SAXSdb — 2bf6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXO-ALPHA-SIALIDASE

Clostridium perfringens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 243–691	片段：RESIDUES 243-691	SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；20 % PEG 3350, 0.2M POTASSIUM NITRATE, pH 7.00	分辨率 0.97 Å R-free 0.133

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BF6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2VK5 THE STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM PERFRINGENS NANI SIALIDASE AND ITS CATALYTIC INTERMEDIATES 提交 2007-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 243–694（452 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 243-694	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 0.97 Å R-free 0.126
2VK6 THE STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM PERFRINGENS NANI SIALIDASE AND ITS CATALYTIC INTERMEDIATES 提交 2007-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 243–694（452 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 243-694	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DAN 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.185
2VK7 THE STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM PERFRINGENS NANI SIALIDASE AND ITS CATALYTIC INTERMEDIATES 提交 2007-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 243–694（452 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 243-694	未记录	CA CALCIUM ION × 2 FSI 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å R-free 0.159
2VK7 THE STRUCTURE OF CLOSTRIDIUM PERFRINGENS NANI SIALIDASE AND ITS CATALYTIC INTERMEDIATES 提交 2007-12-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 243–694（452 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 243-694	未记录	CA CALCIUM ION × 2 FSI 5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.20 Å R-free 0.159
8XQL Structure of human class T GPCR TAS2R14-miniGs/gust complex with Aristolochic acid A. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 243–694（452 aa）	未记录	GOQ 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid × 2 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
8XQN Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Aristolochic acid A. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 243–694（452 aa）	未记录	GOQ 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
8XQO Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex with Aristolochic acid A. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 243–694（452 aa）	未记录	GOQ 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.77 Å
8XQP Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gustducin complex with Aristolochic acid A. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 243–694（452 aa）	未记录	GOQ 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
8XQS Structure of human class T GPCR TAS2R14-DNGi complex with Flufenamic acid. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 243–694（452 aa）	未记录	FLF 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8XQT Structure of human class T GPCR TAS2R14-Gi complex. 提交 2024-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 243–694（452 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8XVE Cryo-EM structure of ETBR bound with BQ3020 提交 2024-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 243–694（452 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8XVH Cryo-EM structure of ETBR bound with Endothelin1 提交 2024-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 243–694（452 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
8YKY Structure of human class T GPCR TAS2R14-Ggustducin complex with agonist 28.1 提交 2024-03-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 243–694（452 aa）	未记录	A1AEI 4-methyl-N-[(2M)-2-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-amine × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q59310
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–449； UniProt 243–691

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bf6
沉积日期 deposition_date	2004-12-04
结构标题 title	Atomic Resolution Structure of the bacterial sialidase NanI from Clostridium perfringens in complex with alpha-Sialic Acid (Neu5Ac).
关键词 keywords	SIALIDASE, CLOSTRIDIUM PERFRINGENS, SIALIC ACID, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.76 Å
零角强度 I(0) i0	43493700.00
分子量 molecular_weight	50540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62868 Å³
包络体积 envelope_volume	71387 Å³
水化壳体积 shell_volume	26771 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.49 Å
包络 Rg envelope_rg	22.27 Å
形状 Rg shape_rg	21.75 Å
总 Rg total_rg	22.65 Å
总原子数 total_atoms	3559
残基数 n_residues	449
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.2 Å
Rg (实空间) rg_real	22.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7673
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	79.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.327
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.124
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.659; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EXO-ALPHA-SIALIDASE
分子量 formula_weight	50091.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4089

VEGAVKTEPVDLFHPGFLNSSNYRIPALFKTKEGTLIASIDARRHGGADAPNNDIDTAVRRSEDGGKTWDEGQIIMDYPDKSSVIDTTLIQDDETGRIFLLVTHFPSKYGFWNAGLGSGFKNIDGKEYLCLYDSSGKEFTVRENVVYDKDSNKTEYTTNALGDLFKNGTKIDNINSSTAPLKAKGTSYINLVYSDDDGKTWSEPQNINFQVKKDWMKFLGIAPGRGIQIKNGEHKGRIVVPVYYTNEKGKQSSAVIYSDDSGKNWTIGESPNDNRKLENGKIINSKTLSDDAPQLTECQVVEMPNGQLKLFMRNLSGYLNIATSFDGGATWDETVEKDTNVLEPYCQLSVINYSQKVDGKDAVIFSNPNARSRSNGTVRIGLINQVGTYENGEPKYEFDWKYNKLVKPGYYAYSCLTELSNGNIGLLYEGTPSEEMSYIEMNLKYLESG

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium perfringens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid
分子量 formula_weight	309.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	485

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2bf6A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bf6A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	220 — Intramolecular trans-sialidase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.981 Å
晶胞边长 b length_b	69.413 Å
晶胞边长 c length_c	72.694 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.970 Å
最低分辨率 resolution_low	57.000 Å
R 因子 r_factor	0.1134
R_work r_work	—
R_free r_free	0.1331

fit	/app/data/saxs_computation/bf/2bf6/2bf6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bf/2bf6/2bf6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bf/2bf6/2bf6.dat

Atomic Resolution Structure of the bacterial sialidase NanI from Clostridium perfringens in complex with alpha-Sialic Acid (Neu5Ac).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXO-ALPHA-SIALIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction