2ag2

Crystal Structure Analysis of GM2-activator protein complexed with Phosphatidylcholine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ganglioside GM2 activator

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 ISOPROPYL ALCOHOL × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 1 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 ISOPROPYL ALCOHOL × 3 2-(((R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL)PHOSPHORYLOXY)-N,N,N-TRIMETHYLETHANAMINIUM × 1 OLEIC ACID × 1 MYRISTIC ACID × 1 LAURIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 ISOPROPYL ALCOHOL × 5 2-(((R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL)PHOSPHORYLOXY)-N,N,N-TRIMETHYLETHANAMINIUM × 1 OLEIC ACID × 1 MYRISTIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAP3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–164； UniProt 32–193 作者链 B； PDB构建体 3–164； UniProt 32–193 作者链 C； PDB构建体 3–164； UniProt 32–193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ag2
沉积日期 deposition_date	2005-07-26
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of GM2-activator protein complexed with Phosphatidylcholine
关键词 keywords	phospholipid-protein complex, lipid acyl chain stacking, packaging, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ag2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ag2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ag2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.47 Å
Rg（电子密度）	16.06 Å
总 Rg	17.09 Å
原子数	1336
残基数	164
排除体积	24487 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ag2__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ag2__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ag2__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ganglioside GM2 activator
分子量 formula_weight	17827.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4639

HMSSFSWDNCDEGKDPAVIRSLTLEPDPIVVPGNVTLSVVGSTSVPLSSPLKVDLVLEKEVAGLWIKIPCTDYIGSCTFEHFCDVLDMLIPTGEPCPEPLRTYGLPCHCPFKEGTYSLPKSEFVVPDLELPSWLTTGNYRIESVLSSSGKRLGCIKIAASLKGI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	524.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(((R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL)PHOSPHORYLOXY)-N,N,N-TRIMETHYLETHANAMINIUM
分子量 formula_weight	258.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	LAURIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	594

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2ag2a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.95 — Ganglioside M2 (gm2) activator
超家族 Superfamily superfamily	b.95.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator
家族 Family family	b.95.1.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator

结构域编号 domain_id	d2ag2a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ag2b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.95 — Ganglioside M2 (gm2) activator
超家族 Superfamily superfamily	b.95.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator
家族 Family family	b.95.1.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator

结构域编号 domain_id	d2ag2b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ag2c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.95 — Ganglioside M2 (gm2) activator
超家族 Superfamily superfamily	b.95.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator
家族 Family family	b.95.1.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2ag2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Ganglioside M2 Activator Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ganglioside GM2 activator

结构域编号 domain_id	2ag2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Ganglioside M2 Activator Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ganglioside GM2 activator

结构域编号 domain_id	2ag2C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Ganglioside M2 Activator Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ganglioside GM2 activator

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晶胞边长 a length_a	63.530 Å
晶胞边长 b length_b	86.190 Å
晶胞边长 c length_c	120.480 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.760 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2310

Crystal Structure Analysis of GM2-activator protein complexed with Phosphatidylcholine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ganglioside GM2 activator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ag2__assembly_1__model_1

2ag2__assembly_1__model_1 | I(q)

2ag2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (4)

Crystal Structure Analysis of GM2-activator protein complexed with Phosphatidylcholine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ganglioside GM2 activator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ag2__assembly_1__model_1

2ag2__assembly_1__model_1 | I(q)

2ag2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (4)