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2bfq

MACRO DOMAINS ARE ADP-RIBOSE BINDING MOLECULES

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 53.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYPOTHETICAL PROTEIN AF1521

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS

UniProt O28751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–192 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；30% PEG 4000, 0.2 AMMONIUM ACETATE, 0.1 TRI SODIUM CITRATE (PH 5.6), 18MG/ML PROTEIN, 1.5 MM ADP-RIBOSE, 5MM DTT. CRYO BUFFER CONTAINED 20% GLYCEROL 分辨率 1.50 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2BFQ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1HJZ Crystal structure of AF1521 protein containing a macroH2A domain 提交 2003-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–192（192 aa） 片段：MACROH2A
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES BUFFER, PH 6.5 18% PEG 5000 MME, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 25MM MANGANESE CHLORIDE
分辨率 1.70 Å R-free 0.227
1HJZ Crystal structure of AF1521 protein containing a macroH2A domain 提交 2003-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–192（192 aa） 片段：MACROH2A
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES BUFFER, PH 6.5 18% PEG 5000 MME, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 25MM MANGANESE CHLORIDE
分辨率 1.70 Å R-free 0.227
1VHU Crystal structure of a putative phosphoesterase 提交 2003-12-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–199（198 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.34 Å R-free 0.180
2BFR The Macro domain is an ADP-ribose binding module 提交 2004-12-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–192（192 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；20% PEG 8000, 0.2 MAGNESIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE (PH 4.5). 18MG/ML PROTEIN, 1.5MM ADP, 5MM DTT. CRYOBUFFER CONTAINED 20% GLYCEROL.
分辨率 2.50 Å R-free 0.237
6FX7 Crystal structure of in vitro evolved Af1521 提交 2018-03-08 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–192（192 aa）
突变：K15R, K35E, Y74C, F97L, I103V, S105G, E110G, Y145R, N162D AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；25 %w/v PEG3350, 0,2M sodium chloride, 0.1 M bis-tris, 2mM ADP-ribose
分辨率 1.82 Å R-free 0.212
7WR6 Crystal structure of ADP-riboxanated caspase-4 in complex with Af1521 提交 2022-01-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–192（192 aa）
未记录 5ZY [[(3~{a}~{S},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-2-azanylidene-3-[(4~{R})-4-azanyl-5-oxidanylidene-pentyl]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxazol-5-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；27% PEG 3350, 0.05M CAPSO pH 9.0
分辨率 1.96 Å R-free 0.228

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YF21_ARCFU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2bfq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2bfq
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bfq
沉积日期 deposition_date2004-12-10
结构标题 titleMACRO DOMAINS ARE ADP-RIBOSE BINDING MOLECULES
关键词 keywordsHISTONE MACROH2A, P-LOOP, NUCLEOTIDE, HYDROLASE, MACRO_H2A DOMAIN, ADP RIBOSE-BINDING PROTEIN; ADP RIBOSE-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.46 Å
零角强度 I(0) i08389090.00
分子量 molecular_weight21540.0 kDa
排除体积 excluded_volume27103 ų
包络体积 envelope_volume29664 ų
水化壳体积 shell_volume15769 ų
包络直径 envelope_diameter52.1 Å
壳层 Rg shell_rg21.87 Å
包络 Rg envelope_rg15.79 Å
形状 Rg shape_rg15.43 Å
总 Rg total_rg16.67 Å
总原子数 total_atoms1511
残基数 n_residues191
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.5 Å
Rg (实空间) rg_real16.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real8.3890e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2680e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8389000.0000
解质量估计 total_estimate0.8872
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9 Å
偏度 Skewness skewness0.072
峰度 Kurtosis kurtosis-0.437
角度范围 angular_range— – 0.4750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2366000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2bfqa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2bfqA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)