SAXSdb — 2c9f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PENTON PROTEIN

HUMAN ADENOVIRUS TYPE 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	FIBER × 60 （Q64831）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FIBER × 1 （Q64831）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	FIBER × 5 （Q64831）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	FIBER × 6 （Q64831）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	FIBER × 1 （Q64831）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEN3_ADE02
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–248； UniProt 49–296 作者链 A； PDB构建体 249–326； UniProt 297–374 作者链 A； PDB构建体 327–523； UniProt 375–571 作者链 B； PDB构建体 1–248； UniProt 49–296 作者链 B； PDB构建体 249–326； UniProt 297–374 作者链 B； PDB构建体 327–523； UniProt 375–571 作者链 C； PDB构建体 1–248； UniProt 49–296 作者链 C； PDB构建体 249–326； UniProt 297–374 作者链 C； PDB构建体 327–523； UniProt 375–571 作者链 D； PDB构建体 1–248； UniProt 49–296 作者链 D； PDB构建体 249–326； UniProt 297–374 作者链 D； PDB构建体 327–523； UniProt 375–571 作者链 E； PDB构建体 1–248； UniProt 49–296 作者链 E； PDB构建体 249–326； UniProt 297–374 作者链 E； PDB构建体 327–523； UniProt 375–571

FIBER

物种未注明

UniProt Q64831

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 120	PENTON PROTEIN × 60 （P03276）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PENTON PROTEIN × 1 （P03276）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	PENTON PROTEIN × 5 （P03276）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	PENTON PROTEIN × 6 （P03276）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PENTON PROTEIN × 1 （P03276）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q64831_ADE05
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–19； UniProt 1–19 作者链 T； PDB构建体 1–19； UniProt 1–19 作者链 U； PDB构建体 1–19； UniProt 1–19 作者链 V； PDB构建体 1–19； UniProt 1–19 作者链 W； PDB构建体 1–19； UniProt 1–19

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c9f
沉积日期 deposition_date	2005-12-12
结构标题 title	THE QUASI-ATOMIC MODEL OF THE ADENOVIRUS TYPE 3 PENTON DODECAHEDRON
关键词 keywords	VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX, DODECAHEDRON, PENTON, FIBRE; VIRUS/VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2c9f__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2c9f__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2c9f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	96.71 Å
Rg（电子密度）	96.30 Å
总 Rg	96.36 Å
原子数	216300
残基数	27000
排除体积	3832100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2c9f__assembly_1__model_1`	120-MERIC （120）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2c9f__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`2c9f__assembly_3__model_1`	decameric （10）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`2c9f__assembly_4__model_1`	dodecameric （12）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`2c9f__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PENTON PROTEIN
分子量 formula_weight	58218.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	18025

TGGRNSIRYSELAPLFDTTRVYLVDNKSTDVASLNYQNDHSNFLTTVIQNNDYSPGEASTQTINLDDRSHWGGDLKTILHTNMPNVNEFMFTNKFKARVMVSRSLTKDKQVELKYEWVEFTLPEGNYSETMTIDLMNNAIVEHYLKVGRQNGVLESDIGVKFDTRNFRLGFDPVTGLVMPGVYTNEAFHPDIILLPGCGVDFTHSRLSNLLGIRKRQPFQEGFRITYDDLEGGNIPALLDVDAYQASLKDDTEQGGDGAGGGNNSGSGAEENSNAAAAAMQPVEDMNDHAIRGDTFATRAEEKRAEAEAAAEAAAPAAQPEVEKPQKKPVIKPLTEDSKKRSYNLISNDSTFTQYRSWYLAYNYGDPQTGIRSWTLLCTPDVTCGSEQVYWSLPDMMQDPVTFRSTSQISNFPVVGAELLPVHSKSFYNDQAVYSQLIRQFTSLTHVFNRFPENQILARPPAPTITTVSENVPALTDHGTLPLRNSIGGVQRVTITDARRRTCPYVYKALGIVSPRVLSSRTF

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN ADENOVIRUS TYPE 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10515
宿主生物 host_organism	TRICHOPLUSIA NI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FIBER
分子量 formula_weight	2218.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V,W

MKRARPSGDTFNPVYPYDT

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	16.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	16.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	POLAR FOURIER TRANSFROM, FOURIER BESSELS RECONSTRUCTION
颗粒数 num_particles	1849

THE QUASI-ATOMIC MODEL OF THE ADENOVIRUS TYPE 3 PENTON DODECAHEDRON

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PENTON PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FIBER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c9f__assembly_1__model_1

2c9f__assembly_1__model_1 | I(q)

2c9f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

THE QUASI-ATOMIC MODEL OF THE ADENOVIRUS TYPE 3 PENTON DODECAHEDRON

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PENTON PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FIBER

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c9f__assembly_1__model_1

2c9f__assembly_1__model_1 | I(q)

2c9f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)