2b3h

Crystal structure of Human Methionine Aminopeptidase Type I with a third cobalt in the active site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 57.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2b3h
沉积日期 deposition_date	2005-09-20
结构标题 title	Crystal structure of Human Methionine Aminopeptidase Type I with a third cobalt in the active site
关键词 keywords	methionine aminopeptidase, hydrolase, metalloprotease, pitabread fold; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.12 Å
零角强度 I(0) i0	21856100.00
分子量 molecular_weight	34624.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42804 Å³
包络体积 envelope_volume	48033 Å³
水化壳体积 shell_volume	21214 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.36 Å
包络 Rg envelope_rg	18.48 Å
形状 Rg shape_rg	18.15 Å
总 Rg total_rg	18.96 Å
总原子数 total_atoms	2414
残基数 n_residues	304
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8269
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.113
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.484
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6763000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Methionine aminopeptidase 1
分子量 formula_weight	36935.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2981

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMLEDPYRYTGKLRPHYPLMPTRPVPSYIQRPDYADHPLGMSESEQALKGTSQIKLLSSEDIEGMRLVCRLAREVLDVAAGMIKPGVTTEEIDHAVHLACIARNCYPSPLNYYNFPKSCCTSVNEVICHGIPDRRPLQEGDIVNVDITLYRNGYHGDLNETFFVGEVDDGARKLVQTTYECLMQAIDAVKPGVRYRELGNIIQKHAQANGFSVVRSYCGHGIHKLFHTAPNVPHYAKNKAVGVMKSGHVFTIEPMICEGGWQDETWPDGWTAVTRDGKRSAQFEHTLLVTDTGCEILTRRLDSARPHFMS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	511

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2b3hA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	47.290 Å
晶胞边长 b length_b	77.300 Å
晶胞边长 c length_c	48.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.0983
R_work r_work	0.1010
R_free r_free	0.1310

fit	/app/data/saxs_computation/b3/2b3h/2b3h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b3/2b3h/2b3h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b3/2b3h/2b3h.dat