1ze3

Crystal Structure of the Ternary Complex of FIMD (N-Terminal Domain) with FIMC and the Pilin Domain of FIMH

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone protein fimC

Escherichia coli

UniProt P31697

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 37–241 片段:FimC FimH protein × 1 (P08191) Outer membrane usher protein fimD × 1 (P30130) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 6000, MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.84 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMC_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–205; UniProt 37–241

FimH protein

Escherichia coli

UniProt P08191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 179–300 片段:FimH pilin domain Chaperone protein fimC × 1 (P31697) Outer membrane usher protein fimD × 1 (P30130) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 6000, MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.84 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMH_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–122; UniProt 179–300

Outer membrane usher protein fimD

Escherichia coli

UniProt P30130

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 46–170 片段:FimD N-terminal domain Chaperone protein fimC × 1 (P31697) FimH protein × 1 (P08191) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;PEG 6000, MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.84 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMD_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–125; UniProt 46–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ze3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ze3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ze3
沉积日期 deposition_date2005-04-17
结构标题 titleCrystal Structure of the Ternary Complex of FIMD (N-Terminal Domain) with FIMC and the Pilin Domain of FIMH
关键词 keywordsUsher, soluble domain, ternary complex with chaperone and pilus subunit, CHAPERONE-STRUCTURAL-MEMBRANE PROTEIN COMPLEX; CHAPERONE/STRUCTURAL/MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.92
零角强度 I(0) i039918000.00
分子量 molecular_weight48528.0 kDa
排除体积 excluded_volume60683 ų
包络体积 envelope_volume75538 ų
水化壳体积 shell_volume25519 ų
包络直径 envelope_diameter92.6
壳层 Rg shell_rg31.70
包络 Rg envelope_rg26.40
形状 Rg shape_rg25.88
总 Rg total_rg26.70
总原子数 total_atoms3404
残基数 n_residues443
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.4
Rg (实空间) rg_real26.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real3.9920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal39920000.0000
解质量估计 total_estimate0.6742
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.8
偏度 Skewness skewness0.364
峰度 Kurtosis kurtosis-0.371
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7518000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.089; Positv: 1.000; Valcen: 0.912; Smooth: 0.894

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1ze3c1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.11 — PapD-like
家族 Family familyb.1.11.1 — Pilus chaperone
结构域编号 domain_idd1ze3c2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.2 — Periplasmic chaperone C-domain
家族 Family familyb.7.2.1 — Periplasmic chaperone C-domain
结构域编号 domain_idd1ze3d1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.167 — FimD N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.167.1 — FimD N-terminal domain-like
家族 Family familyb.167.1.1 — Usher N-domain
结构域编号 domain_idd1ze3h_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1ze3C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ze3C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1ze3D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily410 — PapC, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1ze3H00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)