SAXSdb — 1zw7

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–76	突变：R42E, E34P	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）30 mM actate；压力 Ambient NMR样品组成：1-2 mM of appropriately labeled mutant ubiquitin \| 30 mM acetate buffer, pH 5.0	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZW7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1OTR Solution Structure of a CUE-Ubiquitin Complex 提交 2003-03-22	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 7.0, 0.2% NaN3；压力 1 NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Cue2 + 1 mM Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Cue2 + 1 mM Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 \| 99.996% D2O NMR样品组成 1 mM Cue2 + 1 mM U-15N,13C Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM Cue2 + 1 mM U-15N,13C Ubiquitin; 20 mM sodium phosphate buffer, pH 7.0, 0.2% NaN3 \| 99.996% D2O	分辨率未提供
1Q0W Solution structure of Vps27 amino-terminal UIM-ubiquitin complex 提交 2003-07-17	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3；压力 1 NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM \| 100% D2O	分辨率未提供
1WR1 The complex structure of Dsk2p UBA with ubiquitin 提交 2004-10-08	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 5mM potassium chloride NMR样品组成 U-15N, 13C ubiquitin + DSK2-UBA complex (0.9mM) \| 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O NMR样品组成 U-15N, 13C DSK2-UBA + ubiquitin complex (1.0mM) \| 20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O	分辨率未提供
1ZGU Solution structure of the human Mms2-Ubiquitin complex 提交 2005-04-22	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	突变：K48R	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 [U-15N; U-10% 13C]-hMms2 + Ubiquitin (1:4 ratio) 90% H20 : 10% D20 \| 90% H20 : 10% D20 NMR样品组成 [U-13C; U-15N]-Ubiquitin + hMms2 (4:1 ratio) 90% H20 : 10% D20 \| 90% H20 : 10% D20 NMR样品组成 [U-13C; U-15N]-hMms2 + Ubiquitin (1:4 ratio) 90% H20 : 10% D20 \| 90% H20 : 10% D20	分辨率未提供
2G3Q Solution Structure of Ede1 UBA-ubiquitin complex 提交 2006-02-20	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM Sodium Phosphate；压力 1 NMR样品组成 1mM 15N,13C-labeled Ede1 UBA; 1mM Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM 15N,13C-labeled Ede1 UBA; 1mM Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1mM Ede1 UBA; 1mM 15N,13C-labeled Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM Ede1 UBA; 1mM 15N,13C-labeled Ubiquitin; 20mM phosphate buffer (pH 6.0), 2mM DTT, 0.2% NaN3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2JT4 Solution Structure of the Sla1 SH3-3-Ubiquitin Complex 提交 2007-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：SH3 domain sequence database residues 350-420	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；318 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SH3, 0.9 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ubiquitin, 0.9 mM SH3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SH3, 0.9 mM ubiquitin, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ubiquitin, 0.9 mM SH3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2JWZ Mutations in the hydrophobic core of ubiquitin differentially affect its recognition by receptor proteins 提交 2007-10-31	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	突变：L69S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；296 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 2 mM [U-100% 15N] L69S UBIQUITIN, 2 mM L69S UBIQUITIN, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2L00 Solution structure of the non-covalent complex of the ZNF216 A20 domain with ubiquitin 提交 2010-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：ubiquitin core domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 4 mM ZNF216-A20-1, 50 uM Zinc-2, 0.1 mM DSS-3, 5 mM TRIS-4, 50 mM sodium chloride-5, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-7, 50 uM Zinc-8, 4 mM MTSL-9, 5 mM TRIS-10, 50 mM sodium chloride-11, 4 mM ubiquitin-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZNF216-A20-13, 50 uM Zinc-14, 0.1 mM DSS-15, 5 mM TRIS-16, 50 mM sodium chloride-17, 2 mM ubiquitin-18, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-19, 50 uM Zinc-20, 0.1 mM DSS-21, 5 mM TRIS-22, 50 mM sodium chloride-23, 5 % Polyacrylamide gel-24, 4 mM ubiquitin-25, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 4 mM ZNF216-A20-26, 50 uM Zinc-27, 0.1 mM DSS-28, 5 mM TRIS-29, 50 mM sodium chloride-30, 5 % Polyacrylamide gel-31, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-32, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2 mM ZNF216-A20-33, 50 uM Zinc-34, 0.1 mM DSS-35, 5 mM TRIS-36, 50 mM sodium chloride-37, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin-38, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-39, 50 uM Zinc-40, 0.1 mM DSS-41, 5 mM TRIS-42, 50 mM sodium chloride-43, 4 mM ubiquitin-44, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3CMM Crystal Structure of the Uba1-Ubiquitin Complex 提交 2008-03-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–76（76 aa）	未记录	PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；L-proline, PEG 5000 MME, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
3L0W Structure of split monoubiquitinated PCNA with ubiquitin in position two 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：ubi-C fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；2.04 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 3% ethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.314
3L10 Structure of split monoubiquitinated PCNA with ubiquitin in position one 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）片段：Ubi-C fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；2.04M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 3% ethanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.314

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zw7
沉积日期 deposition_date	2005-06-03
结构标题 title	Elimination of the C-cap in Ubiquitin Structure, Dynamics and Thermodynamic Consequences
关键词 keywords	Dynamics, Thermodynamics, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.31 Å
零角强度 I(0) i0	539615000.00
分子量 molecular_weight	192370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	239530 Å³
包络体积 envelope_volume	29307 Å³
水化壳体积 shell_volume	14427 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.85 Å
包络 Rg envelope_rg	20.38 Å
形状 Rg shape_rg	15.38 Å
总 Rg total_rg	15.26 Å
总原子数 total_atoms	27279
残基数 n_residues	1722
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.1 Å
Rg (实空间) rg_real	16.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	539600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7162
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.788
峰度 Kurtosis kurtosis	0.590
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	158400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.191; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.745; Smooth: 0.989

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1zw7a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d1zw7a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1zw7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	9177.4 kDa
突变 mutation	R42E, E34P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	27279

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/zw/1zw7/1zw7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zw/1zw7/1zw7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zw/1zw7/1zw7.dat

Elimination of the C-cap in Ubiquitin Structure, Dynamics and Thermodynamic Consequences

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)