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1zvd

Regulation of Smurf2 Ubiquitin Ligase Activity by Anchoring the E2 to the HECT domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Smad ubiquitination regulatory factor 2

Homo sapiens

UniProt Q9HAU4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 369–748 片段：HECT Domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；Sodium Phosphate, Potassium Phosphate, and Sodium Acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.10 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1ZVD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2DJY Solution structure of Smurf2 WW3 domain-Smad7 PY peptide complex 提交 2006-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 297–333（37 aa） 片段：WW3 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；压力 1
分辨率未提供
2JQZ Solution Structure of the C2 domain of human Smurf2 提交 2007-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 10–140（131 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient
NMR样品组成 20 mM HEPES, 200 mM sodium chloride, 3 mM DTT, 0.03 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20 mM hepes, 200 mM sodium chloride, 3 mM DTT, 0.03 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2KXQ Solution Structure of Smurf2 WW2 and WW3 bound to Smad7 PY motif containing peptide 提交 2010-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 250–333（84 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）235；压力 ambient
NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] WW23, 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S7PY, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LTZ Smurf2 WW3 domain in complex with a Smad7 derived peptide 提交 2012-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 297–333（37 aa） 片段：WW3 domain (UNP residues 297-333)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.2；285 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM SMURF2WW3, 2 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SMURF2WW3, 3 mM SMAD7, 20 mM [U-100% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6FX4 Disulfide between E3 HECT ligase Smurf2 and Ubiquitin G76C 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 631–745（115 aa）
突变：C646A, C706N, C743S GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.36M tri-Sodium citrat pH6.5, 15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.239
6FX4 Disulfide between E3 HECT ligase Smurf2 and Ubiquitin G76C 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 631–745（115 aa）
突变：C646A, C706N, C743S GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.36M tri-Sodium citrat pH6.5, 15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.50 Å R-free 0.239
7M3Q Structure of the Smurf2 HECT Domain with a High Affinity Ubiquitin Variant (UbV) 提交 2021-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 366–748（383 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.5 M Ammonium Sulphate and 100 mM MES pH 6.0. Trypsin was added to the protein complex at a final concentration of 10 microgram per mL
分辨率 2.50 Å R-free 0.235
9FSH Crystal structure of the HECT domain of Smurf 2 in complex with inhibitor 8 提交 2024-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 251–748（498 aa）
未记录 TJQ ethyl 5-[1,3-benzodioxol-5-ylmethyl(ethyl)carbamoyl]-2,4-dimethyl-1~{H}-pyrrole-3-carboxylate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 M NaH2PO4/K2HPO4 pH 6.8, 100 mM NaOAc
分辨率 2.08 Å R-free 0.259

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMUF2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–380； UniProt 369–748

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1zvd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1zvd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1zvd
沉积日期 deposition_date2005-06-01
结构标题 titleRegulation of Smurf2 Ubiquitin Ligase Activity by Anchoring the E2 to the HECT domain
关键词 keywordsUbiquitin LigaseCatalytic Mechanism, x-ray crystal structure, TGFbeta, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.99 Å
零角强度 I(0) i032493300.00
分子量 molecular_weight44170.0 kDa
排除体积 excluded_volume55329 ų
包络体积 envelope_volume67701 ų
水化壳体积 shell_volume24453 ų
包络直径 envelope_diameter83.8 Å
壳层 Rg shell_rg30.26 Å
包络 Rg envelope_rg24.19 Å
形状 Rg shape_rg23.99 Å
总 Rg total_rg24.76 Å
总原子数 total_atoms3095
残基数 n_residues366
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.0 Å
Rg (实空间) rg_real24.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real3.2490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32490000.0000
解质量估计 total_estimate0.8010
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary76.0 Å
偏度 Skewness skewness0.321
峰度 Kurtosis kurtosis-0.417
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8305000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 0.990; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1zvda_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.148 — Hect, E3 ligase catalytic domain
超家族 Superfamily superfamilyd.148.1 — Hect, E3 ligase catalytic domain
家族 Family familyd.148.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1zvdA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1750 — Hect, E3 ligase catalytic domain fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hect, E3 ligase catalytic domains
结构域编号 domain_id1zvdA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2160 — Hect, E3 ligase catalytic domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hect, E3 ligase catalytic domain
结构域编号 domain_id1zvdA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2410 — Hect, E3 ligase catalytic fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hect, E3 ligase catalytic domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)