SAXSdb — 2dqm

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dqm
沉积日期 deposition_date	2006-05-29
结构标题 title	Crystal Structure of Aminopeptidase N complexed with bestatin
关键词 keywords	clan MA, family M1, gluzincin metallopeptidase, inhibitor complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.05 Å
零角强度 I(0) i0	158042000.00
分子量 molecular_weight	99090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123570 Å³
包络体积 envelope_volume	147180 Å³
水化壳体积 shell_volume	42394 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.64 Å
包络 Rg envelope_rg	28.14 Å
形状 Rg shape_rg	28.07 Å
总 Rg total_rg	28.73 Å
总原子数 total_atoms	6982
残基数 n_residues	867
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	158000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8782
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.271
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.250
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.994

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Aminopeptidase N
分子量 formula_weight	99028.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7928

MTQQPQAKYRHDYRAPDYQITDIDLTFDLDAQKTVVTAVSQAVRHGASDAPLRLNGEDLKLVSVHINDEPWTAWKEEEGALVISNLPERFTLKIINEISPAANTALEGLYQSGDALCTQCEAEGFRHITYYLDRPDVLARFTTKIIADKIKYPFLLSNGNRVAQGELENGRHWVQWQDPFPKPCYLFALVAGDFDVLRDTFTTRSGREVALELYVDRGNLDRAPWAMTSLKNSMKWDEERFGLEYDLDIYMIVAVDFFNMGAMENKGLNIFNSKYVLARTDTATDKDYLDIERVIGHEYFHNWTGNRVTCRDWFQLSLKEGLTVFRDQEFSSDLGSRAVNRINNVRTMRGLQFAEDASPMAHPIRPDMVIEMNNFYTLTVYEKGAEVIRMIHTLLGEENFQKGMQLYFERHDGSAATCDDFVQAMEDASNVDLSHFRRWYSQSGTPIVTVKDDYNPETEQYTLTISQRTPATPDQAEKQPLHIPFAIELYDNEGKVIPLQKGGHPVNSVLNVTQAEQTFVFDNVYFQPVPALLCEFSAPVKLEYKWSDQQLTFLMRHARNDFSRWDAAQSLLATYIKLNVARHQQGQPLSLPVHVADAFRAVLLDEKIDPALAAEILTLPSVNEMAELFDIIDPIAIAEVREALTRTLATELADELLAIYNANYQSEYRVEHEDIAKRTLRNACLRFLAFGETHLADVLVSKQFHEANNMTDALAALSAAVAAQLPCRDALMQEYDDKWHQNGLVMDKWFILQATSPAANVLETVRGLLQHRSFTMSNPNRIRSLIGAFAGSNPAAFHAEDGSGYLFLVEMLTDLNSRNPQVASRLIEPLIRLKRYDAKRQEKMRAALEQLKGLENLSGDLYEKITKALA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID
分子量 formula_weight	308.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	946

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2dqmA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1730 — tricorn interacting facor f3 domain

结构域编号 domain_id	2dqmA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2010 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	2dqmA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	390 — Neutral Protease; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neutral Protease Domain 2

结构域编号 domain_id	2dqmA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1840 — Aminopeptidase N, middle-beta domain

结构域编号 domain_id	2dqmA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	50 — Zincin-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	120.417 Å
晶胞边长 b length_b	120.417 Å
晶胞边长 c length_c	170.859 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.1940

fit	/app/data/saxs_computation/dq/2dqm/2dqm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dq/2dqm/2dqm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dq/2dqm/2dqm.dat

Crystal Structure of Aminopeptidase N complexed with bestatin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction