SAXSdb — 2b9r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Human cyclin B1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 165–433	片段：Residues 165-433 突变：C167S, C283S, C350S, E183A, E184A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.308
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 165–433	片段：Residues 165-433 突变：C167S, C283S, C350S, E183A, E184A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.308

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2B9R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JGZ Crystal structure of phospho-CDK2 in complex with Cyclin B 提交 2007-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 167–426（260 aa）片段：RESIDUES 167-426	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.9-1.2 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM MES PH 6.0-6.5, 100 MM POTASSIUM CHLORIDE	分辨率 2.90 Å R-free 0.275
4Y72 Human CDK1/CyclinB1/CKS2 With Inhibitor 提交 2015-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：TRIMERIC	链 B 165–433（269 aa）	未记录	LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；Conditions around 0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
4YC3 CDK1/CyclinB1/CKS2 Apo 提交 2015-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 165–433（269 aa）片段：UNP residues 165-433	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.7；277 K；0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml	分辨率 2.70 Å R-free 0.260
5HQ0 Ternary complex of human proteins CDK1, Cyclin B and CKS2, bound to an inhibitor 提交 2016-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 165–433（269 aa）	未记录	LZ9 {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1 M MES pH6.7, 6.55 MPD, 5% PEG4K, 10% PEG 1K	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 165–433（269 aa）	未记录	4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML	分辨率 2.06 Å R-free 0.254
5LQF CDK1/CyclinB1/CKS2 in complex with NU6102 提交 2016-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 165–433（269 aa）	未记录	4SP O6-CYCLOHEXYLMETHOXY-2-(4'-SULPHAMOYLANILINO) PURINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML	分辨率 2.06 Å R-free 0.254
6GU2 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with Flavopiridol 提交 2018-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 165–433（269 aa）	未记录	F9Z 2-(2-chlorophenyl)-8-[(3~{R},4~{R})-1-methyl-3-oxidanyl-piperidin-4-yl]-5,7-bis(oxidanyl)chromen-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
6GU3 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with AZD5438 提交 2018-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 165–433（269 aa）	未记录	FB8 4-(2-methyl-3-propan-2-yl-imidazol-4-yl)-~{N}-(4-methylsulfonylphenyl)pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor	分辨率 2.65 Å R-free 0.258
6GU4 CDK1/CyclinB/Cks2 in complex with CGP74514A 提交 2018-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 165–433（269 aa）	未记录	FC8 ~{N}2-[(1~{R},2~{S})-2-azanylcyclohexyl]-~{N}6-(3-chlorophenyl)-9-ethyl-purine-2,6-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M MES/IMIDAZOLE BUFFER (PH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K PROTEIN AT 10-12 MG/ML + 0.5mM Inhibitor	分辨率 2.73 Å R-free 0.253
7NJ0 CryoEM structure of the human Separase-Cdk1-cyclin B1-Cks1 complex 提交 2021-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–433（433 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8TAR APC/C-CDH1-UBE2C-Ubiquitin-CyclinB-NTD 提交 2023-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric	链 B 39–50（12 aa）片段：NTD (residues 39-50)	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8TAU APC/C-CDH1-UBE2C-UBE2S-Ubiquitin-CyclinB 提交 2023-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：23-meric	链 B 39–50（12 aa）片段：NTD (residues 39-50)	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9FH9 Structure of CyclinB1 N-terminus bound to the NCP 提交 2024-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 K 1–21（21 aa）链 L 1–21（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
9SKQ Cryo-EM structure of CAK-CDK1-cyclin B1 提交 2025-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 13 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCNB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 165–433 作者链 B； PDB构建体 1–269； UniProt 165–433

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2b9r
沉积日期 deposition_date	2005-10-12
结构标题 title	Crystal Structure of Human Cyclin B1
关键词 keywords	cyclin, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.06 Å
零角强度 I(0) i0	47829700.00
分子量 molecular_weight	56082.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71158 Å³
包络体积 envelope_volume	85944 Å³
水化壳体积 shell_volume	27258 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.59 Å
包络 Rg envelope_rg	27.12 Å
形状 Rg shape_rg	27.07 Å
总 Rg total_rg	27.76 Å
总原子数 total_atoms	3936
残基数 n_residues	509
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.2 Å
Rg (实空间) rg_real	27.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47830000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6559
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.436
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.436
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.406

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2b9rA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	2b9rA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	2b9rB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	2b9rB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.169 Å
晶胞边长 b length_b	117.169 Å
晶胞边长 c length_c	197.685 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2493
R_work r_work	0.2430
R_free r_free	0.3080

描述 description	Human cyclin B1
分子量 formula_weight	30840.1 kDa
突变 mutation	C167S, C283S, C350S, E183A, E184A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4030

Crystal Structure of Human Cyclin B1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Human cyclin B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

fit	/app/data/saxs_computation/b9/2b9r/2b9r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b9/2b9r/2b9r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b9/2b9r/2b9r.dat