2a2c

x-ray structure of human N-acetyl galactosamine kinase complexed with Mg-ADP and N-acetyl galactosamine 1-phosphate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a2c
沉积日期 deposition_date	2005-06-22
结构标题 title	x-ray structure of human N-acetyl galactosamine kinase complexed with Mg-ADP and N-acetyl galactosamine 1-phosphate
关键词 keywords	kinase, galactokinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.16 Å
零角强度 I(0) i0	41526300.00
分子量 molecular_weight	49843.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62394 Å³
包络体积 envelope_volume	70748 Å³
水化壳体积 shell_volume	26236 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.50 Å
包络 Rg envelope_rg	22.49 Å
形状 Rg shape_rg	22.18 Å
总 Rg total_rg	22.92 Å
总原子数 total_atoms	3482
残基数 n_residues	446
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.8 Å
Rg (实空间) rg_real	22.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41530000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9028
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.266
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.429
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	N-acetylgalactosamine kinase
分子量 formula_weight	52788.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3976

MGSSHHHHHHSSENLYFQGHMATESPATRRVQVAEHPRLLKLKEMFNSKFGSIPKFYVRAPGRVNIIGEHIDYCGYSVLPMAVEQDVLIAVEPVKTYALQLANTNPLYPDFSTSANNIQIDKTKPLWHNYFLCGLKGIQEHFGLSNLTGMNCLVDGNIPPSSGLSSSSALVCCAGLVTLTVLGRNLSKVELAEICAKSERYIGTEGGGMDQSISFLAEEGTAKLIEFSPLRATDVKLPSGAVFVIANSCVEMNKAATSHFNIRVMECRLAAKLLAKYKSLQWDKVLRLEEVQAKLGISLEEMLLVTEDALHPEPYNPEEICRCLGISLEELRTQILSPNTQDVLIFKLYQRAKHVYSEAARVLQFKKICEEAPENMVQLLGELMNQSHMSCRDMYECSCPELDQLVDICRKFGAQGSRLTGAGWGGCTVSMVPADKLPSFLANVHKAYYQRSDGSLAPEKQSLFATKPGGGALVLLEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	301.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	457

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2a2cA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2a2cA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3170 —

结构域编号 domain_id	2a2cA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1440 — de novo design (two linked rop proteins)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	123.800 Å
晶胞边长 b length_b	123.800 Å
晶胞边长 c length_c	60.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1680
R_work r_work	0.1670
R_free r_free	0.2010

fit	/app/data/saxs_computation/a2/2a2c/2a2c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a2/2a2c/2a2c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a2/2a2c/2a2c.dat