8g6z

JAK2 crystal structure in complex with Compound 13

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 104.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8g6z
沉积日期 deposition_date	2023-02-16
结构标题 title	JAK2 crystal structure in complex with Compound 13
关键词 keywords	Inhibitor, Complex, Kinase inhibitor, TRANSFERASE, TRANSFERASE-Inhibitor complex; TRANSFERASE/Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.25 Å
零角强度 I(0) i0	69776600.00
分子量 molecular_weight	66302.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83109 Å³
包络体积 envelope_volume	105860 Å³
水化壳体积 shell_volume	29514 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.69 Å
包络 Rg envelope_rg	30.76 Å
形状 Rg shape_rg	31.22 Å
总 Rg total_rg	31.82 Å
总原子数 total_atoms	4667
残基数 n_residues	559
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8638
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.348
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.703
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.872; Smooth: 0.870

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein kinase JAK2
分子量 formula_weight	37392.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
突变 mutation	M1073S, F1076T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4884

MHHHHHHTSLYKKAGFLVPRGSEDRDPTQFEERHLKFLQQLGKGNFGSVEMCRYDPLQDNTGEVVAVKKLQHSTEEHLRDFEREIEILKSLQHDNIVKYKGVCYSAGRRNLKLIMEYLPYGSLRDYLQKHKERIDHIKLLQYTSQICKGMEYLGTKRYIHRDLATRNILVENENRVKIGDFGLTKVLPQDKEYYKVKEPGESPIFWYAPESLTESKFSVASDVWSFGVVLYELFTYIEKSKSPPAEFMRMIGNDKQGQSIVTHLIELLKNNGRLPRPDGCPDEIYMIMTECWNNNVNQRPSFRDLALRVDQIRDQMAG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	(3R)-3-cyclopentyl-3-[(4M)-4-{5-methyl-2-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)amino]pyrimidin-4-yl}-1H-pyrazol-1-yl]propanenitrile
分子量 formula_weight	376.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	209

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	98.090 Å
晶胞边长 b length_b	36.460 Å
晶胞边长 c length_c	183.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	61.170 Å
R 因子 r_factor	0.2278
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2809

fit	/app/data/saxs_computation/g6/8g6z/8g6z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g6/8g6z/8g6z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g6/8g6z/8g6z.dat

JAK2 crystal structure in complex with Compound 13

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction