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1yje

Crystal structure of the rNGFI-B ligand-binding domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Orphan nuclear receptor NR4A1

Rattus norvegicus

UniProt P22829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 354–597 片段：ligand-binding domain 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；290 K；NaCl, BisTris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K 分辨率 2.40 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1YJE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CIT DNA-BINDING MECHANISM OF THE MONOMERIC ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B 提交 1999-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 268–356（89 aa） 片段：DNA-BINDING DOMAIN AND C-TERMINAL EXTENSION
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN/DNA COMPLEX CRYSTALS WERE GROWN USING THE VAPOR DIFFUSION METHOD AT 27 DEGREES CELSIUS. THE RESEVOIR CONTAINS 50 MM MORPHOLINO-SULFONIC ACID PH7.0, 250MM AMMONIUM CHLORIDE, 30 % PEG 4000, 5 MM DTT. THE DROPS CONTAINED A 1:1 RATIO OF PROTEIN-COMPLEX TO RESEVOIR.
分辨率 2.70 Å R-free 0.295

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NR4A1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 21–264； UniProt 354–597

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1yje

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1yje
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1yje
沉积日期 deposition_date2005-01-14
结构标题 titleCrystal structure of the rNGFI-B ligand-binding domain
关键词 keywords;NGFI-B, Nur77, Nuclear receptor, ligand-binding domain, novel coregulator interface, cell-specific, Structural Proteomics in Europe, SPINE, Structural Genomics, TRANSCRIPTION ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.44 Å
零角强度 I(0) i010058500.00
分子量 molecular_weight24509.0 kDa
排除体积 excluded_volume31117 ų
包络体积 envelope_volume35473 ų
水化壳体积 shell_volume17146 ų
包络直径 envelope_diameter61.0 Å
壳层 Rg shell_rg23.38 Å
包络 Rg envelope_rg17.71 Å
形状 Rg shape_rg17.43 Å
总 Rg total_rg18.44 Å
总原子数 total_atoms1726
残基数 n_residues226
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.6 Å
Rg (实空间) rg_real18.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10060000.0000
解质量估计 total_estimate0.8136
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1 Å
偏度 Skewness skewness0.196
峰度 Kurtosis kurtosis-0.359
角度范围 angular_range— – 0.4250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1884000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1yjea_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1yjeA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)