SAXSdb — 2bki

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UNCONVENTIONAL MYOSIN

SUS SCROFA

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–858	片段：DOMAIN LONG-S1, RESIDUES 1-858	CALMODULIN × 2 （P62149） SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：8-10% PEG 8000, 50MM MES PH 6.7, 150MM NH4.SO4, 3% ISO-PROPANOL, 3% TERT-BUTANOL	分辨率 2.90 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BKI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BKH Myosin VI nucleotide-free (MDInsert2) crystal structure 提交 2005-02-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–814（814 aa）片段：MOTOR DOMAIN-INSERT2, RESIDUES 2-816	未记录	GOL GLYCEROL × 6 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 8-10% PEG 8000, 50MM MES PH 6.7, 150MM NH4.SO4, 3% ISO-PROPANOL, 3% TERT-BUTANOL	分辨率 2.40 Å R-free 0.254
2V26 Myosin VI (MD) pre-powerstroke state (Mg.ADP.VO4) 提交 2007-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–377（373 aa）片段：DOMAIN MOTOR, RESIDUES 5-377,379-789 链 A 379–789（411 aa）片段：DOMAIN MOTOR, RESIDUES 5-377,379-789	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 VO4 VANADATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3-4% PEG 8000, 50MM MES PH 6.75, 100MM SAM, 1MM TCEP	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
2VAS Myosin VI (MD-insert2-CaM, Delta-Insert1) Post-rigor state 提交 2007-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–277（276 aa）片段：MOTOR DOMAIN-INSERT2,RESIDUES 2-277,304-377,379-816 链 A 304–377（74 aa）片段：MOTOR DOMAIN-INSERT2,RESIDUES 2-277,304-377,379-816 链 A 379–816（438 aa）片段：MOTOR DOMAIN-INSERT2,RESIDUES 2-277,304-377,379-816	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 8% PEG 8000, 50MM GLYCINE PH 9.5, 6% MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.256
2VB6 Myosin VI (MD-insert2-CaM, Delta Insert1) Post-rigor state (crystal form 2) 提交 2007-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–277（276 aa）片段：MOTOR DOMAIN-INSERT2,RESIDUES 2-277,304-377,379-816 链 A 304–377（74 aa）片段：MOTOR DOMAIN-INSERT2,RESIDUES 2-277,304-377,379-816 链 A 379–816（438 aa）片段：MOTOR DOMAIN-INSERT2,RESIDUES 2-277,304-377,379-816	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 10% PEG 8000, 50MM GLYCINE PH 9.5, 6% MPD	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
2X51 M6 delta Insert1 提交 2010-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–277（277 aa）片段：MYOSIN VI DELTA INSERT1,RESIDUES 1-277,303-817 链 A 304–816（513 aa）片段：MYOSIN VI DELTA INSERT1,RESIDUES 1-277,303-817	未记录	GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.75；10.8% PEG 8000, 50 MM MES PH 6.75, 175 MM AMMONIUM SULFATE, 3% ISO-PROPANOL, 3% TERT-BUTANOL, 4 MM EGTA. SOLUTION OF PROTEIN AT 18 MG/ML.	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
3GN4 Myosin lever arm 提交 2009-03-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 771–918（148 aa）片段：sequence database residues 771-918	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；16 % PEG 2K, 100 mM MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3GN4 Myosin lever arm 提交 2009-03-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 771–918（148 aa）片段：sequence database residues 771-918	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；16 % PEG 2K, 100 mM MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3L9I Myosin VI nucleotide-free (mdinsert2) L310G mutant crystal structure 提交 2010-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–816（815 aa）片段：MOTOR DOMAIN-INSERT2, RESIDUES 2-816	突变：L310G	TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 1 ACT ACETATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；4% PEG 8000, 50mM Glycine pH9, 3% iso-propanol, 3% tert-butanol, 1mM TCEP , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
4ANJ MYOSIN VI (MDinsert2-GFP fusion) PRE-POWERSTROKE STATE (MG.ADP.AlF4) 提交 2012-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–817（817 aa）片段：MYOSIN-6 RESIDUES 1-817, GFP RESIDUES 2-238	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5% PEG 8000, 50 MM MES PH 5.5, 100 MM NH4SO4, 20 MM MGCL2, 20 MM NACL AND 3 % PROPAN-2-OL	分辨率 2.60 Å R-free 0.288

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q29122_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–858； UniProt 1–858

CALMODULIN

GALLUS GALLUS

UniProt P62149

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–148 链 D； UniProt 1–148	未记录	UNCONVENTIONAL MYOSIN × 1 （Q29122） SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：8-10% PEG 8000, 50MM MES PH 6.7, 150MM NH4.SO4, 3% ISO-PROPANOL, 3% TERT-BUTANOL	分辨率 2.90 Å R-free 0.304

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BKI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AHR CALMODULIN MUTANT WITH A TWO RESIDUE DELETION IN THE CENTRAL HELIX 提交 1997-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：DEL(T79), DEL(D80)	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.25；28-33% MPD, 15% ETHANOL, 5MM CACL, 20MM NA ACETATE, PH 4.25	分辨率 1.80 Å
1UP5 Chicken Calmodulin 提交 2003-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–149（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；HANGING DROPS 12UL CAM 12MG/ML + 8UL PRECIPITANT, SEEDED 10MM NAOAC, PH 4.0, 30% MPD, 15% ISOPROPANOL	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
1UP5 Chicken Calmodulin 提交 2003-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–149（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；HANGING DROPS 12UL CAM 12MG/ML + 8UL PRECIPITANT, SEEDED 10MM NAOAC, PH 4.0, 30% MPD, 15% ISOPROPANOL	分辨率 1.90 Å R-free 0.259
2BCX Crystal structure of calmodulin in complex with a ryanodine receptor peptide 提交 2005-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；293 K；23% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 5 mM DTT, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
2KZ2 Calmodulin, C-terminal domain, F92E mutant 提交 2010-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–149（73 aa）片段：UNP residues 77-149	突变：F92E	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] cCaMF92E-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] cCaMF92E-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M3S Calmodulin, i85l, f92e, h107i, l112r, a128t, m144r mutant 提交 2013-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–149（149 aa）片段：UNP residues 1-149	突变：I85L, F92E, H107I, L107I, A128T, M144R	CA CALCIUM ION × 4	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.91；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.68 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.005 % DSS, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 15N] protein_1, 0.005 % DSS, 20 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2O5G Calmodulin-smooth muscle light chain kinase peptide complex 提交 2006-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 400, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.08 Å R-free 0.165
2O60 Calmodulin bound to peptide from neuronal nitric oxide synthase 提交 2006-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.244
2VB6 Myosin VI (MD-insert2-CaM, Delta Insert1) Post-rigor state (crystal form 2) 提交 2007-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 10% PEG 8000, 50MM GLYCINE PH 9.5, 6% MPD	分辨率 2.30 Å R-free 0.253
3GOF Calmodulin bound to peptide from macrophage nitric oxide synthase 提交 2009-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–149（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.208
3GOF Calmodulin bound to peptide from macrophage nitric oxide synthase 提交 2009-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–149（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.208
3GP2 Calmodulin bound to peptide from calmodulin kinase II (CaMKII) 提交 2009-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.46 Å R-free 0.192
3GP2 Calmodulin bound to peptide from calmodulin kinase II (CaMKII) 提交 2009-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.46 Å R-free 0.192
5HIT Crystal Structure Analysis of Ca2+-calmodulin and a C-terminal EAG1 channel fragment 提交 2016-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；di-ammonium citrate, PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.268
6BNV CryoEM structure of MyosinVI-actin complex in the rigor (nucleotide-free) state, backbone-averaged with side chains truncated to alanine 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 O 4–148（145 aa）链 P 4–148（145 aa）链 Q 4–148（145 aa）链 R 4–148（145 aa）链 S 4–148（145 aa）链 T 4–148（145 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was filtered through 0.44 um filter and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample was applied to a glow-discharged holey carbon grid. 3 uL actin was incubated for 60 seconds. 3 uL of myosin VI was added and incubated for 60 seconds. 3 uL solution was removed. An additional 3 uL of myosin VI was applied. After 60 seconds, 3 uL solution was removed, and the grid was blotted for 3 seconds from the backside with filter paper.	分辨率 4.60 Å

共 12 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALM_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–149； UniProt 1–148 作者链 D； PDB构建体 2–149； UniProt 1–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bki
沉积日期 deposition_date	2005-02-16
结构标题 title	Myosin VI nucleotide-free (MDinsert2-IQ) crystal structure
关键词 keywords	;MOTOR PROTEIN-METAL-BINDING PROTEIN COMPLEX, COMPLEX (MOTOR PROTEIN-CALMODULIN), MYOSIN VI, REVERSE MYOSIN, CALMODULIN, IQ MOTIF, NON- CONVENTIONAL MYOSIN, NUCLEOTIDE-FREE CONFORMATION, MUSCLE PROTEIN ;; MOTOR PROTEIN/METAL-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.26 Å
零角强度 I(0) i0	207980000.00
分子量 molecular_weight	113720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	141160 Å³
包络体积 envelope_volume	196060 Å³
水化壳体积 shell_volume	46299 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.23 Å
包络 Rg envelope_rg	37.03 Å
形状 Rg shape_rg	36.26 Å
总 Rg total_rg	36.58 Å
总原子数 total_atoms	8000
残基数 n_residues	1047
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	208000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8506
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.477
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.344
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	34240000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.820

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UNCONVENTIONAL MYOSIN
分子量 formula_weight	98285.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8049

MEDGKPVWAPHPTDGFQVGNIVDIGPDSLTIEPLNQKGKTFLALINQVFPAEEDSKKDVEDNCSLMYLNEATLLHNIKVRYSKDRIYTYVANILIAVNPYFDIPKIYSSETIKSYQGKSLGTMPPHVFAIADKAFRDMKVLKLSQSIIVSGESGAGKTENTKFVLRYLTESYGTGQDIDDRIVEANPLLEAFGNAKTVRNNNSSRFGKFVEIHFNEKSSVVGGFVSHYLLEKSRICVQGKEERNYHIFYRLCAGASEDIRERLHLSSPDNFRYLNRGCTRYFANKETDKQILQNRKSPEYLKAGSLKDPLLDDHGDFIRMCTAMKKIGLDDEEKLDLFRVVAGVLHLGNIDFEEAGSTSGGCNLKNKSTQALEYCAELLGLDQDDLRVSLTTRVMLTTAGGAKGTVIKVPLKVEQANNARDALAKTVYSHLFDHVVNRVNQCFPFETSSYFIGVLDIAGFEYFEHNSFEQFCINYCNEKLQQFFNERILKEEQELYQKEGLGVNEVHYVDNQDCIDLIEARLVGILDILDEENRLPQPSDQHFTSAVHQKHKDHFRLSIPRKSKLAIHRNIRDDEGFIIRHFAGAVCYETTQFVEKNNDALHMSLESLICESRDKFIRELFESSTNNNKDTKQKAGKLSFISVGNKFKTQLNLLLDKLRSTGASFIRCIKPNLKMTSHHFEGAQILSQLQCSGMVSVLDLMQGGFPSRASFHELYNMYKKYMPDKLARLDPRLFCKALFKALGLNEIDYKFGLTKVFFRPGKFAEFDQIMKSDPDHLAELVKRVNHWLICSRWKKVQWCSLSVIKLKNKIKYRAEACIKMQKTIRMWLCKRRHKPRIDGLVKVGTLKKRLDKFNEVVS

来源 Source

来源生物 organism	SUS SCROFA
通用名 common_name	PIG
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CALMODULIN
分子量 formula_weight	16852.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK

来源 Source

来源生物 organism	GALLUS GALLUS
通用名 common_name	CHICKEN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	SPODOPTERA FRUGIPERDA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2bkib_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d2bkid_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2bkiB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2bkiB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2bkiD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.781 Å
晶胞边长 b length_b	250.167 Å
晶胞边长 c length_c	67.274 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2660
R_work r_work	0.2640
R_free r_free	0.3040

fit	/app/data/saxs_computation/bk/2bki/2bki.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/2bki/2bki.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/2bki/2bki.dat

Myosin VI nucleotide-free (MDinsert2-IQ) crystal structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UNCONVENTIONAL MYOSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CALMODULIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)