O,P

KLTGRDPDFHRRELWEAIEAGDFPEYELGFQLIPEEDEFKFDFDLLDPTKLIPEELVPVQRVGKMVLNRNPDNFFAENEQAAFHPGHIVPGLDFTNDPLLQGRLFSYTDTQISRLGGPNFHEIPINRPTCPYHNFQRDGMHRMGIDTNPANYEPNSINDNWPRETPPGPKRGGFESYQERVEGNKVRERSPSFGEYYSHPRLFWLSQTPFEQRHIVDGFSFELSKVVRPYIRERVVDQLAHIDLTLAQAVAKNLGIELT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
分子量 formula_weight	632.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	180

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	1ye9A01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9B01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9C01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9D01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9D03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9I01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9I03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9J01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9J03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9K01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9K02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9K03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

结构域编号 domain_id	1ye9L01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Catalase hpii, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	1ye9L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	470 — catalase hpii fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — catalase hpii domain

结构域编号 domain_id	1ye9L03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — Catalase HPII, helical domain

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晶胞边长 a length_a	111.011 Å
晶胞边长 b length_b	152.888 Å
晶胞边长 c length_c	135.287 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2198
R_work r_work	0.2171
R_free r_free	0.2690

Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

catalase HPII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ye9__assembly_1__model_1

1ye9__assembly_1__model_1 | I(q)

1ye9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

catalase HPII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ye9__assembly_1__model_1

1ye9__assembly_1__model_1 | I(q)

1ye9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)