SAXSdb — 2cax

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF OMEGA

STREPTOCOCCUS PYOGENES

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 4	;5'-D(GPAPAPTPCPAPCPAPAPAP TPCPAPCPAPAPG)-3' ; × 1 ;5'-D(TPTPGPTPGPAPTPTPTPGP TPGPAPTPTPCPG)-3' ; × 1 ;5'-D(GPAPAPTPCPAPCPAPAPGP TPCPAPCPAPAPGPC)-3' ; × 1 ;5'-D(CPTPTPGPTPGPAPCPTPTP GPTPGPAPTPTPCPG)-3' ; × 1 water × 7	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q57468_STRPY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–53； UniProt 20–71 作者链 B； PDB构建体 2–53； UniProt 20–71 作者链 C； PDB构建体 2–53； UniProt 20–71 作者链 D； PDB构建体 2–53； UniProt 20–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2cax
沉积日期 deposition_date	2005-12-23
结构标题 title	STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX REPRESSOR OMEGA TO MUTATED DIRECT DNA HEPTAD REPEATS
关键词 keywords	;TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR, INC18 FAMILY OF PLASMIDS, RHH, METJ/ARC SUPERFAMILY, COOPERATIVE DNA BINDING, DNA HEPTAD 5'- A/T ATCAC A/T -3', PLASMID MAINTENANCE, DNA- BINDING, REGULATORY PROTEIN ;; TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2cax__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2cax__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2cax__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.50 Å
Rg（电子密度）	31.13 Å
总 Rg	31.41 Å
原子数	3083
残基数	273
排除体积	50624 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2cax__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ORF OMEGA
分子量 formula_weight	6137.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3125

MAKKDIMGDKTVRVRADLHHIIKIETAKNGGNVKEVMDQALEEYIRKYLPDKL

来源 Source

来源生物 organism	STREPTOCOCCUS PYOGENES
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1314
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(GPAPAPTPCPAPCPAPAPAP TPCPAPCPAPAP*G)-3' ;
分子量 formula_weight	5197.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GAATCACAAATCACAAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-D(TPTPGPTPGPAPTPTPTPGP TPGPAPTPTPCP*G)-3' ;
分子量 formula_weight	5254.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

TTGTGATTTGTGATTCG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;5'-D(GPAPAPTPCPAPCPAPAPGP TPCPAPCPAPAPGPC)-3' ;
分子量 formula_weight	5502.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	U

GAATCACAAGTCACAAGC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;5'-D(CPTPTPGPTPGPAPCPTPTP GPTPGPAPTPTPCPG)-3' ;
分子量 formula_weight	5528.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

CTTGTGACTTGTGATTCG

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2caxa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.4 — Omega transcriptional repressor

结构域编号 domain_id	d2caxa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2caxb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.4 — Omega transcriptional repressor

结构域编号 domain_id	d2caxc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.4 — Omega transcriptional repressor

结构域编号 domain_id	d2caxc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2caxd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.4 — Omega transcriptional repressor

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2caxA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2caxB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2caxC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2caxD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

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晶胞边长 a length_a	219.957 Å
晶胞边长 b length_b	44.655 Å
晶胞边长 c length_c	76.136 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2470

STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX REPRESSOR OMEGA TO MUTATED DIRECT DNA HEPTAD REPEATS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF OMEGA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2cax__assembly_1__model_1

2cax__assembly_1__model_1 | I(q)

2cax__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX REPRESSOR OMEGA TO MUTATED DIRECT DNA HEPTAD REPEATS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF OMEGA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2cax__assembly_1__model_1

2cax__assembly_1__model_1 | I(q)

2cax__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)