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2amt

Structure of 2C-Methyl-D-Erythritol 2,4-Clycodiphosphate Synthase complexed with a CDP derived fluorescent inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

Escherichia coli

UniProt P62617

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 ZINC ION × 3 5'-O-[({[(2-{[(2-AMINOPHENYL)CARBONYL]OXY}ETHYL)OXY]PHOSPHINATO}OXY)PHOSPHINATO]CYTIDINE × 3 GERANYL DIPHOSPHATE × 1 water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 ZINC ION × 3 5'-O-[({[(2-{[(2-AMINOPHENYL)CARBONYL]OXY}ETHYL)OXY]PHOSPHINATO}OXY)PHOSPHINATO]CYTIDINE × 3 GERANYL DIPHOSPHATE × 1 water × 3 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1h47 1h47 1jy8 1knj 1knk 1u3l 1u3p 1u40 1u43 1yqn 2amt 2amt

共 19 个 assembly，这里只显示前 12 个

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ISPF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 B； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 C； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 D； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 E； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 F； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2amt
沉积日期 deposition_date2005-08-10
结构标题 titleStructure of 2C-Methyl-D-Erythritol 2,4-Clycodiphosphate Synthase complexed with a CDP derived fluorescent inhibitor
关键词 keywordsISOPRENOID, LYASE, ISOPRENE BIOSYNTHESIS; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2amt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2amt__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2amt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）21.45 Å
Rg（电子密度）20.42 Å
总 Rg21.19 Å
原子数3631
残基数468
排除体积64706 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2amt__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2amt__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2amta_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.5 — IpsF-like
家族 Family familyd.79.5.1 — IpsF-like
结构域编号 domain_idd2amtb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.5 — IpsF-like
家族 Family familyd.79.5.1 — IpsF-like
结构域编号 domain_idd2amtc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.5 — IpsF-like
家族 Family familyd.79.5.1 — IpsF-like
结构域编号 domain_idd2amtd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.5 — IpsF-like
家族 Family familyd.79.5.1 — IpsF-like
结构域编号 domain_idd2amte_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.5 — IpsF-like
家族 Family familyd.79.5.1 — IpsF-like
结构域编号 domain_idd2amtf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.5 — IpsF-like
家族 Family familyd.79.5.1 — IpsF-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2amtA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
结构域编号 domain_id2amtB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
结构域编号 domain_id2amtC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
结构域编号 domain_id2amtD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
结构域编号 domain_id2amtE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
结构域编号 domain_id2amtF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
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7. 引用文献 (1)