2ag2

Crystal Structure Analysis of GM2-activator protein complexed with Phosphatidylcholine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 96.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ag2
沉积日期 deposition_date	2005-07-26
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of GM2-activator protein complexed with Phosphatidylcholine
关键词 keywords	phospholipid-protein complex, lipid acyl chain stacking, packaging, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.69 Å
零角强度 I(0) i0	47457800.00
分子量 molecular_weight	58004.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74499 Å³
包络体积 envelope_volume	96096 Å³
水化壳体积 shell_volume	28335 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.48 Å
包络 Rg envelope_rg	29.25 Å
形状 Rg shape_rg	29.70 Å
总 Rg total_rg	30.25 Å
总原子数 total_atoms	4045
残基数 n_residues	490
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.4380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8629
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.553
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6361000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.643

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Ganglioside GM2 activator
分子量 formula_weight	17827.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4639

HMSSFSWDNCDEGKDPAVIRSLTLEPDPIVVPGNVTLSVVGSTSVPLSSPLKVDLVLEKEVAGLWIKIPCTDYIGSCTFEHFCDVLDMLIPTGEPCPEPLRTYGLPCHCPFKEGTYSLPKSEFVVPDLELPSWLTTGNYRIESVLSSSGKRLGCIKIAASLKGI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	(7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	524.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(((R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL)PHOSPHORYLOXY)-N,N,N-TRIMETHYLETHANAMINIUM
分子量 formula_weight	258.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	LAURIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	594

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2ag2a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.95 — Ganglioside M2 (gm2) activator
超家族 Superfamily superfamily	b.95.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator
家族 Family family	b.95.1.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator

结构域编号 domain_id	d2ag2a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ag2b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.95 — Ganglioside M2 (gm2) activator
超家族 Superfamily superfamily	b.95.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator
家族 Family family	b.95.1.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator

结构域编号 domain_id	d2ag2b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ag2c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.95 — Ganglioside M2 (gm2) activator
超家族 Superfamily superfamily	b.95.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator
家族 Family family	b.95.1.1 — Ganglioside M2 (gm2) activator

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2ag2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Ganglioside M2 Activator Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ganglioside GM2 activator

结构域编号 domain_id	2ag2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Ganglioside M2 Activator Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ganglioside GM2 activator

结构域编号 domain_id	2ag2C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Ganglioside M2 Activator Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ganglioside GM2 activator

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7. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	63.530 Å
晶胞边长 b length_b	86.190 Å
晶胞边长 c length_c	120.480 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.760 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/ag/2ag2/2ag2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ag/2ag2/2ag2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ag/2ag2/2ag2.dat