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2dpd

Crystal structure of the Replication Termination Protein in complex with a pseudosymmetric B-site

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication termination protein

Bacillus subtilis

UniProt P68732

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–122 链 B； UniProt 1–122 突变：C110S 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*AP*TP*AP*G)-3' × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25% MPD, 75mM sodium acetate pH 4.6, 20mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.17 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2DPD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BM9 REPLICATION TERMINATOR PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS 提交 1998-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.281
1BM9 REPLICATION TERMINATOR PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS 提交 1998-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.281
1F4K CRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATOR PROTEIN/B-SITE DNA COMPLEX 提交 2000-06-08 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–122（122 aa）
链 B 1–122（122 aa）
突变：C110S 突变：C110S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；5% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.276
1J0R Crystal structure of the replication termination protein mutant C110S 提交 2002-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–122（122 aa）
突变：C110S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；22% PEG 2000, 150mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.279
1J0R Crystal structure of the replication termination protein mutant C110S 提交 2002-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–122（122 aa）
突变：C110S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；22% PEG 2000, 150mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.279
2DPU Crystal structure of the replication termination protein in complex with a pseudosymmetric 21mer B-site DNA 提交 2006-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 8–129（122 aa）
突变：C110S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；1.75M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.10 Å R-free 0.306
2DQR Crystal structure of the replication terminator protein mutant RTP.E39K.R42Q 提交 2006-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–122（122 aa）
链 B 1–122（122 aa）
突变：E39K,R42Q 突变：E39K,R42Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；22% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.225M Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.01 Å R-free 0.276
2DQR Crystal structure of the replication terminator protein mutant RTP.E39K.R42Q 提交 2006-05-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–122（122 aa）
链 D 1–122（122 aa）
突变：E39K,R42Q 突变：E39K,R42Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；22% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.225M Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.01 Å R-free 0.276
2EFW Crystal structure of the RTP:nRB complex from Bacillus subtilis 提交 2007-02-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–122（122 aa）
链 B 1–122（122 aa）
突变：C110S 突变：C110S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；2% PEG 4000, 125mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.332
2EFW Crystal structure of the RTP:nRB complex from Bacillus subtilis 提交 2007-02-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–122（122 aa）
链 G 1–122（122 aa）
突变：C110S 突变：C110S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；2% PEG 4000, 125mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.332

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RTP_BACSU
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2dpd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2dpd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2dpd
沉积日期 deposition_date2006-05-09
结构标题 titleCrystal structure of the Replication Termination Protein in complex with a pseudosymmetric B-site
关键词 keywordswinged-helix protein-DNA complex, Replication Termination, Fork Arrest Mechanism, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.92 Å
零角强度 I(0) i035909200.00
分子量 molecular_weight40370.0 kDa
排除体积 excluded_volume47985 ų
包络体积 envelope_volume59116 ų
水化壳体积 shell_volume22304 ų
包络直径 envelope_diameter85.2 Å
壳层 Rg shell_rg28.92 Å
包络 Rg envelope_rg23.12 Å
形状 Rg shape_rg22.88 Å
总 Rg total_rg23.68 Å
总原子数 total_atoms2794
残基数 n_residues274
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.9 Å
Rg (实空间) rg_real23.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real3.5910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal35910000.0000
解质量估计 total_estimate0.7909
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary26.1 Å
偏度 Skewness skewness0.438
峰度 Kurtosis kurtosis-0.223
角度范围 angular_range— – 0.3400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4177000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.928; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2dpda_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.7 — Replication terminator protein (RTP)
结构域编号 domain_idd2dpdb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.7 — Replication terminator protein (RTP)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2dpdA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2dpdB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)