SAXSdb — 1zne

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major Urinary Protein

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–180	未记录	CD CADMIUM ION × 5 HE2 HEXAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291 K；CdCl, Malate, HCl, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZNE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DF3 SOLUTION STRUCTURE OF A RECOMBINANT MOUSE MAJOR URINARY PROTEIN 提交 1999-11-17	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–180（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM PHOSPHATE；压力 AMBIENT NMR样品组成 UNIFORMLY 15N- AND 13C/15N-LABELLED RECOMBINANT MUP FROM MOUSE; 10MM PHOSPHATE BUFFER	分辨率未提供
1JV4 Crystal structure of recombinant major mouse urinary protein (rmup) at 1.75 A resolution 提交 2001-08-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–180（162 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 7 TZL 2-(SEC-BUTYL)THIAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；60mM CdCl2 and sodium phosphate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.265
1ZND Strong Solute-Solute Dispersive Interactions in a Protein-Ligand Complex 提交 2005-05-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–180（162 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 PE9 PENTAN-1-OL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291 K；CdCl, malate, HCl, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
1ZNG Strong Solute-Solute Dispersive Interactions in a Protein-Ligand Complex 提交 2005-05-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–180（162 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 HE4 HEPTAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291 K；CdCl, malate, HCl, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.216
1ZNH Strong Solute-Solute Dispersive Interactions in a Protein-Ligand Complex 提交 2005-05-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–180（162 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 6 OC9 OCTAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291 K；CdCl Malate/HCl, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
1ZNK Strong Solute-Solute Dispersive Interactions in a Protein-Ligand Complex 提交 2005-05-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–180（162 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 F09 NONAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291 K；CdCl, malate, HCl , pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.255
1ZNL Strong Solute-Solute Dispersive Interactions in a Protein-Ligand Complex 提交 2005-05-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–180（162 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4 DE1 DECAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291 K；CADMIUM CHLORIDE, MALATE, HCL, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
2DM5 Thermodynamic Penalty Arising From Burial of a Ligand Polar Group Within a Hydrophobic Pocket of a Protein Receptor 提交 2006-04-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–180（162 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4 ODI OCTANE-1,8-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；291 K；CADMIUM CHLORIDE, MALATE, HCL, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
2NND The Structural Identification of the Interaction Site and Functional State of RBP for its Membrane Receptor 提交 2006-10-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–75（57 aa）链 A 82–180（99 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4 PRZ 2-ISOBUTYL-3-METHOXYPYRAZINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291 K；CdCl, malate buffer, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.227
2NNE The Structural Identification of the Interaction Site and Functional State of RBP for its Membrane Receptor 提交 2006-10-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–75（57 aa）链 A 82–180（99 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；291 K；CdCl, malate buffer, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.240

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MUP2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–174； UniProt 19–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zne
沉积日期 deposition_date	2005-05-11
结构标题 title	Strong Solute-Solute Dispersive Interactions in a Protein-Ligand Complex
关键词 keywords	LIPOCALIN, BETA-BARREL, Transport Protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.84 Å
零角强度 I(0) i0	7556680.00
分子量 molecular_weight	18746.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22753 Å³
包络体积 envelope_volume	25625 Å³
水化壳体积 shell_volume	14375 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.6 Å
壳层 Rg shell_rg	21.02 Å
包络 Rg envelope_rg	15.22 Å
形状 Rg shape_rg	14.74 Å
总 Rg total_rg	16.17 Å
总原子数 total_atoms	1284
残基数 n_residues	157
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.8 Å
Rg (实空间) rg_real	16.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3050e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7750e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7557000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7121
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	11.3700
最高正则化参数 α highest_alpha	1211000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 0.922; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.740

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major Urinary Protein
分子量 formula_weight	20139.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1435

MRGSHHHHHHGSEEASSTGRNFNVEKINGEWHTIILASDKREKIEDNGNFRLFLEQIHVLEKSLVLKFHTVRDEECSELSMVADKTEKAGEYSVTYDGFNTFTIPKTDYDNFLMAHLINEKDGETFQLMGLYGREPDLSSDIKERFAQLCEEHGILRENIIDLSNANRCLQARE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEXAN-1-OL
分子量 formula_weight	102.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	151

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1znea_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamily	b.60.1 — Lipocalins
家族 Family family	b.60.1.1 — Retinol binding protein-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1zneA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.228 Å
晶胞边长 b length_b	53.228 Å
晶胞边长 c length_c	137.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	26.600 Å
R 因子 r_factor	0.1928
R_work r_work	0.1912
R_free r_free	0.2239

fit	/app/data/saxs_computation/zn/1zne/1zne.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zn/1zne/1zne.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zn/1zne/1zne.dat

Strong Solute-Solute Dispersive Interactions in a Protein-Ligand Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major Urinary Protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction