2dnw

Solution structure of RSGI RUH-059, an ACP domain of acyl carrier protein, mitochondrial [Precursor] from human cDNA

Method: SOLUTION NMR D_max: 54.9 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl carrier protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 69–156	片段：acyl carrier protein	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：0.91mM RSGI RUH-059 U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2DNW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5OOL Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA 提交 2017-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.45；2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample incubated for 30 s prior to freezing.	分辨率 3.06 Å
5OOM Structure of a native assembly intermediate of the human mitochondrial ribosome with unfolded interfacial rRNA 提交 2017-08-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.45；2 mM Synercid (Santa Cruz Biotechnology, Inc) was added to reduce preferential orientation. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample incubated for 30 s prior to freezing.	分辨率 3.03 Å
5XTB Cryo-EM structure of human respiratory complex I matrix arm 提交 2017-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 G 72–156（85 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
5XTC Cryo-EM structure of human respiratory complex I transmembrane arm 提交 2017-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric	链 X 72–156（85 aa）	未记录	PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 9 CDL CARDIOLIPIN × 5 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
5XTD Cryo-EM structure of human respiratory complex I 提交 2017-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 G 72–156（85 aa）链 X 72–156（85 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 9 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 CDL CARDIOLIPIN × 5 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
5XTH Cryo-EM structure of human respiratory supercomplex I1III2IV1 提交 2017-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：80-meric	链 G 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-156 链 X 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-156	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 12 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 4 CDL CARDIOLIPIN × 14 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 10 CU COPPER (II) ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 HEA HEME-A × 2 ZN ZINC ION × 1 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
5XTI Cryo-EM architecture of human respiratory chain megacomplex-I2III2IV2 提交 2017-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 138 PDB 声明：138-meric	链 BG 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-196 链 BX 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-196 链 G 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-196 链 X 72–156（85 aa）片段：UNP RESIDUES 72-196	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 12 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 21 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 4 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 6 CDL CARDIOLIPIN × 19 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 14 CU COPPER (II) ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2 HEA HEME-A × 4 ZN ZINC ION × 2 HEC HEME C × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 17.40 Å
6ODD Crystal structure of the human complex ACP-ISD11 提交 2019-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 72–156（85 aa）	未记录	8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol)	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
6ODD Crystal structure of the human complex ACP-ISD11 提交 2019-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 72–156（85 aa）	未记录	8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；The drop was a 1:1 mix of protein (in 10 mM Tris buffer, 25 mM NaCl, pH 7.5) and reservoir solution (0.1 M Tris pH 9.1, 0.1 M CaCl2, 23% tert-butanol)	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
7A5H Structure of the split human mitoribosomal large subunit with rescue factors mtRF-R and MTRES1 提交 2020-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7A5J Structure of the split human mitoribosomal large subunit with P-and E-site mt-tRNAs 提交 2020-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric	链 w 1–156（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 92 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7O9K Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1, the MALSU module, GTPBP5 and mtEF-Tu 提交 2021-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：69-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 93 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7O9M Human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate with MTERF4-NSUN4, MRM2, MTG1 and the MALSU module 提交 2021-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 104 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
7ODR State A of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 97 K POTASSIUM ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging	分辨率 2.90 Å
7ODS State B of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 88 K POTASSIUM ION × 8 N ANY 5'-MONOPHOSPHATE NUCLEOTIDE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging	分辨率 3.10 Å
7ODT State C of the human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 提交 2021-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 95 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 10 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；4 uL of the sample was blotted for 2-6 sec before plunging	分辨率 3.10 Å
7OF0 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset1). 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 61	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å
7OF2 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with GTPBP6. 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 85 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7OF3 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 (dataset2). 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 58 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7OF5 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset2). 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 70 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
7OF7 Structure of a human mitochondrial ribosome large subunit assembly intermediate in complex with MTERF4-NSUN4 and GTPBP5 (dataset1). 提交 2021-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：57-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 74	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
7OI6 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 1 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 48 ZN ZINC ION × 1 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.70 Å
7OI7 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 2 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 49 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7OI8 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3A 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7OI9 Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 3B 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7OIC Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 4 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 76 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7OID Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5A 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7OIE Cryo-EM structure of late human 39S mitoribosome assembly intermediates, state 5B 提交 2021-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7PD3 Structure of the human mitoribosomal large subunit in complex with NSUN4.MTERF4.GTPBP7 and MALSU1.L0R8F8.mt-ACP 提交 2021-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 91 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7PO4 Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome large subunit (largely unfolded rRNA with MALSU1, L0R8F8 and ACP) 提交 2021-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 zc 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 35 K POTASSIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.56 Å
7QH6 Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 1 提交 2021-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
7QH7 Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 4 提交 2021-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：49-meric	链 w 74–152（79 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 50 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
8K2B Cryo-EM structure of the human 39S mitoribosome with Tigecycline 提交 2023-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 95 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 3 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8PK0 human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 1 with GTPBP10-GTPBP7 提交 2023-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 96 K POTASSIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8QSJ Human mitoribosomal large subunit assembly intermediate 2 with GTPBP7 提交 2023-10-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：58-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 38 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 PM8 S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8QU5 mt-LSU assembly intermediate in GTPBP8 knock-out cells, state 2 提交 2023-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：55-meric	链 w 1–156（156 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 48 PNS 4'-PHOSPHOPANTETHEINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.42 Å
9CWT Human kidney respiratory complex I 提交 2024-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 G 1–156（156 aa）链 X 1–156（156 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 ZMP S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
9I4I High resolution Cryo-EM structure of human complex I in mitochondria 提交 2025-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 H 1–156（156 aa）链 X 1–156（156 aa）	未记录	PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 7 CDL CARDIOLIPIN × 6 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 7 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
9N50 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8aBr-mACP 提交 2025-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 69–156（88 aa）	未记录	A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.50 Å
9N51 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP 提交 2025-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 69–156（88 aa）	未记录	A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.31 Å R-free 0.273
9N51 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP 提交 2025-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 69–156（88 aa）	未记录	A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6	分辨率 2.31 Å R-free 0.273
9PRA In Situ Structure of the Human Mitoribosome Large Subunit 39S in Complex with EF-Tu 提交 2025-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：66-meric	链 Af 1–156（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 36 MG MAGNESIUM ION × 141 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SPD SPERMIDINE × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 VAL VALINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å
9TI4 High resolution Cryo-EM structure of human complex I in mitochondria 提交 2025-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric	链 H 72–156（85 aa）链 X 72–156（85 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 7 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 7 ZN ZINC ION × 1 CDL CARDIOLIPIN × 6 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES-KOH pH=7.5, 50 mM KCl, 20 mM Mg(OAc)2, 0.01% (v/v) Lauryl Maltose Neopentyl Glycol (LMNG), 0.001 % cardiolipin, 0.001 % glycol-diosgenin (GDN, Sigma-Aldrich), 0.1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.66 Å

共 41 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACPM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–93； UniProt 69–156

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dnw
沉积日期 deposition_date	2006-04-26
结构标题 title	Solution structure of RSGI RUH-059, an ACP domain of acyl carrier protein, mitochondrial [Precursor] from human cDNA
关键词 keywords	;acyl carrier protein, ACP, fatty acid biosynthesis, mitochondria, NADH:ubiquinone oxidereductase, structural genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.05 Å
零角强度 I(0) i0	662355000.00
分子量 molecular_weight	218590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	273540 Å³
包络体积 envelope_volume	42176 Å³
水化壳体积 shell_volume	18358 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.86 Å
包络 Rg envelope_rg	20.36 Å
形状 Rg shape_rg	14.03 Å
总 Rg total_rg	14.43 Å
总原子数 total_atoms	30220
残基数 n_residues	1980
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.9 Å
Rg (实空间) rg_real	14.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	662400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6823
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	15.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.495
峰度 Kurtosis kurtosis	0.122
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	716800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.349; Stabil: 0.989; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.850; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2dnwa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.1 — ACP-like
家族 Family family	a.28.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2dnwa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2dnwa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2dnwA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ACP-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

描述 description	Acyl carrier protein
分子量 formula_weight	10968.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	30220

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cell free synthesis

fit	/app/data/saxs_computation/dn/2dnw/2dnw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dn/2dnw/2dnw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dn/2dnw/2dnw.dat