SAXSdb — 1z1g

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 8	29-MER × 1 29-MER × 1 29-MER × 1 29-MER × 1 5'-D(APCPAPGPGPTPCPAPCPTPAPTPCPAPGPTPCPAPAPAPAPTPAPCP*C)-3' × 2 25-MER × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VINT_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356 作者链 B； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356 作者链 C； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356 作者链 D； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z1g
沉积日期 deposition_date	2005-03-03
结构标题 title	Crystal structure of a lambda integrase tetramer bound to a Holliday junction
关键词 keywords	Protein-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1z1g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1z1g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1z1g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.25 Å
Rg（电子密度）	42.32 Å
总 Rg	42.67 Å
原子数	15156
残基数	1558
排除体积	256010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1z1g__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	29-MER
分子量 formula_weight	8867.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	15156

AACTCTGCTTTTTACAACAAAGTTGGATC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	29-MER
分子量 formula_weight	8940.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CGCTCAAGTTTATATTAAAAAGCAGAGTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	29-MER
分子量 formula_weight	8898.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

TTGCCAGCTTTATTATATAAACTTGAGCG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	29-MER
分子量 formula_weight	8941.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

GATCCAACTTTGTTGAATAAAGCTGGCAA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	5'-D(APCPAPGPGPTPCPAPCPTPAPTPCPAPGPTPCPAPAPAPAPTPAPCP*C)-3'
分子量 formula_weight	7620.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G

ACAGGTCACTATCAGTCAAAATACC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	25-MER
分子量 formula_weight	7735.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H

GGTATTTTGACTGATAGTGACCTGT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	40732.3 kDa
突变 mutation	Y342F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

MGRRRSHERRDLPPNLYIRNNGYYCYRDPRTGKEFGLGRDRRIAITEAIQANIELFSGHKHKPLTARINSDNSVTLHSWLDRYEKILASRGIKQKTLINYMSKIKAIRRGLPDAPLEDITTKEIAAMLNGYIDEGKAASAKLIRSTLSDAFREAIAEGHITTNHVAATRAAKSEVRRSRLTADEYLKIYQAAESSPCWLRLAMELAVVTGQRVGDLCEMKWSDIVDGYLYVEQSKTGVKIAIPTALHIDALGISMKETLDKCKEILGGETIIASTRREPLSSGTVSRYFMRARKASGLSFEGDPPTFHELRSLSARLYEKQISDKFAQHLLGHKSDTMASQFRDDRGREWDKIEIK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1z1ga1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.10 — DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.10.1 — DNA-binding domain
家族 Family family	d.10.1.4 — lambda integrase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1z1ga2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

结构域编号 domain_id	d1z1gb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.10 — DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.10.1 — DNA-binding domain
家族 Family family	d.10.1.4 — lambda integrase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1z1gb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

结构域编号 domain_id	d1z1gc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.10 — DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.10.1 — DNA-binding domain
家族 Family family	d.10.1.4 — lambda integrase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1z1gc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

结构域编号 domain_id	d1z1gd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.10 — DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.10.1 — DNA-binding domain
家族 Family family	d.10.1.4 — lambda integrase N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1z1gd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.1 — Lambda integrase-like, catalytic core

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晶胞边长 a length_a	109.759 Å
晶胞边长 b length_b	109.759 Å
晶胞边长 c length_c	265.971 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2468
R_work r_work	0.2444
R_free r_free	0.2921

Crystal structure of a lambda integrase tetramer bound to a Holliday junction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1z1g__assembly_1__model_1

1z1g__assembly_1__model_1 | I(q)

1z1g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a lambda integrase tetramer bound to a Holliday junction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1z1g__assembly_1__model_1

1z1g__assembly_1__model_1 | I(q)

1z1g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)