2c51

MS2-RNA HAIRPIN (G -5) COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAT PROTEIN

ENTEROBACTERIO PHAGE MS2

UniProt P03612

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 180 RNA 120 PDB 声明:300-MERIC(300) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 ;5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *GP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' ; × 120 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.191
2 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 ;5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *GP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' ; × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.191
3 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 15 RNA 10 PDB 声明:25-meric(25) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 ;5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *GP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' ; × 10 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.191
4 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 18 RNA 12 PDB 声明:30-meric(30) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 ;5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *GP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' ; × 12 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.191
5 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 3 RNA 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 ;5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *GP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' ; × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.191
6 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 30 RNA 20 PDB 声明:50-meric(50) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–129 链 B; UniProt 1–129 链 C; UniProt 1–129 未记录 ;5'-R(*AP*CP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*AP*UP *GP*AP*CP*CP*CP*AP*UP*GP*U)-3' ; × 20 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、203 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COAT_BPMS2
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 1–129 作者链 B; PDB构建体 1–129; UniProt 1–129 作者链 C; PDB构建体 1–129; UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2c51

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2c51
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2c51
沉积日期 deposition_date2005-10-25
结构标题 titleMS2-RNA HAIRPIN (G -5) COMPLEX
关键词 keywords;VIRUS/RNA, CAPSID, COMPLEX (CAPSID PROTEIN-RNA HAIRPIN), HAIRPIN, LEVIVIRUS, VIRUS/VIRAL PROTEIN/RNA, VIRUS COAT PROTEIN, ICOSAHEDRAL VIRUS, VIRUS-RNA complex ;; VIRUS/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.79
零角强度 I(0) i053905900.00
分子量 molecular_weight50175.0 kDa
排除体积 excluded_volume59925 ų
包络体积 envelope_volume82749 ų
水化壳体积 shell_volume26798 ų
包络直径 envelope_diameter93.4
壳层 Rg shell_rg32.78
包络 Rg envelope_rg27.09
形状 Rg shape_rg26.80
总 Rg total_rg27.39
总原子数 total_atoms3491
残基数 n_residues415
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.7
Rg (实空间) rg_real27.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70
I(0) (实空间) i0_real5.3910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.6760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8761
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.0
偏度 Skewness skewness0.417
峰度 Kurtosis kurtosis-0.383
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4322000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.947

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2c51a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamilyd.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family familyd.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein
结构域编号 domain_idd2c51b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamilyd.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family familyd.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein
结构域编号 domain_idd2c51c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.85 — RNA bacteriophage capsid protein
超家族 Superfamily superfamilyd.85.1 — RNA bacteriophage capsid protein
家族 Family familyd.85.1.1 — RNA bacteriophage capsid protein

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2c51A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id2c51B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein
结构域编号 domain_id2c51C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology380 — MS2 Viral Coat Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MS2 Viral Coat Protein

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)