2au6

Crystal structure of catalytic intermediate of inorganic pyrophosphatase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 52.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2au6
沉积日期 deposition_date	2005-08-27
结构标题 title	Crystal structure of catalytic intermediate of inorganic pyrophosphatase
关键词 keywords	hydrolase, intermediate, inorganic pyrophosphatase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.11 Å
零角强度 I(0) i0	7580810.00
分子量 molecular_weight	20138.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25118 Å³
包络体积 envelope_volume	27595 Å³
水化壳体积 shell_volume	15065 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.2 Å
壳层 Rg shell_rg	21.40 Å
包络 Rg envelope_rg	15.49 Å
形状 Rg shape_rg	15.12 Å
总 Rg total_rg	16.18 Å
总原子数 total_atoms	1399
残基数 n_residues	175
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5810e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1570e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7581000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8043
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.090
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Inorganic pyrophosphatase
分子量 formula_weight	19585.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1864

SLLNVPAGKDLPEDIYVVIEIPANADPIKYEIDKESGALFVDRFMSTAMFYPCNYGYINHTLSLDGDPVDVLVPTPYPLQPGSVTRCRPVGVLKMTDEAGEDAKLVAVPHSKLSKEYDHIKDVNDLPELLKAQIAHFFEHYKDLEKGKWVKVEGWENAEAAKAEIVASFERAKNK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	FLUORIDE ION
分子量 formula_weight	19.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	289

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2au6a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.5 — Inorganic pyrophosphatase
家族 Family family	b.40.5.1 — Inorganic pyrophosphatase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2au6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	80 — Inorganic Pyrophosphatase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Inorganic pyrophosphatase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	110.805 Å
晶胞边长 b length_b	110.805 Å
晶胞边长 c length_c	73.576 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1252
R_work r_work	0.1252
R_free r_free	0.1568

fit	/app/data/saxs_computation/au/2au6/2au6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/au/2au6/2au6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/au/2au6/2au6.dat