SAXSdb — 29hi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F-box only protein 22

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Histone-lysine N-methyltransferase NSD2 × 1 （O96028） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） ;4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FBX22_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–403； UniProt 1–403

Histone-lysine N-methyltransferase NSD2

Homo sapiens

UniProt O96028

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	F-box only protein 22 × 1 （Q8NEZ5） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） ;4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1365； UniProt 1–1365

S-phase kinase-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt P63208

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	F-box only protein 22 × 1 （Q8NEZ5） Histone-lysine N-methyltransferase NSD2 × 1 （O96028） Cullin-1 × 1 （Q13616） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） ;4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

Cullin-1

Homo sapiens

UniProt Q13616

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	F-box only protein 22 × 1 （Q8NEZ5） Histone-lysine N-methyltransferase NSD2 × 1 （O96028） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 1 （P62877） ;4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CUL1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–776； UniProt 1–776

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

Homo sapiens

UniProt P62877

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	F-box only protein 22 × 1 （Q8NEZ5） Histone-lysine N-methyltransferase NSD2 × 1 （O96028） S-phase kinase-associated protein 1 × 1 （P63208） Cullin-1 × 1 （Q13616） ;4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	29hi
沉积日期 deposition_date	2026-03-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10415667
关键词 keywords	;Ubiquitin Ligase, Targeted protein degradation, cullin-RING ligase, SKP1 CUL1 F box SCF, Nuclear receptor binding SET domain-containing 2 NSD2, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

29hi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

29hi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

29hi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.15 Å
Rg（电子密度）	53.21 Å
总 Rg	53.41 Å
原子数	12383
残基数	1540
排除体积	220550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`29hi__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	F-box only protein 22
分子量 formula_weight	44562.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12383

MEPVGCCGECRGSSVDPRSTFVLSNLAEVVERVLTFLPAKALLRVACVCRLWRECVRRVLRTHRSVTWISAGLAEAGHLEGHCLVRVVAEELENVRILPHTVLYMADSETFISLEECRGHKRARKRTSMETALALEKLFPKQCQVLGIVTPGIVVTPMGSGSNRPQEIEIGESGFALLFPQIEGIKIQPFHFIKDPKNLTLERHQLTEVGLLDNPELRVVLVFGYNCCKVGASNYLQQVVSTFSDMNIILAGGQVDNLSSLTSEKNPLDIDASGVVGLSFSGHRIQSATVLLNEDVSDEKTAEAAMQRLKAANIPEHNTIGFMFACVGRGFQYYRAKGNVEADAFRKFFPSVPLFGFFGNGEIGCDRIVTGNFILRKCNEVKDDDLFHSYTTIMALIHLGSSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase NSD2
分子量 formula_weight	152515.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.357
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEFSIKQSPLSVQSVVKCIKMKQAPEILGSANGKTPSCEVNRECSVFLSKAQLSSSLQEGVMQKFNGHDALPFIPADKLKDLTSRVFNGEPGAHDAKLRFESQEMKGIGTPPNTTPIKNGSPEIKLKITKTYMNGKPLFESSICGDSAADVSQSEENGQKPENKARRNRKRSIKYDSLLEQGLVEAALVSKISSPSDKKIPAKKESCPNTGRDKDHLLKYNVGDLVWSKVSGYPWWPCMVSADPLLHSYTKLKGQKKSARQYHVQFFGDAPERAWIFEKSLVAFEGEGQFEKLCQESAKQAPTKAEKIKLLKPISGKLRAQWEMGIVQAEEAASMSVEERKAKFTFLYVGDQLHLNPQVAKEAGIAAESLGEMAESSGVSEEAAENPKSVREECIPMKRRRRAKLCSSAETLESHPDIGKSTPQKTAEADPRRGVGSPPGRKKTTVSMPRSRKGDAASQFLVFCQKHRDEVVAEHPDASGEEIEELLRSQWSLLSEKQRARYNTKFALVAPVQAEEDSGNVNGKKRNHTKRIQDPTEDAEAEDTPRKRLRTDKHSLRKRDTITDKTARTSSYKAMEAASSLKSQAATKNLSDACKPLKKRNRASTAASSALGFSKSSSPSASLTENEVSDSPGDEPSESPYESADETQTEVSVSSKKSERGVTAKKEYVCQLCEKPGSLLLCEGPCCGAFHLACLGLSRRPEGRFTCSECASGIHSCFVCKESKTDVKRCVVTQCGKFYHEACVKKYPLTVFESRGFRCPLHSCVSCHASNPSNPRPSKGKMMRCVRCPVAYHSGDACLAAGCSVIASNSIICTAHFTARKGKRHHAHVNVSWCFVCSKGGSLLCCESCPAAFHPDCLNIEMPDGSWFCNDCRAGKKLHFQDIIWVKLGNYRWWPAEVCHPKNVPPNIQKMKHEIGEFPVFFFGSKDYYWTHQARVFPYMEGDRGSRYQGVRGIGRVFKNALQEAEARFREIKLQREARETQESERKPPPYKHIKVNKPYGKVQIYTADISEIPKCNCKPTDENPCGFDSECLNRMLMFECHPQVCPAGEFCQNQCFTKRQYPETKIIKTDGKGWGLVAKRDIRKGEFVNEYVGELIDEEECMARIKHAHENDITHFYMLTIDKDRIIDAGPKGNYSRFMNHSCQPNCETLKWTVNGDTRVGLFAVCDIPAGTELTFNYNLDCLGNEKTVCRCGASNCSGFLGDRPKTSTTLSSEEKGKKTKKKTRRRRAKGEGKRQSEDECFRCGDGGQLVLCDRKFCTKAYHLSCLGLGKRPFGKWECPWHHCDVCGKPSTSFCHLCPNSFCKEHQDGTAFSCTPDGRSYCCEHDLGAASVRSTKTEKPPPEPGKPKGKRRRRRGWRRVTEGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 1
分子量 formula_weight	18680.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEKRTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWCEEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cullin-1
分子量 formula_weight	89800.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADTERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSASDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVLSSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMKMRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
分子量 formula_weight	12290.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27,2.3.2.32
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide ;
分子量 formula_weight	636.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	47442

Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10415667

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F-box only protein 22

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone-lysine N-methyltransferase NSD2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S-phase kinase-associated protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cullin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

29hi__assembly_1__model_1

29hi__assembly_1__model_1 | I(q)

29hi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (2)