SAXSdb — 2dpu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication termination protein

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 4 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 8–129	突变：C110S	5'-D(PAPTPGPTPTPCPAPTPAPG)-3' × 2 5'-D(CPTPAPTPGPAPAPCPAPTP*T)-3' × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；1.75M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2DPU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BM9 REPLICATION TERMINATOR PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS 提交 1998-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.281
1BM9 REPLICATION TERMINATOR PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS 提交 1998-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.281
1F4K CRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATOR PROTEIN/B-SITE DNA COMPLEX 提交 2000-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：C110S 突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；5% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
1J0R Crystal structure of the replication termination protein mutant C110S 提交 2002-11-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）	突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；22% PEG 2000, 150mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.279
1J0R Crystal structure of the replication termination protein mutant C110S 提交 2002-11-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–122（122 aa）	突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；22% PEG 2000, 150mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.279
2DPD Crystal structure of the Replication Termination Protein in complex with a pseudosymmetric B-site 提交 2006-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：C110S 突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25% MPD, 75mM sodium acetate pH 4.6, 20mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.17 Å R-free 0.278
2DQR Crystal structure of the replication terminator protein mutant RTP.E39K.R42Q 提交 2006-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：E39K,R42Q 突变：E39K,R42Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；22% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.225M Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.01 Å R-free 0.276
2DQR Crystal structure of the replication terminator protein mutant RTP.E39K.R42Q 提交 2006-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–122（122 aa）链 D 1–122（122 aa）	突变：E39K,R42Q 突变：E39K,R42Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；22% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.225M Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.01 Å R-free 0.276
2EFW Crystal structure of the RTP:nRB complex from Bacillus subtilis 提交 2007-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：C110S 突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；2% PEG 4000, 125mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.332
2EFW Crystal structure of the RTP:nRB complex from Bacillus subtilis 提交 2007-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–122（122 aa）链 G 1–122（122 aa）	突变：C110S 突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；2% PEG 4000, 125mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.332

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RTP_BACSU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 8–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dpu
沉积日期 deposition_date	2006-05-15
结构标题 title	Crystal structure of the replication termination protein in complex with a pseudosymmetric 21mer B-site DNA
关键词 keywords	protein-DNA complex, winged-helix, DNA replication, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.56 Å
零角强度 I(0) i0	9684960.00
分子量 molecular_weight	20058.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23861 Å³
包络体积 envelope_volume	30146 Å³
水化壳体积 shell_volume	15030 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.6 Å
壳层 Rg shell_rg	22.91 Å
包络 Rg envelope_rg	18.00 Å
形状 Rg shape_rg	17.51 Å
总 Rg total_rg	18.50 Å
总原子数 total_atoms	1388
残基数 n_residues	135
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6850e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9685000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8325
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.395
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.045
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1241000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.643; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.890; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(PAPTPGPTPTPCPAPTPAPG)-3'
分子量 formula_weight	3059.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	1396

ATGTTCATAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPTPAPTPGPAPAPCPAPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	3332.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CTATGAACATT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Replication termination protein
分子量 formula_weight	14531.1 kDa
突变 mutation	C110S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKEEKRSSTGFLVKQRAFLKLYMITMTEQERLYGLKLLEVLRSEFKEIGFKPNHTEVYRSLHELLDDGILKQIKVKKEGAKLQEVVLYQFKDYEAAKLYKKQLKVELDRSKKLIEKALSDNF

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2dpua_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.7 — Replication terminator protein (RTP)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2dpuA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.049 Å
晶胞边长 b length_b	73.049 Å
晶胞边长 c length_c	68.411 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 62
空间群编号 int_tables_number	171
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2061
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.3061

fit	/app/data/saxs_computation/dp/2dpu/2dpu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dp/2dpu/2dpu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dp/2dpu/2dpu.dat

Crystal structure of the replication termination protein in complex with a pseudosymmetric 21mer B-site DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication termination protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)