1z9k

Photosynthetic Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Reaction center protein L chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P02954

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–281 未记录 Reaction center protein M chain × 1 (P02953) Reaction center protein H chain × 1 (P11846) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 U10 UBIQUINONE-10 × 2 FE FE (III) ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;PEG, NaCL, MnCl, LDAO, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 4.60 Å R-free 0.330
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–281 未记录 Reaction center protein M chain × 2 (P02953) Reaction center protein H chain × 2 (P11846) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 8 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 4 U10 UBIQUINONE-10 × 4 FE FE (III) ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;PEG, NaCL, MnCl, LDAO, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 4.60 Å R-free 0.330

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RCEL_RHOSH
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–281; UniProt 1–281

Reaction center protein M chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P02953

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–307 未记录 Reaction center protein L chain × 1 (P02954) Reaction center protein H chain × 1 (P11846) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 U10 UBIQUINONE-10 × 2 FE FE (III) ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;PEG, NaCL, MnCl, LDAO, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 4.60 Å R-free 0.330
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–307 未记录 Reaction center protein L chain × 2 (P02954) Reaction center protein H chain × 2 (P11846) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 8 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 4 U10 UBIQUINONE-10 × 4 FE FE (III) ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;PEG, NaCL, MnCl, LDAO, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 4.60 Å R-free 0.330

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RCEM_RHOSH
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–307; UniProt 1–307

Reaction center protein H chain

Rhodobacter sphaeroides

UniProt P11846

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–260 未记录 Reaction center protein L chain × 1 (P02954) Reaction center protein M chain × 1 (P02953) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 4 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 2 U10 UBIQUINONE-10 × 2 FE FE (III) ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;PEG, NaCL, MnCl, LDAO, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 4.60 Å R-free 0.330
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–260 未记录 Reaction center protein L chain × 2 (P02954) Reaction center protein M chain × 2 (P02953) BCL BACTERIOCHLOROPHYLL A × 8 BPH BACTERIOPHEOPHYTIN A × 4 U10 UBIQUINONE-10 × 4 FE FE (III) ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;PEG, NaCL, MnCl, LDAO, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 4.60 Å R-free 0.330

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RCEH_RHOSH
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1z9k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1z9k
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1z9k
沉积日期 deposition_date2005-04-02
结构标题 titlePhotosynthetic Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides
关键词 keywordsALPHA HELIX, MEMBRANE PROTEIN, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.63
零角强度 I(0) i0120437000.00
分子量 molecular_weight97764.0 kDa
排除体积 excluded_volume126630 ų
包络体积 envelope_volume149890 ų
水化壳体积 shell_volume42021 ų
包络直径 envelope_diameter94.7
壳层 Rg shell_rg37.19
包络 Rg envelope_rg28.74
形状 Rg shape_rg28.62
总 Rg total_rg29.55
总原子数 total_atoms6946
残基数 n_residues821
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.9
Rg (实空间) rg_real29.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real1.2040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal120400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9082
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.8
偏度 Skewness skewness0.159
峰度 Kurtosis kurtosis-0.566
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17030000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.942

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1z9ka1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamilyf.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family familyf.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
结构域编号 domain_idd1z9kb1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.26 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
超家族 Superfamily superfamilyf.26.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits
家族 Family familyf.26.1.1 — Bacterial photosystem II reaction centre, L and M subunits

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)