SAXSdb — 2ckj

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ckj
沉积日期 deposition_date	2006-04-19
结构标题 title	Human milk xanthine oxidoreductase
关键词 keywords	;FAD, NAD, IRON, 2FE-2S, MOLYBDENUM, PEROXISOME, REVERSIBLE INTERCONVERSION, XANTHINE DEHYDROGENASE, XANTHINE OXIDOREDUCTASE, OXIDOREDUCTASE, XANTHINE OXIDASE, IRON-SULFUR, POLYMORPHISM, FLAVOPROTEIN, METAL-BINDING ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	75.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.73 Å
零角强度 I(0) i0	4518440000.00
分子量 molecular_weight	568190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	711110 Å³
包络体积 envelope_volume	1083100 Å³
水化壳体积 shell_volume	124530 Å³
包络直径 envelope_diameter	254.5 Å
壳层 Rg shell_rg	65.67 Å
包络 Rg envelope_rg	74.32 Å
形状 Rg shape_rg	75.74 Å
总 Rg total_rg	75.55 Å
总原子数 total_atoms	39807
残基数 n_residues	5119
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	218.4 Å
Rg (实空间) rg_real	75.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5130e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	74.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4510000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8271
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	114.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.825
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0072
最高正则化参数 α highest_alpha	259100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	XANTHINE OXIDOREDUCTASE
分子量 formula_weight	146601.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.204, 1.2.3.2, 1.17.3.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	39807

MTADKLVFFVNGRKVVEKNADPETTLLAYLRRKLGLSGTKLGCGEGGCGACTVMLSKYDRLQNKIVHFSANACLAPICSLHHVAVTTVEGIGSTKTRLHPVQERIAKSHGSQCGFCTPGIVMSMYTLLRNQPEPTMEEIENAFQGNLCRCTGYRPILQGFRTFARDGGCCGGDGNNPNCCMNQKKDHSVSLSPSLFKPEEFTPLDPTQEPIFPPELLRLKDTPRKQLRFEGERVTWIQASTLKELLDLKAQHPDAKLVVGNTEIGIEMKFKNMLFPMIVCPAWIPELNSVEHGPDGISFGAACPLSIVEKTLVDAVAKLPAQKTEVFRGVLEQLRWFAGKQVKSVASVGGNIITASPISDLNPVFMASGAKLTLVSRGTRRTVQMDHTFFPGYRKTLLSPEEILLSIEIPYSREGEYFSAFKQASRREDDIAKVTSGMRVLFKPGTTEVQELALCYGGMANRTISALKTTQRQLSKLWKEELLQDVCAGLAEELHLPPDAPGGMVDFRCTLTLSFFFKFYLTVLQKLGQENLEDKCGKLDPTFASATLLFQKDPPADVQLFQEVPKGQSEEDMVGRPLPHLAADMQASGEAVYCDDIPRYENELSLRLVTSTRAHAKIKSIDTSEAKKVPGFVCFISADDVPGSNITGICNDETVFAKDKVTCVGHIIGAVVADTPEHTQRAAQGVKITYEELPAIITIEDAIKNNSFYGPELKIEKGDLKKGFSEADNVVSGEIYIGGQEHFYLETHCTIAVPKGEAGEMELFVSTQNTMKTQSFVAKMLGVPANRIVVRVKRMGGGFGGKETRSTVVSTAVALAAYKTGRPVRCMLDRDEDMLITGGRHPFLARYKVGFMKTGTVVALEVDHFSNVGNTQDLSQSIMERALFHMDNCYKIPNIRGTGRLCKTNLPSNTAFRGFGGPQGMLIAECWMSEVAVTCGMPAEEVRRKNLYKEGDLTHFNQKLEGFTLPRCWEECLASSQYHARKSEVDKFNKENCWKKRGLCIIPTKFGISFTVPFLNQAGALLHVYTDGSVLLTHGGTEMGQGLHTKMVQVASRALKIPTSKIYISETSTNTVPNTSPTAASVSADLNGQAVYAACQTILKRLEPYKKKNPSGSWEDWVTAAYMDTVSLSATGFYRTPNLGYSFETNSGNPFHYFSYGVACSEVEIDCLTGDHKNLRTDIVMDVGSSLNPAIDIGQVEGAFVQGLGLFTLEELHYSPEGSLHTRGPSTYKIPAFGSIPIEFRVSLLRDCPNKKAIYASKAVGEPPLFLAASIFFAIKDAIRAARAQHTGNNVKELFRLDSPATPEKIRNACVDKFTTLCVTGVPENCKPWSVRV

Entity 2 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	197.734 Å
晶胞边长 b length_b	197.734 Å
晶胞边长 c length_c	285.538 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.590 Å
最低分辨率 resolution_low	30.760 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2580

fit	/app/data/saxs_computation/ck/2ckj/2ckj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ck/2ckj/2ckj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ck/2ckj/2ckj.dat

Human milk xanthine oxidoreductase

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction