2b7a

The structural basis of Janus Kinase 2 inhibition by a potent and specific pan-Janus kinase inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase JAK2

Homo sapiens

UniProt O60674

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 840–1132 片段:catalytic domain 突变:N1129Q 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) IZA 2-TERT-BUTYL-9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLINE-7-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;28% PEG 8000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.249
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 840–1132 片段:catalytic domain 突变:N1129Q 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) IZA 2-TERT-BUTYL-9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLINE-7-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;28% PEG 8000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.00 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、250 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–293; UniProt 840–1132 作者链 B; PDB构建体 1–293; UniProt 840–1132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2b7a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2b7a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2b7a
沉积日期 deposition_date2005-10-04
结构标题 titleThe structural basis of Janus Kinase 2 inhibition by a potent and specific pan-Janus kinase inhibitor
关键词 keywordsKinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.93
零角强度 I(0) i075668000.00
分子量 molecular_weight68392.0 kDa
排除体积 excluded_volume85559 ų
包络体积 envelope_volume107770 ų
水化壳体积 shell_volume31353 ų
包络直径 envelope_diameter109.9
壳层 Rg shell_rg35.26
包络 Rg envelope_rg30.29
形状 Rg shape_rg29.93
总 Rg total_rg30.44
总原子数 total_atoms4808
残基数 n_residues571
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.1
Rg (实空间) rg_real30.62
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.87
I(0) (实空间) i0_real7.5670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal75660000.0000
解质量估计 total_estimate0.8389
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.6
偏度 Skewness skewness0.526
峰度 Kurtosis kurtosis-0.235
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22980000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.736; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.808; Smooth: 0.885

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2b7aa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2b7ab_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2b7aA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2b7aA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id2b7aB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id2b7aB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)