2eqd

Crystal structure of Cel44A, GH family 44 endoglucanase from Clostridium thermocellum

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2eqd
沉积日期 deposition_date	2007-03-30
结构标题 title	Crystal structure of Cel44A, GH family 44 endoglucanase from Clostridium thermocellum
关键词 keywords	TIM-barrel, TIM-like barrel, beta-sandwich, The composite domain of GH family 5, 30, 39, 51, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.43 Å
零角强度 I(0) i0	55911400.00
分子量 molecular_weight	58421.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72930 Å³
包络体积 envelope_volume	80856 Å³
水化壳体积 shell_volume	28457 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.09 Å
包络 Rg envelope_rg	23.69 Å
形状 Rg shape_rg	23.41 Å
总 Rg total_rg	24.31 Å
总原子数 total_atoms	4127
残基数 n_residues	510
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.5 Å
Rg (实空间) rg_real	24.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8841
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.299
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Endoglucanase
分子量 formula_weight	57687.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.4, 3.2.1.151
突变 mutation	E186Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4180

GSRSEPAKVVDIRIDTSAERKPISPYIYGSNQELDATVTAKRFGGNRTTGYNWENNFSNAGSDWLHYSDTYLLEDGGVPKGEWSTPASVVTTFHDKALSKNVPYTLITLQAAGYVSADGNGPVSQEETAPSSRWKEVKFEKGAPFSLTPDTEDDYVYMDEFVNYLVNKYGNASTPTGIKGYSIDNQPALWSHTHPRIHPDNVTAKELIEKSVALSKAVKKVDPYAEIFGPALYGFAAYETLQSAPDWGTEGEGYRWFIDYYLDKMKKASDEEGKRLLDVLDVHWYPEARGGGERICFGADPRNIETNKARLQAPRTLWDPTYIEDSWIGQWKKDFLPILPNLLDSIEKYYPGTKLAITEYDYGGGNHITGGIAQADVLGIFGKYGVYLATFWGDASNNYTEAGINLYTNYDGKGGKFGDTSVKCETSDIEVSSAYASIVGEDDSKLHIILLNKNYDQPTTFNFSIDSSKNYTIGNVWAFDRGSSNITQRTPIVNIKDNTFTYTVPALTACHIVLEAAEP

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium thermocellum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1515
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	;beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1315.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2eqdA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	2eqdA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.486 Å
晶胞边长 b length_b	59.299 Å
晶胞边长 c length_c	168.709 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.870 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/eq/2eqd/2eqd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eq/2eqd/2eqd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eq/2eqd/2eqd.dat