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1z19

Crystal structure of a lambda integrase(75-356) dimer bound to a COC' core site

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

Enterobacteria phage lambda

UniProt P03700

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 4 DNA 6 5'-D(*CP*TP*CP*GP*TP*TP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3' × 2 5'-D(P*TP*TP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*TP*TP*A)-3' × 2 33-MER × 2 water × 6 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1kjk 2oxo

共 2 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1ae9

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物
1p7d 1p7d 1z19 1z1b 1z1g 2wcc 5j0n

共 7 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VINT_LAMBD
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 74–356 作者链 B； PDB构建体 1–283； UniProt 74–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1z19
沉积日期 deposition_date2005-03-03
结构标题 titleCrystal structure of a lambda integrase(75-356) dimer bound to a COC' core site
关键词 keywordsPROTEIN-DNA COMPLEX, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1z19__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1z19__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1z19__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）36.69 Å
Rg（电子密度）35.90 Å
总 Rg36.40 Å
原子数11292
残基数1210
排除体积193710 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1z19__assembly_1__model_1 decameric （10） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1z19a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamilyd.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family familyd.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core
结构域编号 domain_idd1z19b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamilyd.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family familyd.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1z19A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — Tyrosine recombinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1z19A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology443 — hpI Integrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Intergrase catalytic core
结构域编号 domain_id1z19B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily130 — Tyrosine recombinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1z19B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology443 — hpI Integrase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Intergrase catalytic core
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7. 引用文献 (1)