SAXSdb — 2e3i

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Restin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 56–141	片段：CAP-Gly domain 1	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2E3I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CP5 Solution structure of the 1st CAP-Gly domain in human CLIP-170/restin 提交 2005-05-19	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–128（128 aa）片段：CAP-Gly domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1mM protein, 20mM d-Tris-HCl, pH7.0, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2CP6 Solution structure of the 2nd CAP-Gly domain in human CLIP-170/restin 提交 2005-05-19	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 181–339（159 aa）片段：CAP-Gly domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 1mM protein, 20mM d-Tris-HCl, pH7.0, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2E3H Crystal structure of the CLIP-170 CAP-Gly domain 2 提交 2006-11-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 211–300（90 aa）片段：CAP-Gly domain 2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.215
2E4H Solution structure of cytoskeletal protein in complex with tubulin tail 提交 2006-12-08	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 203–300（98 aa）片段：CAP-Gly domain 2, residues 203-300	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；303 K；压力 ambient NMR样品组成 0.9mM U-15N,13C CLIP: Nonlabel tubulin; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9mM U-15N CLIP: Nonlabel tubulin; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9mM U-15N,13C tubulin: Nonlabel CLIP; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9mM U-15N tubulin: Nonlabel CLIP; 30mM BisTris buffer K; 1mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2HQH Crystal structure of p150Glued and CLIP-170 提交 2006-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427 链 F 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427 链 G 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427 链 H 1405–1427（23 aa）片段：second zinc finger domain, residues 1405-1427	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；4M sodium formate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
2QK0 Structural Basis of Microtubule Plus End Tracking by XMAP215, CLIP-170 and EB1 提交 2007-07-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 57–128（72 aa）片段：Cap-Gly domain 1	突变：L124M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；1.2 M Sodium malonate, 100 mM Glycine, 1.1 mM Lanthanum chloride, Protein concentration 15 mg/ml, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
3E2U Crystal structure of the zink-knuckle 2 domain of human CLIP-170 in complex with CAP-Gly domain of human dynactin-1 (p150-GLUED) 提交 2008-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1388–1427（40 aa）片段：Zn-knuckle 2	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3E2U Crystal structure of the zink-knuckle 2 domain of human CLIP-170 in complex with CAP-Gly domain of human dynactin-1 (p150-GLUED) 提交 2008-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1388–1427（40 aa）片段：Zn-knuckle 2	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3E2U Crystal structure of the zink-knuckle 2 domain of human CLIP-170 in complex with CAP-Gly domain of human dynactin-1 (p150-GLUED) 提交 2008-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1388–1427（40 aa）片段：Zn-knuckle 2	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3E2U Crystal structure of the zink-knuckle 2 domain of human CLIP-170 in complex with CAP-Gly domain of human dynactin-1 (p150-GLUED) 提交 2008-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1388–1427（40 aa）片段：Zn-knuckle 2	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3E2U Crystal structure of the zink-knuckle 2 domain of human CLIP-170 in complex with CAP-Gly domain of human dynactin-1 (p150-GLUED) 提交 2008-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1388–1427（40 aa）片段：Zn-knuckle 2 链 F 1388–1427（40 aa）片段：Zn-knuckle 2 链 G 1388–1427（40 aa）片段：Zn-knuckle 2 链 H 1388–1427（40 aa）片段：Zn-knuckle 2	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.2M Trisodium Citrate, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3RDV Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex 提交 2011-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 56–127（72 aa）片段：CAP-Gly 1 domain, residues 56-127	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
3RDV Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex 提交 2011-04-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 56–127（72 aa）片段：CAP-Gly 1 domain, residues 56-127	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
3RDV Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex 提交 2011-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 56–127（72 aa）片段：CAP-Gly 1 domain, residues 56-127	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
3RDV Structure of the SLAIN2c-CLIPCG1 complex 提交 2011-04-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 56–127（72 aa）片段：CAP-Gly 1 domain, residues 56-127	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；298 K；36% PEG 6000, 100mM citric acid, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229

共 8 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	REST_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–86； UniProt 56–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2e3i
沉积日期 deposition_date	2006-11-26
结构标题 title	Crystal structure of the CLIP-170 CAP-Gly domain 1
关键词 keywords	CAP-Gly, Cytoplasmic linker, tubulin binding, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.11 Å
零角强度 I(0) i0	1594060.00
分子量 molecular_weight	8640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	10874 Å³
包络体积 envelope_volume	12436 Å³
水化壳体积 shell_volume	9016 Å³
包络直径 envelope_diameter	42.5 Å
壳层 Rg shell_rg	17.46 Å
包络 Rg envelope_rg	12.67 Å
形状 Rg shape_rg	12.08 Å
总 Rg total_rg	13.55 Å
总原子数 total_atoms	612
残基数 n_residues	78
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	44.9 Å
Rg (实空间) rg_real	13.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5940e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8700e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1594000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8833
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.206
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.321
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	236200.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.971

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2e3ia_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.10 — Cap-Gly domain
家族 Family family	b.34.10.1 — Cap-Gly domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2e3iA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	190 — CAP Gly-rich-like domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	89.298 Å
晶胞边长 b length_b	27.117 Å
晶胞边长 c length_c	30.508 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2352
R_free r_free	0.2585

描述 description	Restin
分子量 formula_weight	9504.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	667

Crystal structure of the CLIP-170 CAP-Gly domain 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Restin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

fit	/app/data/saxs_computation/e3/2e3i/2e3i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e3/2e3i/2e3i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e3/2e3i/2e3i.dat