28wu

Crystal Structure of Catalase HPII (KatE) from Escherichia coli

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	28wu
沉积日期 deposition_date	2026-02-25
最后修订 last_revision	2026-05-06
结构标题 title	Crystal Structure of Catalase HPII (KatE) from Escherichia coli
关键词 keywords	Calatase HPII, KatE, hydrogen-peroxide, heme, iron-protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.46 Å
零角强度 I(0) i0	1551810000.00
分子量 molecular_weight	326700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	408220 Å³
包络体积 envelope_volume	482140 Å³
水化壳体积 shell_volume	90470 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.0 Å
壳层 Rg shell_rg	50.74 Å
包络 Rg envelope_rg	41.88 Å
形状 Rg shape_rg	41.40 Å
总 Rg total_rg	42.05 Å
总原子数 total_atoms	23116
残基数 n_residues	2903
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5520e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1552000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8725
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.369
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.181
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	643500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.820

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Catalase HPII
分子量 formula_weight	84271.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	24169

MSQHNEKNPHQHQSPLHDSSEAKPGMDSLAPEDGSHRPAAEPTPPGAQPTAPGSLKAPDTRNEKLNSLEDVRKGSENYALTTNQGVRIADDQNSLRAGSRGPTLLEDFILREKITHFDHERIPERIVHARGSAAHGYFQPYKSLSDITKADFLSDPNKITPVFVRFSTVQGGAGSADTVRDIRGFATKFYTEEGIFDLVGNNTPIFFIQDAHKFPDFVHAVKPEPHWAIPQGQSAHDTFWDYVSLQPETLHNVMWAMSDRGIPRSYRTMEGFGIHTFRLINAEGKATFVRFHWKPLAGKASLVWDEAQKLTGRDPDFHRRELWEAIEAGDFPEYELGFQLIPEEDEFKFDFDLLDPTKLIPEELVPVQRVGKMVLNRNPDNFFAENEQAAFHPGHIVPGLDFTNDPLLQGRLFSYTDTQISRLGGPNFHEIPINRPTCPYHNFQRDGMHRMGIDTNPANYEPNSINDNWPRETPPGPKRGGFESYQERVEGNKVRERSPSFGEYYSHPRLFWLSQTPFEQRHIVDGFSFELSKVVRPYIRERVVDQLAHIDLTLAQAVAKNLGIELTDDQLNITPPPDVNGLKKDPSLSLYAIPDGDVKGRVVAILLNDEVRSADLLAILKALKAKGVHAKLLYSRMGEVTADDGTVLPIAATFAGAPSLTVDAVIVPCGNIADIADNGDANYYLMEAYKHLKPIALAGDARKFKATIKIADQGEEGIVEADSADGSFMDELLTLMAAHRVWSRIPKIDKIPA

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1053

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.664 Å
晶胞边长 b length_b	136.795 Å
晶胞边长 c length_c	122.299 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	41.235 Å
R 因子 r_factor	0.1597
R_work r_work	0.1562
R_free r_free	0.2236

fit	/app/data/saxs_computation/8w/28wu/28wu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/8w/28wu/28wu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/8w/28wu/28wu.dat

Crystal Structure of Catalase HPII (KatE) from Escherichia coli

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)