2aa0

Crystal structure of T. gondii adenosine kinase complexed with 6-methylmercaptopurine riboside

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2aa0
沉积日期 deposition_date	2005-07-13
结构标题 title	Crystal structure of T. gondii adenosine kinase complexed with 6-methylmercaptopurine riboside
关键词 keywords	ribokinase fold; alpha/beta; intermediate conformation, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE; SIGNALING PROTEIN,TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.48 Å
零角强度 I(0) i0	23954600.00
分子量 molecular_weight	37513.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46991 Å³
包络体积 envelope_volume	53750 Å³
水化壳体积 shell_volume	22497 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.39 Å
包络 Rg envelope_rg	19.70 Å
形状 Rg shape_rg	19.49 Å
总 Rg total_rg	20.34 Å
总原子数 total_atoms	2631
残基数 n_residues	351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7514
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.149
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.414
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6039000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.387; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.992

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	adenosine kinase
分子量 formula_weight	40584.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.20
突变 mutation	G270S, S360F, L361T, P362S, C363G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2954

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAVDSSNSATGPMRVFAIGNPILDLVAEVPSSFLDEFFLKRGDATLATPEQMRIYSTLDQFNPTSLPGGSALNSVRVVQKLLRKPGSAGYMGAIGDDPRGQVLKELCDKEGLATRFMVAPGQSTGVCAVLINEKERTLCTHLGACGSFRLPEDWTTFASGALIFYATAYTLTATPKNALEVAGYAHGIPNAIFTLNLSAPFCVELYKDAMQSLLLHTNILFGNEEEFAHLAKVHNLVAAEKTALSTANKEHAVEVCTGALRLLTAGQNTSATKLVVMTRGHNPVIAAEQTADGTVVVHEVGVPVVAAEKIVDTNGAGDAFVGGFLYALSQGKTVKQCIMCGNACAQDVIQHVGFSLSFTFTSG

来源 Source

来源生物 organism	Toxoplasma gondii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5811
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-HYDROXYMETHYL-5-(6-METHYLSULFANYL-PURIN-9-YL)-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL
分子量 formula_weight	298.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	249

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2aa0a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2aa0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	2aa0A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Adenosine kinase, small domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.348 Å
晶胞边长 b length_b	61.701 Å
晶胞边长 c length_c	91.958 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	27.450 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2400

fit	/app/data/saxs_computation/aa/2aa0/2aa0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aa/2aa0/2aa0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aa/2aa0/2aa0.dat