2ajq

Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T7 DNA polymerase

Enterobacteria phage T7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–704	突变：Residues 5 and 7 mutated to Ala	DNA Primer × 1 DNA Template × 1 thioredoxin 1 × 1 （P0AA25）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；273 K；A complex of 1x10^-4 M T7 DNA polymerase 5A7A:thioredoxin was assembled with an equimolar amount of double stranded DNA substrate. Crystallization was achieved using a buffer containing 50mM HEPES pH 7.5, 10mM MgCl_2, 2mM DTT, and 0.5 mM terminal ddTTP Seed crystals were grown by hanging drop vapor diffusion by mixing 1ul each of protein-DNA solution and a reservoir solutions containing between 16 to 20% PEG 8000, 100mM ACES pH 7.5, 120 ammonium sulfate, 30mM MgCl2, and 5mM DTT. These crystals were used to streak-seed a grid of protein/reservoir solutions with concentrations of PEG 8000 between 13 to 15%. Pyramidal crystals appeared overnight and reached a maximum size of ~150 X 150 X 100 um3 after 3 to 4 days. Crystals were harvested overnight in mother-liquor containing 10 % PEG 400, temperature 273K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.284
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–704	突变：Residues 5 and 7 mutated to Ala	DNA Primer × 1 DNA Template × 1 thioredoxin 1 × 1 （P0AA25）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；273 K；A complex of 1x10^-4 M T7 DNA polymerase 5A7A:thioredoxin was assembled with an equimolar amount of double stranded DNA substrate. Crystallization was achieved using a buffer containing 50mM HEPES pH 7.5, 10mM MgCl_2, 2mM DTT, and 0.5 mM terminal ddTTP Seed crystals were grown by hanging drop vapor diffusion by mixing 1ul each of protein-DNA solution and a reservoir solutions containing between 16 to 20% PEG 8000, 100mM ACES pH 7.5, 120 ammonium sulfate, 30mM MgCl2, and 5mM DTT. These crystals were used to streak-seed a grid of protein/reservoir solutions with concentrations of PEG 8000 between 13 to 15%. Pyramidal crystals appeared overnight and reached a maximum size of ~150 X 150 X 100 um3 after 3 to 4 days. Crystals were harvested overnight in mother-liquor containing 10 % PEG 400, temperature 273K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2AJQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1SKR T7 DNA Polymerase Complexed To DNA Primer/Template and ddATP 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：DEL(118-123)	MG MAGNESIUM ION × 3 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG 8000, ammonium sulfate, aces, ethylene glycol, DTT , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1SKS Binary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：DEL(118-123)	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.266
1SKW Binary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：DEL(118-123)	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.278
1SL0 Ternary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：DEL(118-123)	MG MAGNESIUM ION × 1 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.351
1SL0 Ternary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–704（704 aa）	突变：DEL(118-123)	MG MAGNESIUM ION × 1 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.351
1SL1 Binary 5' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：DEL(118-123)	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1SL2 Ternary 5' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：DEL(118-123)	MG MAGNESIUM ION × 3 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1T7P T7 DNA POLYMERASE COMPLEXED TO DNA PRIMER/TEMPLATE,A NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE, AND ITS PROCESSIVITY FACTOR THIOREDOXIN 提交 1997-09-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：DEL(118-123)	DG3 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.279
1T8E T7 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP at the Insertion Site. 提交 2004-05-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.54 Å R-free 0.255
1TK0 T7 DNA polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and ddCTP at the insertion site 提交 2004-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：deletion 118-123	MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG8000, Amonium Sulfate, PEG400, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1TK5 T7 DNA polymerase binary complex with 8 oxo guanosine in the templating strand 提交 2004-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；PEG 8000, Ammonium Sulfate. PEG400, Etylen Glyco, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
1TK8 T7 DNA polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and dAMP at the elongation site 提交 2004-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG 8000, Ammonium Sulfate, PEG400, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
1TKD T7 DNA polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and dCMP at the elongation site 提交 2004-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG8000, Ammonium Sulfate, PEG400, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.49 Å R-free 0.265
1X9M T7 DNA polymerase in complex with an N-2-acetylaminofluorene-adducted DNA 提交 2004-08-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：deletion of 118-123	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1X9S T7 DNA polymerase in complex with a primer/template DNA containing a disordered N-2 aminofluorene on the template, crystallized with dideoxy-CTP as the incoming nucleotide. 提交 2004-08-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：deletion of 118-123	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
1X9W T7 DNA polymerase in complex with a primer/template DNA containing a disordered N-2 aminofluorene on the template, crystallized with dideoxy-ATP as the incoming nucleotide. 提交 2004-08-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：deletion of 118-123	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1ZYQ T7 DNA polymerase in complex with 8oG and incoming ddATP 提交 2005-06-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：K536A	MG MAGNESIUM ION × 3 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG, amonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
5IKN Crystal Structure of the T7 Replisome in the Absence of DNA 提交 2016-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 1–704（704 aa）链 B 1–704（704 aa）链 C 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A 突变：D5A, E7A 突变：D5A, E7A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；1.47-1.62M Sodium Formate 0.1M Tris pH 7.5	分辨率 4.80 Å R-free 0.318
6N7W Structure of bacteriophage T7 leading-strand DNA polymerase (D5A/E7A)/Trx in complex with a DNA fork and incoming dTTP (from multiple lead complexes) 提交 2018-11-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A	MG MAGNESIUM ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
6N9U Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) interacting with primase domains of two gp4 subunits bound to an RNA/DNA hybrid and dTTP (from LagS1) 提交 2018-12-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A	ZN ZINC ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6N9V Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) and gp4 (helicase/primase) bound to DNA including RNA/DNA hybrid, and an incoming dTTP (LagS1) 提交 2018-12-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 H 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6N9W Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) and gp4 (helicase/primase) bound to DNA including RNA/DNA hybrid, and an incoming dTTP (LagS2) 提交 2018-12-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 H 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A	ZN ZINC ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
6N9X Structure of bacteriophage T7 lagging-strand DNA polymerase (D5A/E7A) and gp4 (helicase/primase) bound to DNA including RNA/DNA hybrid, and an incoming dTTP (LagS3) 提交 2018-12-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 H 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A	ZN ZINC ION × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6P7E Structure of T7 DNA Polymerase Bound to a Primer/Template DNA and a Peptide that Mimics the C-terminal Tail of the Primase-Helicase 提交 2019-06-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295.15 K；25% PEG 4000, 0.1M LiSO4, and 0.1 M Tris pH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
6P7E Structure of T7 DNA Polymerase Bound to a Primer/Template DNA and a Peptide that Mimics the C-terminal Tail of the Primase-Helicase 提交 2019-06-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295.15 K；25% PEG 4000, 0.1M LiSO4, and 0.1 M Tris pH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
6P7E Structure of T7 DNA Polymerase Bound to a Primer/Template DNA and a Peptide that Mimics the C-terminal Tail of the Primase-Helicase 提交 2019-06-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295.15 K；25% PEG 4000, 0.1M LiSO4, and 0.1 M Tris pH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
6P7E Structure of T7 DNA Polymerase Bound to a Primer/Template DNA and a Peptide that Mimics the C-terminal Tail of the Primase-Helicase 提交 2019-06-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–704（704 aa）	突变：D5A, E7A	TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295.15 K；25% PEG 4000, 0.1M LiSO4, and 0.1 M Tris pH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.248

共 23 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOL_BPT7
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–704； UniProt 1–704 作者链 F； PDB构建体 1–704； UniProt 1–704

thioredoxin 1

Escherichia coli

UniProt P0AA25

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–108	突变：Residues 5 and 7 mutated to Ala	DNA Primer × 1 DNA Template × 1 T7 DNA polymerase × 1 （P00581）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；273 K；A complex of 1x10^-4 M T7 DNA polymerase 5A7A:thioredoxin was assembled with an equimolar amount of double stranded DNA substrate. Crystallization was achieved using a buffer containing 50mM HEPES pH 7.5, 10mM MgCl_2, 2mM DTT, and 0.5 mM terminal ddTTP Seed crystals were grown by hanging drop vapor diffusion by mixing 1ul each of protein-DNA solution and a reservoir solutions containing between 16 to 20% PEG 8000, 100mM ACES pH 7.5, 120 ammonium sulfate, 30mM MgCl2, and 5mM DTT. These crystals were used to streak-seed a grid of protein/reservoir solutions with concentrations of PEG 8000 between 13 to 15%. Pyramidal crystals appeared overnight and reached a maximum size of ~150 X 150 X 100 um3 after 3 to 4 days. Crystals were harvested overnight in mother-liquor containing 10 % PEG 400, temperature 273K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.284
2	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 I； UniProt 1–108	突变：Residues 5 and 7 mutated to Ala	DNA Primer × 1 DNA Template × 1 T7 DNA polymerase × 1 （P00581）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；273 K；A complex of 1x10^-4 M T7 DNA polymerase 5A7A:thioredoxin was assembled with an equimolar amount of double stranded DNA substrate. Crystallization was achieved using a buffer containing 50mM HEPES pH 7.5, 10mM MgCl_2, 2mM DTT, and 0.5 mM terminal ddTTP Seed crystals were grown by hanging drop vapor diffusion by mixing 1ul each of protein-DNA solution and a reservoir solutions containing between 16 to 20% PEG 8000, 100mM ACES pH 7.5, 120 ammonium sulfate, 30mM MgCl2, and 5mM DTT. These crystals were used to streak-seed a grid of protein/reservoir solutions with concentrations of PEG 8000 between 13 to 15%. Pyramidal crystals appeared overnight and reached a maximum size of ~150 X 150 X 100 um3 after 3 to 4 days. Crystals were harvested overnight in mother-liquor containing 10 % PEG 400, temperature 273K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2AJQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F6M CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THIOREDOXIN REDUCTASE, THIOREDOXIN, AND THE NADP+ ANALOG, AADP+ 提交 2000-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	突变：C35S 突变：C35S	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 3AA 3-AMINOPYRIDINE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；cacodylate, ammonium sulfate, PEG 3350, 3-aminopyridine adenine dinucleotide phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.247
1F6M CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THIOREDOXIN REDUCTASE, THIOREDOXIN, AND THE NADP+ ANALOG, AADP+ 提交 2000-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–108（108 aa）链 H 1–108（108 aa）	突变：C35S 突变：C35S	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 3AA 3-AMINOPYRIDINE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；cacodylate, ammonium sulfate, PEG 3350, 3-aminopyridine adenine dinucleotide phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.247
1KEB Crystal Structure of Double Mutant M37L,P40S E.coli Thioredoxin 提交 2001-11-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：M37L,P40S	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；300 K；100mM sodium acetate buffer, 10mM cupric acetate, 25% ethanol as precipitant, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1KEB Crystal Structure of Double Mutant M37L,P40S E.coli Thioredoxin 提交 2001-11-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–108（108 aa）	突变：M37L,P40S	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；300 K；100mM sodium acetate buffer, 10mM cupric acetate, 25% ethanol as precipitant, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1SKR T7 DNA Polymerase Complexed To DNA Primer/Template and ddATP 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG 8000, ammonium sulfate, aces, ethylene glycol, DTT , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1SKS Binary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.266
1SKW Binary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.278
1SL0 Ternary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.351
1SL0 Ternary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.351
1SL1 Binary 5' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1SL2 Ternary 5' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide 提交 2004-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1SRX THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI THIOREDOXIN-S2 TO 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1976-05-06	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1T8E T7 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP at the Insertion Site. 提交 2004-05-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.54 Å R-free 0.255
1THO CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT ESCHERICHIA COLI THIOREDOXIN WITH AN ARGININE INSERTION IN THE ACTIVE SITE 提交 1993-01-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1TK0 T7 DNA polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and ddCTP at the insertion site 提交 2004-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG8000, Amonium Sulfate, PEG400, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1TK5 T7 DNA polymerase binary complex with 8 oxo guanosine in the templating strand 提交 2004-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；PEG 8000, Ammonium Sulfate. PEG400, Etylen Glyco, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
1TK8 T7 DNA polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and dAMP at the elongation site 提交 2004-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG 8000, Ammonium Sulfate, PEG400, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
1TKD T7 DNA polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and dCMP at the elongation site 提交 2004-06-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG8000, Ammonium Sulfate, PEG400, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.49 Å R-free 0.265
1TXX ACTIVE-SITE VARIANT OF E.COLI THIOREDOXIN 提交 1999-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P33V, G34W	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；DROPS (6 ML) OF 0.050 M SODIUM SUCCINATE BUFFER, PH 4.2, CONTAINING CVWC THIOREDOXIN (10 MG/ML), METHYL-ETHER PEG2000 (10% W/V) AND CUPRIC ACETATE (1 MM) WERE SUSPENDED OVER 1.0 ML WELLS OF 0.10 M SODIUM SUCCINATE BUFFER, PH 4.2, CONTAINING METHYL-ETHER PEG 2000 (20% W/V) AND CUPRIC ACETATE (2 MM)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å
1X9M T7 DNA polymerase in complex with an N-2-acetylaminofluorene-adducted DNA 提交 2004-08-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1X9S T7 DNA polymerase in complex with a primer/template DNA containing a disordered N-2 aminofluorene on the template, crystallized with dideoxy-CTP as the incoming nucleotide. 提交 2004-08-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
1X9W T7 DNA polymerase in complex with a primer/template DNA containing a disordered N-2 aminofluorene on the template, crystallized with dideoxy-ATP as the incoming nucleotide. 提交 2004-08-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1XOA THIOREDOXIN (OXIDIZED DISULFIDE FORM), NMR, 20 STRUCTURES 提交 1995-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1XOB THIOREDOXIN (REDUCED DITHIO FORM), NMR, 20 STRUCTURES 提交 1995-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1ZCP Crystal Structure of a catalytic site mutant E. coli TrxA (CACA) 提交 2005-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	突变：G33A, P34C, C35A 突变：G33A, P34C, C35A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4000, 0.1 M Tris, 0.2 M Magnesium chloride, 4% acetonitrile, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
1ZCP Crystal Structure of a catalytic site mutant E. coli TrxA (CACA) 提交 2005-04-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	突变：G33A, P34C, C35A 突变：G33A, P34C, C35A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4000, 0.1 M Tris, 0.2 M Magnesium chloride, 4% acetonitrile, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
1ZYQ T7 DNA polymerase in complex with 8oG and incoming ddATP 提交 2005-06-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG, amonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2EIO Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：E101C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG 3350, 0.1M TRIS, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
2EIO Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：E101C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG 3350, 0.1M TRIS, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
2EIO Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–109（108 aa）	突变：E101C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG 3350, 0.1M TRIS, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
2EIO Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–109（108 aa）	突变：E101C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG 3350, 0.1M TRIS, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
2EIQ Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：T89C	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；40% MPD, 1MM CUPRIC ACETATE, 10MM SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
2EIQ Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：T89C	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；40% MPD, 1MM CUPRIC ACETATE, 10MM SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
2EIQ Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：T89C	CU COPPER (II) ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；40% MPD, 1MM CUPRIC ACETATE, 10MM SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
2EIR Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：E101C/A105C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；45% MPD, 5MM CUPRIC ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
2EIR Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：E101C/A105C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；45% MPD, 5MM CUPRIC ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
2EIR Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–109（108 aa）	突变：E101C/A105C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；45% MPD, 5MM CUPRIC ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
2EIR Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–109（108 aa）	突变：E101C/A105C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；45% MPD, 5MM CUPRIC ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–108（108 aa）链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–108（108 aa）链 G 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–108（108 aa）	突变：G74S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–108（108 aa）	突变：G74S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–108（108 aa）	突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–108（108 aa）	突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–108（108 aa）	突变：G74S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–108（108 aa）	突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–108（108 aa）链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）链 F 1–108（108 aa）链 G 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S 突变：G74S 突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 E 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FD3 Crystal Structure of Thioredoxin Mutant P34H 提交 2005-12-13	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：P34H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 8；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 8.0, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.305
2FD3 Crystal Structure of Thioredoxin Mutant P34H 提交 2005-12-13	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–108（108 aa）	突变：P34H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 8；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 8.0, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.305
2TIR CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A MUTANT ESCHERICHIA COLI THIOREDOXIN IN WHICH LYSINE 36 IS REPLACED BY GLUTAMIC ACID 提交 1993-01-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2TRX CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-03-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.68 Å
2TRX CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-03-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.68 Å
2TRX CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-03-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.68 Å
2TRX CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-03-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.68 Å
3DYR Crystal structure of E. coli thioredoxin mutant I76T in its oxidized form 提交 2008-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：I76T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.290
3DYR Crystal structure of E. coli thioredoxin mutant I76T in its oxidized form 提交 2008-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：I76T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.290
4HU7 E. coli thioredoxin variant with Pro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A	CU COPPER (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH, 2 mM CuCl2, 35 % (v/v) MPD , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.198
4HU7 E. coli thioredoxin variant with Pro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH, 2 mM CuCl2, 35 % (v/v) MPD , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.198
4HU7 E. coli thioredoxin variant with Pro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–109（108 aa）链 B 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A 突变：P34A, P40A, P64A, P68A	CU COPPER (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH, 2 mM CuCl2, 35 % (v/v) MPD , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.198
4HU9 E. coli thioredoxin variant with (4S)-FluoroPro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH, 2 mM CuCl2, 30 % (v/v) MPD, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.55 Å R-free 0.210
4HUA E. coli thioredoxin variant with (4R)-FluoroPro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH pH 4.5, 2 mM CuCl2, 35 % (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.10 Å R-free 0.172
4X43 Structure of proline-free E. coli Thioredoxin 提交 2014-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A, P76A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
4X43 Structure of proline-free E. coli Thioredoxin 提交 2014-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A, P76A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
4X43 Structure of proline-free E. coli Thioredoxin 提交 2014-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 C 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A, P76A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
5XOC Crystal structure of human Smad3-FoxH1 complex 提交 2017-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 2–109（108 aa）片段：UNP residues 2-109,UNP residues 322-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1 M citrate pH 5.4, 0.8% ethylene imine polymer and 0.5 M NaCl	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
6GD1 Structure of HuR RRM3 提交 2018-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–109（109 aa）链 B 1–109（109 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate	分辨率 2.01 Å R-free 0.244
6H1Y CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC VARIANT OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2018-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–14（13 aa）链 A 24–109（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals were obtained with a protein concentration of 20-25 mg/ml. The composition of the reservoir solution was 17% (w/v) PEG10000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M BIS-TRIS buffer, pH 5.5.	分辨率 2.99 Å R-free 0.259
6H1Y CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC VARIANT OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2018-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–14（13 aa）链 B 24–109（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals were obtained with a protein concentration of 20-25 mg/ml. The composition of the reservoir solution was 17% (w/v) PEG10000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M BIS-TRIS buffer, pH 5.5.	分辨率 2.99 Å R-free 0.259
6H7J ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST ISOPRENALINE AND NANOBODY Nb80 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	5FW ISOPRENALINE × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.317
6H7J ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST ISOPRENALINE AND NANOBODY Nb80 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	5FW ISOPRENALINE × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.317
6H7L ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST DOBUTAMINE AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	2CV HEGA-10 × 6 NA SODIUM ION × 1 Y00 DOBUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
6H7L ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST DOBUTAMINE AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	2CV HEGA-10 × 3 NA SODIUM ION × 1 Y00 DOBUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
6H7M ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST SALBUTAMOL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	2CV HEGA-10 × 3 68H SALBUTAMOL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.76 Å R-free 0.285
6H7M ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST SALBUTAMOL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	2CV HEGA-10 × 4 68H SALBUTAMOL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.76 Å R-free 0.285
6H7N ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST XAMOTEROL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	FVK ~{N}-[2-[[(2~{S})-2-oxidanyl-3-(4-oxidanylphenoxy)propyl]amino]ethyl]morpholine-4-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
6H7N ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST XAMOTEROL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	FVK ~{N}-[2-[[(2~{S})-2-oxidanyl-3-(4-oxidanylphenoxy)propyl]amino]ethyl]morpholine-4-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
6H7O ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND WEAK PARTIAL AGONIST CYANOPINDOLOL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	P32 Cyanopindolol × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
6H7O ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND WEAK PARTIAL AGONIST CYANOPINDOLOL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	P32 Cyanopindolol × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
6IBL ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST FORMOTEROL AND NANOBODY Nb80 提交 2018-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S,C32S,C35S	H98 ~{N}-[5-[(1~{R})-2-[[(2~{R})-1-(4-methoxyphenyl)propan-2-yl]amino]-1-oxidanyl-ethyl]-2-oxidanyl-phenyl]methanamide × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
6IBL ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST FORMOTEROL AND NANOBODY Nb80 提交 2018-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S,C32S,C35S	H98 ~{N}-[5-[(1~{R})-2-[[(2~{R})-1-(4-methoxyphenyl)propan-2-yl]amino]-1-oxidanyl-ethyl]-2-oxidanyl-phenyl]methanamide × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
6LUR Human PUF60 UHM domain (thioredoxin fusion) in complex with a small molecule binder 提交 2020-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–109（109 aa）链 B 1–109（109 aa）链 C 1–109（109 aa）链 D 1–109（109 aa）链 E 1–109（109 aa）链 F 1–109（109 aa）链 G 1–109（109 aa）链 H 1–109（109 aa）	未记录	EVU 4-[2-[4-(aminomethyl)phenyl]phenyl]piperazin-2-one × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.3-1.6M AmSO4, 0.2M potassium formate	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
6Y4Y The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6Y4Y The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–109（109 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6Y4Y The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6Y4Y The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6Y4Z The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
6Y4Z The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
6Y4Z The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
6Y4Z The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
6YEV Crystal structure of MsrA C206 and Trx C35S complex from Escherichia coli 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–109（109 aa）	突变：Cys35Ser	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 6.5, 0.2M trisodium citrate, 20% PEG 3350	分辨率 2.94 Å R-free 0.258
6YEV Crystal structure of MsrA C206 and Trx C35S complex from Escherichia coli 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–109（109 aa）	突变：Cys35Ser	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 6.5, 0.2M trisodium citrate, 20% PEG 3350	分辨率 2.94 Å R-free 0.258
6YEV Crystal structure of MsrA C206 and Trx C35S complex from Escherichia coli 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–109（109 aa）	突变：Cys35Ser	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 6.5, 0.2M trisodium citrate, 20% PEG 3350	分辨率 2.94 Å R-free 0.258
7SCD Ternary complex of fixed-arm Trx-3ost5 (I299E) with 8mer-1 octasaccharide substrate and co-factor product PAP 提交 2021-09-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：I299E	A3P ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium tartrate, 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.252
7SCE Ternary complex of fixed-arm Trx-3ost5 (I299E) with 8mer-2 octasaccharide substrate and co-factor product PAP 提交 2021-09-27	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：I299E	A3P ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；85mM sodium acetate pH 4.6, 0.17M ammonium acetate, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.75 Å R-free 0.246
8KGZ Crystal structure of single-chain Fv antibody against antigen peptide from SARS-CoV2 S-spike protein 提交 2023-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–109（109 aa）链 B 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH7.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.321
8S2N Xenorhabdus bovienii Rhs toxin TreTu complex with TrxA and TriTu immunity protein 提交 2024-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–109（108 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.02 M Sodium chloride, 0.02 M Sodium acetate pH 4.0, 33 % v/v PEG 200	分辨率 2.11 Å R-free 0.232

共 52 个其他 PDB 条目、99 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THIO_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 I； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ajq
沉积日期 deposition_date	2005-08-02
结构标题 title	Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
关键词 keywords	Polymerase T7; x-ray crystallography; ternary complex, TRANSFERASE, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSFERASE,TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.58 Å
零角强度 I(0) i0	731389000.00
分子量 molecular_weight	205400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	249760 Å³
包络体积 envelope_volume	373540 Å³
水化壳体积 shell_volume	71448 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.87 Å
包络 Rg envelope_rg	42.03 Å
形状 Rg shape_rg	43.58 Å
总 Rg total_rg	43.80 Å
总原子数 total_atoms	14377
残基数 n_residues	1689
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.4 Å
Rg (实空间) rg_real	43.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0070e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	731500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7190
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.184
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.453
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.0050
最高正则化参数 α highest_alpha	84120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 0.923; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.737

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA Primer
分子量 formula_weight	6739.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P,X
原子数 atom_count	14791

CGAAAACGACGGCCAGTGCCAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA Template
分子量 formula_weight	8026.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T,Z

ATGGATGGCACTGGCCGTCGTTTTCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	T7 DNA polymerase
分子量 formula_weight	79703.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	Residues 5 and 7 mutated to Ala
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F

MIVSAIAANALLESVTKFHCGVIYDYSTAEYVSYRPSDFGAYLDALEAEVARGGLIVFHNGHKYDVPALTKLAKLQLNREFHLPRENCIDTLVLSRLIHSNLKDTDMGLLRSGKLPGKRFGSHALEAWGYRLGEMKGEYKDDFKRMLEEQGEEYVDGMEWWNFNEEMMDYNVQDVVVTKALLEKLLSDKHYFPPEIDFTDVGYTTFWSESLEAVDIEHRAAWLLAKQERNGFPFDTKAIEELYVELAARRSELLRKLTETFGSWYQPKGGTEMFCHPRTGKPLPKYPRIKTPKVGGIFKKPKNKAQREGREPCELDTREYVAGAPYTPVEHVVFNPSSRDHIQKKLQEAGWVPTKYTDKGAPVVDDEVLEGVRVDDPEKQAAIDLIKEYLMIQKRIGQSAEGDKAWLRYVAEDGKIHGSVNPNGAVTGRATHAFPNLAQIPGVRSPYGEQCRAAFGAEHHLDGITGKPWVQAGIDASGLELRCLAHFMARFDNGEYAHEILNGDIHTKNQIAAELPTRDNAKTFIYGFLYGAGDEKIGQIVGAGKERGKELKKKFLENTPAIAALRESIQQTLVESSQWVAGEQQVKWKRRWIKGLDGRKVHVRSPHAALNTLLQSAGALICKLWIIKTEEMLVEKGLKHGWDGDFAYMAWVHDEIQVGCRTEEIAQVVIETAQEAMRWVGDHWNFRCLLDTEGKMGPNWAICH

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	thioredoxin 1
分子量 formula_weight	11687.4 kDa
突变 mutation	Residues 5 and 7 mutated to Ala
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,I

SDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	414

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2ajqa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d2ajqa2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d2ajqb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

结构域编号 domain_id	d2ajqf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.5 — DnaQ-like 3'-5' exonuclease

结构域编号 domain_id	d2ajqf2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.1 — DNA polymerase I

结构域编号 domain_id	d2ajqi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2ajqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	2ajqA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4

结构域编号 domain_id	2ajqA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	2ajqA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	2ajqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	2ajqF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	2ajqF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4

结构域编号 domain_id	2ajqF03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	2ajqF04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	2ajqI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	168.312 Å
晶胞边长 b length_b	169.235 Å
晶胞边长 c length_c	179.788 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	45.970 Å
R 因子 r_factor	0.2331
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2840

fit	/app/data/saxs_computation/aj/2ajq/2ajq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aj/2ajq/2ajq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aj/2ajq/2ajq.dat

Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T7 DNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

thioredoxin 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)