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2bam

RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND CALCIUM IONS (PRE-REACTIVE COMPLEX).

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ENDONUCLEASE BAMHI)

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P23940

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–213 链 B； UniProt 1–213 未记录 ;DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3') ; × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.3；12-14% PEG8000, 0.1M MES (PH 5.3), 0.15M KCL, 5% GLYCEROL 分辨率 2.00 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2BAM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BAM STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI PHASED AT 1.95 ANGSTROMS RESOLUTION BY MAD ANALYSIS 提交 1994-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.95 Å
1BHM RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA 提交 1995-07-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–213（213 aa）
链 B 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å
1ESG RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI BOUND TO A NON-SPECIFIC DNA. 提交 2000-04-09 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–213（213 aa）
链 B 1–213（213 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；30% MPD, 10 mM sodium acetate (pH 4.8), 5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
分辨率 1.90 Å R-free 0.230
3BAM RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND MANGANESE IONS (POST-REACTIVE COMPLEX) 提交 1998-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric
链 A 1–213（213 aa）
链 B 1–213（213 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.3；pH 5.3 CATALYSIS OCCURRED IN THE CRYSTAL AFTER SOAKING MANGANESE ION. THE ACTIVE SITE OF THE R SUBUNIT CLEAVED THE ORIGINAL D STRAND IN TWO (D AND E) RESULTING IN A POST-REACTIVE COMPLEX.
分辨率 1.80 Å R-free 0.268

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 T2BA_BACAM
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213 作者链 B； PDB构建体 1–213； UniProt 1–213

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2bam

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2bam
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bam
沉积日期 deposition_date1998-08-19
结构标题 titleRESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND CALCIUM IONS (PRE-REACTIVE COMPLEX).
关键词 keywordsPHOSPHODIESTERASE, COMPLEX (ENDONUCLEASE-DNA), NUCLEASE, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.32 Å
零角强度 I(0) i053813300.00
分子量 molecular_weight55090.0 kDa
排除体积 excluded_volume67975 ų
包络体积 envelope_volume76763 ų
水化壳体积 shell_volume28014 ų
包络直径 envelope_diameter77.4 Å
壳层 Rg shell_rg30.05 Å
包络 Rg envelope_rg22.66 Å
形状 Rg shape_rg22.33 Å
总 Rg total_rg23.11 Å
总原子数 total_atoms3847
残基数 n_residues440
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.4 Å
Rg (实空间) rg_real22.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53810000.0000
解质量估计 total_estimate0.8088
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.6 Å
偏度 Skewness skewness0.299
峰度 Kurtosis kurtosis-0.281
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13500000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2bama_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyc.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family familyc.52.1.3 — Restriction endonuclease BamHI
结构域编号 domain_idd2bamb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyc.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family familyc.52.1.3 — Restriction endonuclease BamHI

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2bamA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2bamB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)