SAXSdb — 2dk1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WW domain-binding protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 124–163	片段：WW domain	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：0.8mM U-15N/13C; 20mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2DK1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JXW Solution Structure of the Tandem WW Domains of FBP21 提交 2007-11-30	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–196（75 aa）片段：WW Domian	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；293 K；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 1 NMR样品组成 1.0mM [U-99% 13C; U-99% 15N] FBP21; 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5mM [U-99% 15N] FBP21; 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 Q 1–376（376 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric	链 X 1–376（376 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7OS1 Cryo-EM structure of Brr2 in complex with Fbp21 提交 2021-06-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 199–376（178 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric	链 4I 1–376（376 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric	链 4I 1–376（376 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8Q7N cryo-EM structure of the human spliceosomal B complex protomer (tri-snRNP core region) 提交 2023-08-16	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：21-meric	链 X 1–376（376 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric	链 X 1–376（376 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.29 Å
8QPE Cryo-EM Structure of Pre-B-like Complex (core part) 提交 2023-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：20-meric	链 X 1–376（376 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric	链 X 1–376（376 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WBP4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–44； UniProt 124–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dk1
沉积日期 deposition_date	2006-04-06
结构标题 title	Solution structure of WW domain in WW domain binding protein 4 (WBP-4)
关键词 keywords	;WW domain, WW domain-binding protein 4, WBP-4, Formin-binding protein 21, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, GENE REGULATION ;; GENE REGULATION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.57 Å
零角强度 I(0) i0	180915000.00
分子量 molecular_weight	106250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129910 Å³
包络体积 envelope_volume	27127 Å³
水化壳体积 shell_volume	13820 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.1 Å
壳层 Rg shell_rg	22.58 Å
包络 Rg envelope_rg	17.84 Å
形状 Rg shape_rg	12.49 Å
总 Rg total_rg	13.19 Å
总原子数 total_atoms	14300
残基数 n_residues	1000
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.4 Å
Rg (实空间) rg_real	13.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	180900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8061
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.481
峰度 Kurtosis kurtosis	0.058
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	74740.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.619; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.622; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2dk1a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.72 — WW domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.72.1 — WW domain
家族 Family family	b.72.1.1 — WW domain

结构域编号 domain_id	d2dk1a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2dk1a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2dk1A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	70 — Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	WW domain-binding protein 4
分子量 formula_weight	5336.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14300

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cell free synthesis

fit	/app/data/saxs_computation/dk/2dk1/2dk1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/2dk1/2dk1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/2dk1/2dk1.dat

Solution structure of WW domain in WW domain binding protein 4 (WBP-4)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

WW domain-binding protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)