SAXSdb — 1zk9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor RelB

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 277–378	片段：dimerization domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 8000, ammonium sulfate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.18 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZK9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZKA NF-kB RelB forms an intertwined homodimer, Y300S mutant 提交 2005-05-02	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 277–378（102 aa）片段：dimerization domain	突变：Y300S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 8000,AS, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
2V2T X-ray structure of a NF-kB p50-RelB-DNA complex 提交 2007-06-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 91–378（288 aa）片段：RESIDUES 91-378	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；5% PEG3350 100 MM NACITRATE 1MM SPERMINE 5MM DTT, pH 7	分辨率 3.05 Å R-free 0.276
3JSS Crystal structure of a mutant RelB dimerization domain 提交 2009-09-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 278–378（101 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 278-378)	突变：V314R, A324G, F358Q, L362K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG800, 0.1M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.259
3JUZ Crystal structure of a mutant of RelB dimerization domain(M5) 提交 2009-09-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 278–378（101 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 278-378)	突变：V314R, A324G, F358Q, L362K, N287D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20 % PEG8000, 0.1 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.51 Å R-free 0.226
3JV0 Crystal structure of a mutant of RelB dimerization domain(M6) 提交 2009-09-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 278–378（101 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 278-378)	突变：V314R, A324G, F358Q, L362K, N287D, I335F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20 % PEG8000, 0.1 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.258
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 278–378（101 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 278-378)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.15 Å R-free 0.280
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 278–378（101 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 278-378)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.15 Å R-free 0.280
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 278–378（101 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 278-378)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.15 Å R-free 0.280
3JV6 Crystal structure of the dimerization domains p52 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 278–378（101 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 278-378)	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 8000, ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.78 Å R-free 0.248
3JV6 Crystal structure of the dimerization domains p52 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 278–378（101 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 278-378)	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 8000, ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.78 Å R-free 0.248
3JV6 Crystal structure of the dimerization domains p52 and RelB 提交 2009-09-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 278–378（101 aa）片段：dimerization domain (UNP residues 278-378)	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 8000, ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.78 Å R-free 0.248
4JGM Crystal structure of RelB double mutants: Y300F/I335V 提交 2013-03-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 277–378（102 aa）片段：Dimerization domain	突变：Y300F, I335V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
4JHB Crystal structure of RelB double mutants: Y300F/I335F 提交 2013-03-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 277–378（102 aa）片段：Dimerization domain	突变：Y300F, I335F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；30% PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.44 Å R-free 0.226

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RELB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–110； UniProt 277–378

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zk9
沉积日期 deposition_date	2005-05-02
结构标题 title	NF-kB RelB forms an intertwined homodimer
关键词 keywords	NF-kB, Transcription factors, intertwined dimer, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.63 Å
零角强度 I(0) i0	3237530.00
分子量 molecular_weight	12365.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15448 Å³
包络体积 envelope_volume	24284 Å³
水化壳体积 shell_volume	11909 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.1 Å
壳层 Rg shell_rg	22.79 Å
包络 Rg envelope_rg	18.85 Å
形状 Rg shape_rg	19.62 Å
总 Rg total_rg	20.34 Å
总原子数 total_atoms	869
残基数 n_residues	110
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2380e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2670e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3238000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9079
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.274
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.577
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	287800.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1zk9a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1zk9a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1zk9A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.200 Å
晶胞边长 b length_b	69.200 Å
晶胞边长 c length_c	64.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.180 Å
最低分辨率 resolution_low	14.980 Å
R 因子 r_factor	0.1950
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2180

描述 description	Transcription factor RelB
分子量 formula_weight	12400.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	972

NF-kB RelB forms an intertwined homodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor RelB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	103

fit	/app/data/saxs_computation/zk/1zk9/1zk9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zk/1zk9/1zk9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zk/1zk9/1zk9.dat