2bnz

Structural basis for cooperative binding of Ribbon-Helix-Helix Omega repressor to inverted DNA heptad repeats

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF OMEGA

STREPTOCOCCUS PYOGENES

UniProt Q57468

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 4 DNA 4 ;5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*GP *TP*GP*AP*TP*TP*AP*GP*C)-3' ; × 2 ;5'-D(*CP*TP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*TP *GP*TP*GP*AP*TP*TP*CP*G)-3' ; × 2 water × 7 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q57468_STRPY
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–53; UniProt 20–71 作者链 B; PDB构建体 2–53; UniProt 20–71 作者链 C; PDB构建体 2–53; UniProt 20–71 作者链 D; PDB构建体 2–53; UniProt 20–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bnz
沉积日期 deposition_date2005-04-06
结构标题 titleStructural basis for cooperative binding of Ribbon-Helix-Helix Omega repressor to inverted DNA heptad repeats
关键词 keywordsDNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX, RIBBON-HELIX-HELIX, RHH, METJ/ARC SUPERFAMILY, COOPERATIVE DNA BINDING, INC18 FAMILY; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bnz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bnz__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bnz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.86 Å
Rg(电子密度)23.49 Å
总 Rg24.07 Å
原子数2540
残基数244
排除体积42541 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2bnz__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2bnza_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.4 — Omega transcriptional repressor
结构域编号 domain_idd2bnzb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.4 — Omega transcriptional repressor
结构域编号 domain_idd2bnzc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.4 — Omega transcriptional repressor
结构域编号 domain_idd2bnzd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamilya.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family familya.43.1.4 — Omega transcriptional repressor

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2bnzA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
结构域编号 domain_id2bnzB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
结构域编号 domain_id2bnzC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
结构域编号 domain_id2bnzD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Met repressor-like
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7. 引用文献 (1)