1yew

Crystal structure of particulate methane monooxygenase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

particulate methane monooxygenase, B subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	particulate methane monooxygenase, A subunit × 1 （Q607G3） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 1 （O05111） COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 3 DINUCLEAR COPPER ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	particulate methane monooxygenase, A subunit × 1 （Q607G3） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 1 （O05111） COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	particulate methane monooxygenase, A subunit × 1 （Q607G3） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 1 （O05111） COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	particulate methane monooxygenase, A subunit × 6 （Q607G3） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 6 （O05111） COPPER (II) ION × 6 ZINC ION × 16 DINUCLEAR COPPER ION × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	particulate methane monooxygenase, A subunit × 6 （Q607G3） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 6 （O05111） COPPER (II) ION × 6 ZINC ION × 16 DINUCLEAR COPPER ION × 6	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	particulate methane monooxygenase, A subunit × 3 （Q607G3） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 3 （O05111） COPPER (II) ION × 3 ZINC ION × 8 DINUCLEAR COPPER ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q49104_METCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–382； UniProt 33–414 作者链 E； PDB构建体 1–382； UniProt 33–414 作者链 I； PDB构建体 1–382； UniProt 33–414

particulate methane monooxygenase, A subunit

Methylococcus capsulatus

UniProt Q607G3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	particulate methane monooxygenase, B subunit × 1 （Q49104） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 1 （O05111） COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 3 DINUCLEAR COPPER ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	particulate methane monooxygenase, B subunit × 1 （Q49104） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 1 （O05111） COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	particulate methane monooxygenase, B subunit × 1 （Q49104） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 1 （O05111） COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	particulate methane monooxygenase, B subunit × 6 （Q49104） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 6 （O05111） COPPER (II) ION × 6 ZINC ION × 16 DINUCLEAR COPPER ION × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	particulate methane monooxygenase, B subunit × 6 （Q49104） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 6 （O05111） COPPER (II) ION × 6 ZINC ION × 16 DINUCLEAR COPPER ION × 6	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	particulate methane monooxygenase, B subunit × 3 （Q49104） particulate methane monooxygenase subunit C2 × 3 （O05111） COPPER (II) ION × 3 ZINC ION × 8 DINUCLEAR COPPER ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q607G3_METCA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–247； UniProt 1–247 作者链 F； PDB构建体 1–247； UniProt 1–247 作者链 J； PDB构建体 1–247； UniProt 1–247

particulate methane monooxygenase subunit C2

Methylococcus capsulatus

UniProt O05111

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	particulate methane monooxygenase, B subunit × 1 （Q49104） particulate methane monooxygenase, A subunit × 1 （Q607G3） COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 3 DINUCLEAR COPPER ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	particulate methane monooxygenase, B subunit × 1 （Q49104） particulate methane monooxygenase, A subunit × 1 （Q607G3） COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 4 DINUCLEAR COPPER ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	particulate methane monooxygenase, B subunit × 1 （Q49104） particulate methane monooxygenase, A subunit × 1 （Q607G3） COPPER (II) ION × 1 ZINC ION × 1 DINUCLEAR COPPER ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	particulate methane monooxygenase, B subunit × 6 （Q49104） particulate methane monooxygenase, A subunit × 6 （Q607G3） COPPER (II) ION × 6 ZINC ION × 16 DINUCLEAR COPPER ION × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	particulate methane monooxygenase, B subunit × 6 （Q49104） particulate methane monooxygenase, A subunit × 6 （Q607G3） COPPER (II) ION × 6 ZINC ION × 16 DINUCLEAR COPPER ION × 6	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	particulate methane monooxygenase, B subunit × 3 （Q49104） particulate methane monooxygenase, A subunit × 3 （Q607G3） COPPER (II) ION × 3 ZINC ION × 8 DINUCLEAR COPPER ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O05111_METCA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 G； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 K； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yew
沉积日期 deposition_date	2004-12-28
结构标题 title	Crystal structure of particulate methane monooxygenase
关键词 keywords	membrane protein, methane, beta barrel, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE, MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1yew__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1yew__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1yew__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.11 Å
Rg（电子密度）	31.62 Å
总 Rg	32.34 Å
原子数	6591
残基数	808
排除体积	118720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1yew__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1yew__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1yew__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1yew__assembly_4__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1yew__assembly_5__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1yew__assembly_6__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	particulate methane monooxygenase, B subunit
分子量 formula_weight	42832.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	19772

HGEKSQAAFMRMRTIHWYDLSWSKEKVKINETVEIKGKFHVFEGWPETVDEPDVAFLNVGMPGPVFIRKESYIGGQLVPRSVRLEIGKTYDFRVVLKARRPGDWHVHTMMNVQGGGPIIGPGKWITVEGSMSEFRNPVTTLTGQTVDLENYNEGNTYFWHAFWFAIGVAWIGYWSRRPIFIPRLLMVDAGRADELVSATDRKVAMGFLAATILIVVMAMSSANSKYPITIPLQAGTMRGMKPLELPAPTVSVKVEDATYRVPGRAMRMKLTITNHGNSPIRLGEFYTASVRFLDSDVYKDTTGYPEDLLAEDGLSVSDNSPLAPGETRTVDVTASDAAWEVYRLSDIIYDPDSRFAGLLFFFDATGNRQVVQIDAPLIPSFM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	particulate methane monooxygenase, A subunit
分子量 formula_weight	28445.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,J

MSAAQSAVRSHAEAVQVSRTIDWMALFVVFFVIVGSYHIHAMLTMGDWDFWSDWKDRRLWVTVTPIVLVTFPAAVQSYLWERYRLPWGATVCVLGLLLGEWINRYFNFWGWTYFPINFVFPASLVPGAIILDTVLMLSGSYLFTAIVGAMGWGLIFYPGNWPIIAPLHVPVEYNGMLMSIADIQGYNYVRTGTPEYIRMVEKGTLRTFGKDVAPVSAFFSAFMSILIYFMWHFIGRWFSNERFLQST

来源 Source

来源生物 organism	Methylococcus capsulatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243233
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	particulate methane monooxygenase subunit C2
分子量 formula_weight	33214.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,K

MHETKQGGEKRFTGAICRCSHRYNSMEVKMAATTIGGAAAAEAPLLDKKWLTFALAIYTVFYLWVRWYEGVYGWSAGLDSFAPEFETYWMNFLYTEIVLEIVTASILWGYLWKTRDRNLAALTPREELRRNFTHLVWLVAYAWAIYWGASYFTEQDGTWHQTIVRDTDFTPSHIIEFYLSYPIYIITGFAAFIYAKTRLPFFAKGISLPYLVLVVGPFMILPNVGLNEWGHTFWFMEELFVAPLHYGFVIFGWLALAVMGTLTQTFYSFAQGGLGQSLCEAVDEGLIAK

来源 Source

来源生物 organism	Methylococcus capsulatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	414
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	1yewA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yewA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	710 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1yewA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3

结构域编号 domain_id	1yewB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1450 — particulate methane monooxygenase, chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A

结构域编号 domain_id	1yewC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Particulate methane monooxygenase subunit c2. Chain: C

结构域编号 domain_id	1yewE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yewE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	710 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1yewE03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3

结构域编号 domain_id	1yewF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1450 — particulate methane monooxygenase, chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A

结构域编号 domain_id	1yewG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Particulate methane monooxygenase subunit c2. Chain: C

结构域编号 domain_id	1yewI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 1

结构域编号 domain_id	1yewI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	710 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1yewI03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Particulate methane monooxygenase, b subunit. Chain: A, domain 3

结构域编号 domain_id	1yewJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1450 — particulate methane monooxygenase, chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonia/particulate methane monooxygenase, subunit A

结构域编号 domain_id	1yewK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Particulate methane monooxygenase subunit c2. Chain: C

▶

晶胞边长 a length_a	264.140 Å
晶胞边长 b length_b	264.140 Å
晶胞边长 c length_c	150.005 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.801 Å
最低分辨率 resolution_low	29.550 Å
R 因子 r_factor	0.2730
R_work r_work	0.2715
R_free r_free	0.3016

Crystal structure of particulate methane monooxygenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

particulate methane monooxygenase, B subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

particulate methane monooxygenase, A subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

particulate methane monooxygenase subunit C2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yew__assembly_1__model_1

1yew__assembly_1__model_1 | I(q)

1yew__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of particulate methane monooxygenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

particulate methane monooxygenase, B subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

particulate methane monooxygenase, A subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

particulate methane monooxygenase subunit C2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1yew__assembly_1__model_1

1yew__assembly_1__model_1 | I(q)

1yew__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)