ELONGATION FACTOR G
THERMUS THERMOPHILUS
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–691 | 突变:YES | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.3;17 % PEG8000, 10 MM MGCL2, 100 MM GDPNP, 46 MM TRIS, 100 MM HEPES, pH 7.30 | 分辨率 2.50 Å R-free 0.270 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2BV3 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1EFG THE CRYSTAL STRUCTURE OF ELONGATION FACTOR G COMPLEXED WITH GDP, AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-10-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.8;277 K;pH 7.8, temperature 277K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.396 |
| 1FNM STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS EF-G H573A 提交 2000-08-22 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
突变:H573A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;293 K;PEG 8000 (Fluka), guanosine 5'-diphophate, magnesium chloride , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.295 |
| 1JQM Fitting of L11 protein and elongation factor G (EF-G) in the cryo-em map of e. coli 70S ribosome bound with EF-G, GDP and fusidic acid 提交 2001-08-07 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 B
1–691(691 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
|
分辨率 18.00 Å |
| 1JQS Fitting of L11 protein and elongation factor G (domain G' and V) in the cryo-em map of E. coli 70S ribosome bound with EF-G and GMPPCP, a nonhydrolysable GTP analog 提交 2001-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 B
220–251(32 aa)
片段:;part of domain G'
;
链 C
606–673(68 aa)
片段:domain V
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 18.00 Å |
| 1KTV Crystal Structure of Elongation Factor G Dimer Without Nucleotide 提交 2002-01-17 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;293 K;PEG 8000, HEPES, Tris, Dithiothreitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.374 |
| 1KTV Crystal Structure of Elongation Factor G Dimer Without Nucleotide 提交 2002-01-17 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
1–691(691 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.6;293 K;PEG 8000, HEPES, Tris, Dithiothreitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.80 Å R-free 0.374 |
| 1PN6 Domain-wise fitting of the crystal structure of T.thermophilus EF-G into the low resolution map of the release complex.Puromycin.EFG.GDPNP of E.coli 70S ribosome. 提交 2003-06-12 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 10.80 Å |
| 2BCW Coordinates of the N-terminal domain of ribosomal protein L11,C-terminal domain of ribosomal protein L7/L12 and a portion of the G' domain of elongation factor G, as fitted into cryo-em map of an Escherichia coli 70S*EF-G*GDP*fusidic acid complex 提交 2005-10-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
200–257(58 aa)
片段:;A portion of G' domain'
;
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine;pH 7.5;20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE
|
分辨率 11.20 Å |
| 2BM0 Ribosomal elongation factor G (EF-G) Fusidic acid resistant mutant T84A 提交 2005-03-09 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
突变:YES | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.3;17% PEG 8000 100 MM HEPES 46 MM TRIS-HCL PH 7.3
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.274 |
| 2BM1 Ribosomal elongation factor G (EF-G) Fusidic acid resistant mutant G16V 提交 2005-03-09 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
突变:YES | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.3;17 % PEG8000 100 MM HEPES 46 MM TRIS-HCL PH 7.3 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.297 |
| 2EFG TRANSLATIONAL ELONGATION FACTOR G COMPLEXED WITH GDP 提交 1998-09-23 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;18% W/V PEG8000, 20MM TRIS-HCL, 20MM AMMONIUM ACETATE, 2MM DTT, 1MM SODIUM AZIDE, 1MM GDP, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.279 |
| 2J7K Crystal structure of the T84A mutant EF-G:GDPCP complex 提交 2006-10-12 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
突变:YES | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.3;17 % PEG8000 100 MM HEPES 46 MM TRIS 10 MM MGCL2 10 MM GDPCP, pH 7.3
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.288 |
| 2OM7 Structural Basis for Interaction of the Ribosome with the Switch Regions of GTP-bound Elongation Factors 提交 2007-01-21 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetradecameric |
链 L
1–691(691 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol;pH 7.8;0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 3IZP Conformation of EF-G during translocation 提交 2010-11-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 E
1–688(688 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;5 mM potassium phosphate, 5 mM magnesium acetate, 5 mM ammonium chloride, 95 mM potassium chloride, 0.5 mM calcium chloride, 8 mM putrescine, 1 mM spermidine, and 1 mM dithioerythritol
cryo-EM玻璃化条件
two-face blotting for 1 second;90 K;冷冻剂 ETHANE
|
分辨率未提供 |
| 4M1K Crystal structure of elongation factor G (EFG) 提交 2013-08-02 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
突变:Q500L | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;289 K;5mM Tris-HCl (pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM GDP, 20-23% PEG8000, 0.1M Tris-Cl PH7.5-7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.292 |
| 4MYT Crystal structure of elongation factor G (EFG) 提交 2013-09-28 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
突变:E579A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;289 K;5 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM GDP, 20-23% PEG 8000, 0.1M Tris-Cl (PH 7.5-7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.308 |
| 4MYU Crystal structure of elongation factor G mutant(EFG) 提交 2013-09-28 | 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–691(691 aa)
|
突变:H573K | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;289 K;5mM Tris-HCl (pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM GDP, 20-23% PEG 8000, 0.1M Tris-Cl (PH 7.5-7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.271 |
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| UniProt名称 | EFG_THETH |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–691; UniProt 1–691 |