21om

Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 2 (IDO2) complexed with 5-hydroxy-L-Trp

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	21om
沉积日期 deposition_date	2025-12-22
最后修订 last_revision	2026-04-08
结构标题 title	Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 2 (IDO2) complexed with 5-hydroxy-L-Trp
关键词 keywords	HEM protein, Complex, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.29 Å
零角强度 I(0) i0	103360000.00
分子量 molecular_weight	84081.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106400 Å³
包络体积 envelope_volume	129860 Å³
水化壳体积 shell_volume	34433 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.6 Å
壳层 Rg shell_rg	38.04 Å
包络 Rg envelope_rg	32.19 Å
形状 Rg shape_rg	32.27 Å
总 Rg total_rg	32.83 Å
总原子数 total_atoms	5936
残基数 n_residues	747
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.4 Å
Rg (实空间) rg_real	33.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6152
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.427
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.527
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.3524
最高正则化参数 α highest_alpha	49200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 0.997; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.801; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase I,Indoleamine 2,3-dioxygenase 2
分子量 formula_weight	86825.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7,1.13.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6010

MGSSHHHHHHENLYFQGMKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTTAVPLSLESYHISEEYGFLLPDSLKELPDHYRPWMEIANKLPQLIDAHQLQAHVDKMPLLSCQFLKGHREQRLAHLVLSFLTMGYVWQEGEAQPAEVLPRNLALPFVEVSRNLGLPPILVHSDLVLTNWTKKDPDGFLEIGNLETIISFPGGESLHGFILVTALVEKEAVPGIKALVQATNAILQPNQEALLQALQRLRLSIQDITKTLGQMHDYVDPDIFYAGIRIFLSGWKDNPAMPAGLMYEGVSQEPLKYSGGSAAQSTVLHAFDEFLGIRHSKESGDFLYRMRDYMPPSHKAFIEDIHSAPSLRDYILSSGQDHLLTAYNQCVQALAELRSYHITMVTKYLITAAAKAKHGKPNHLPGPPQALKDRGTGGTAVMSFLKSVRDKTLESILHPRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CYANIDE ION
分子量 formula_weight	26.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	5-hydroxy-L-tryptophan
分子量 formula_weight	220.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	197.960 Å
晶胞边长 b length_b	197.960 Å
晶胞边长 c length_c	93.921 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.680 Å
最低分辨率 resolution_low	45.290 Å
R 因子 r_factor	0.2957
R_work r_work	0.2937
R_free r_free	0.3335

fit	/app/data/saxs_computation/1o/21om/21om.fit
pddf	/app/data/pr_computation/1o/21om/21om.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/1o/21om/21om.dat