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1yeg

STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH REACTION PRODUCT

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.7 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG2A FAB FRAGMENT

物种未注明

UniProt P01863

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–99 未记录 IGG2A FAB FRAGMENT × 1 ZN ZINC ION × 7 BPN PARANITROBENZYL ALCOHOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop 分辨率 2.00 Å R-free 0.240
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–99 未记录 IGG2A FAB FRAGMENT × 1 ZN ZINC ION × 7 BPN PARANITROBENZYL ALCOHOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop 分辨率 2.00 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1YEG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GGI CRYSTAL STRUCTURE OF AN HIV-1 NEUTRALIZING ANTIBODY 50.1 IN COMPLEX WITH ITS V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN 提交 1993-04-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–107（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1GGI CRYSTAL STRUCTURE OF AN HIV-1 NEUTRALIZING ANTIBODY 50.1 IN COMPLEX WITH ITS V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN 提交 1993-04-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–107（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1IGT STRUCTURE OF IMMUNOGLOBULIN 提交 1996-10-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–326（326 aa）
链 D 1–326（326 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；291 K；7 MICROLITERS OF 4.3 MG/ML MAB231, 3 MICROLITERS 50 MILLIMOLAR TRIS PH 8.0, AND 7 MICROLITERS 4% PEG 3350 EQUILIBRATED AGAINST 25 ML RESERVOIRS OF 4% PEG 3350, AT 18 DEGREE CELSIUS (SANDWICH PLATE)., temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.297
1YEC STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) 提交 1997-04-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–99（99 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 PNB 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.252
1YEC STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) 提交 1997-04-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–99（99 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 PNB 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.252
1YEF STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH SUBSTRATE ANALOGUE 提交 1997-05-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–99（99 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 PNC PARA-NITROBENZYL GLUTARYL GLYCINIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1YEH STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT 提交 1997-05-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–99（99 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 35% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.55 Å R-free 0.231
1YEH STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT 提交 1997-05-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–99（99 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 35% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.55 Å R-free 0.231
3OZ9 Crystal Structure of anti-gp41 Fab NC-1 提交 2010-09-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–100（100 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.13M sodium citrate, 0.1M sodium borate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.60 Å R-free 0.233
3ZO0 Mouse IgG2a in complex with mouse TRIM21 PRYSPRY 提交 2013-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 120–327（208 aa） 片段：FC, RESIDUES 120-327
未记录 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.99 Å R-free 0.253
5VAA Crystal structure of mouse IgG2a Fc T370K mutant 提交 2017-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 107–330（224 aa） 片段：UNP residues 107-330
链 B 107–330（224 aa） 片段：UNP residues 107-330
突变：T370K 突变：T370K GOL GLYCEROL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% (w/v) PEG 200, 0.1 M MES, pH 6.5
分辨率 1.55 Å R-free 0.195
8AQW BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 98–330（233 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9RBQ Semliki Forest virus trimer 1 in complex with ApoER2 LA5 提交 2025-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 A 99–330（232 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCAA_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 124–222； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1yeg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1yeg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1yeg
沉积日期 deposition_date1997-05-29
结构标题 titleSTRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH REACTION PRODUCT
关键词 keywordsCATALYTIC ANTIBODY; CATALYTIC ANTIBODY
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.95 Å
零角强度 I(0) i040912900.00
分子量 molecular_weight48823.0 kDa
排除体积 excluded_volume60647 ų
包络体积 envelope_volume74898 ų
水化壳体积 shell_volume25276 ų
包络直径 envelope_diameter88.2 Å
壳层 Rg shell_rg31.83 Å
包络 Rg envelope_rg24.62 Å
形状 Rg shape_rg24.83 Å
总 Rg total_rg26.06 Å
总原子数 total_atoms3410
残基数 n_residues426
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.7 Å
Rg (实空间) rg_real26.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real4.0910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal40910000.0000
解质量估计 total_estimate0.9030
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.2 Å
偏度 Skewness skewness0.297
峰度 Kurtosis kurtosis-0.487
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha7339000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.982
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1yegh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1yegh2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1yegl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1yegl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1yegH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1yegH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1yegL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1yegL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)