1z9j

Photosynthetic Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z9j
沉积日期 deposition_date	2005-04-02
结构标题 title	Photosynthetic Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides
关键词 keywords	Alpha Helix, Membrane Protein, Mutant, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.52 Å
零角强度 I(0) i0	120973000.00
分子量 molecular_weight	97862.0 kDa
排除体积 excluded_volume	126610 Å³
包络体积 envelope_volume	145900 Å³
水化壳体积 shell_volume	41135 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.02 Å
包络 Rg envelope_rg	28.61 Å
形状 Rg shape_rg	28.51 Å
总 Rg total_rg	29.41 Å
总原子数 total_atoms	6955
残基数 n_residues	821
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.4 Å
Rg (实空间) rg_real	29.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.73 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	121000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9087
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.158
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.943

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	31371.4 kDa
突变 mutation	L131H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6957

ALLSFERKYRVPGGTLVGGNLFDFWVGPFYVGFFGVATFFFAALGIILIAWSAVLQGTWNPQLISVYPPALEYGLGGAPLAKGGLWQIITICATGAFVSWALREVEICRKLGIGYHIPFAFAFAILAYLTHVLFRPVMMGAWGYAFPYGIWTHLDWVSNTGYTYGNFHYNPAHMIAISFFFTNALALALHGALVLSAANPEKGKEMRTPDHEDTFFRDLVGYSIGTLGIHRLGLLLSLSAVFFSALCMIITGTIWFDQWVDWWQWWVKLPWWANIPGGING

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
通用名 common_name	Rhodopseudomonas sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	34476.4 kDa
突变 mutation	L160H, R164Y, M168E, F197H, G288D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AEYQNIFSQVQVRGPADLGMTEDVNLANRSGVGPFSTLLGWFGNAQLGPIYLGSLGVLSLFSGLMWFFTIGIWFWYQAGWNPAVFLRDLFFFSLEPPAPEYGLSFAAPLKEGGLWLIASFFMFVAVWSWWGRTYLRAQALGMGKHTAWAFLSAIWLWMVHGFIYPILEGSWSEAVPYGIFSHLDWTNNFSLVHGNLHYNPFHGLSIAFLYGSALLFAMHGATILAVSRFGGERELEQIADRGTAAERAALFWRWTMGFNATMEGIHRWAIWMAVLVTLTGGIGILLSDTVVDNWYVWGQNHGMAPLN

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
通用名 common_name	Rhodopseudomonas sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	28066.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVGVTAFGNFDLASLAIYSFWIFLAGLIYYLQTENMREGYPLENEDGTPAANQGPFPLPKPKTFILPHGRGTLTVPGPESEDRPIALARTAVSEGFPHAPTGDPMKDGVGPASWVARRDLPELDGHGHNKIKPMKAAAGFHVSAGKNPIGLPVRGCDLEIAGKVVDIWVDIPEQMARFLEVELKDGSTRLLPMQMVKVQSNRVHVNALSSDLFAGIPTIKSPTEVTLLEEDKICGYVAGGLMYAAPKRKSVVAAMLAEYA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter sphaeroides
通用名 common_name	Rhodopseudomonas sphaeroides
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1063
宿主生物 host_organism	Rhodobacter sphaeroides

Entity 4 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	203.840 Å
晶胞边长 b length_b	203.840 Å
晶胞边长 c length_c	119.890 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 2 2
空间群编号 int_tables_number	93
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.960 Å
R 因子 r_factor	0.2990
R_work r_work	0.2990
R_free r_free	0.3380

fit	/app/data/saxs_computation/z9/1z9j/1z9j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/1z9j/1z9j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z9/1z9j/1z9j.dat

Photosynthetic Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)