2a2d

X-ray structure of human n-acetyl galactosamine kinase complexed with Mn-AMPPNP and n-acetyl glactosamine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a2d
沉积日期 deposition_date	2005-06-22
结构标题 title	X-ray structure of human n-acetyl galactosamine kinase complexed with Mn-AMPPNP and n-acetyl glactosamine
关键词 keywords	kinase, galactokinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.24 Å
零角强度 I(0) i0	41977400.00
分子量 molecular_weight	50056.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62650 Å³
包络体积 envelope_volume	70664 Å³
水化壳体积 shell_volume	26152 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.65 Å
包络 Rg envelope_rg	22.59 Å
形状 Rg shape_rg	22.26 Å
总 Rg total_rg	23.00 Å
总原子数 total_atoms	3497
残基数 n_residues	448
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8167
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.276
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.412
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	N-acetylgalactosamine kinase
分子量 formula_weight	52788.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3765

MGSSHHHHHHSSENLYFQGHMATESPATRRVQVAEHPRLLKLKEMFNSKFGSIPKFYVRAPGRVNIIGEHIDYCGYSVLPMAVEQDVLIAVEPVKTYALQLANTNPLYPDFSTSANNIQIDKTKPLWHNYFLCGLKGIQEHFGLSNLTGMNCLVDGNIPPSSGLSSSSALVCCAGLVTLTVLGRNLSKVELAEICAKSERYIGTEGGGMDQSISFLAEEGTAKLIEFSPLRATDVKLPSGAVFVIANSCVEMNKAATSHFNIRVMECRLAAKLLAKYKSLQWDKVLRLEEVQAKLGISLEEMLLVTEDALHPEPYNPEEICRCLGISLEELRTQILSPNTQDVLIFKLYQRAKHVYSEAARVLQFKKICEEAPENMVQLLGELMNQSHMSCRDMYECSCPELDQLVDICRKFGAQGSRLTGAGWGGCTVSMVPADKLPSFLANVHKAYYQRSDGSLAPEKQSLFATKPGGGALVLLEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	256

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2a2dA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2a2dA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3170 —

结构域编号 domain_id	2a2dA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1440 — de novo design (two linked rop proteins)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	340 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	119.100 Å
晶胞边长 b length_b	119.100 Å
晶胞边长 c length_c	65.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/a2/2a2d/2a2d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a2/2a2d/2a2d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a2/2a2d/2a2d.dat