2eex

Crystal structure of Cel44A, GH family 44 endoglucanase from Clostridium thermocellum

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2eex
沉积日期 deposition_date	2007-02-19
结构标题 title	Crystal structure of Cel44A, GH family 44 endoglucanase from Clostridium thermocellum
关键词 keywords	TIM barrel, The composite domain of GH family 5, 30, 39, 51, GH family 44, glycoside hydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.47 Å
零角强度 I(0) i0	54675800.00
分子量 molecular_weight	57769.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72124 Å³
包络体积 envelope_volume	80859 Å³
水化壳体积 shell_volume	28400 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.2 Å
壳层 Rg shell_rg	31.15 Å
包络 Rg envelope_rg	23.72 Å
形状 Rg shape_rg	23.45 Å
总 Rg total_rg	24.37 Å
总原子数 total_atoms	4083
残基数 n_residues	509
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8837
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.313
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Endoglucanase
分子量 formula_weight	57687.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.4, 3.2.1.151
突变 mutation	E186Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4542

GSRSEPAKVVDIRIDTSAERKPISPYIYGSNQELDATVTAKRFGGNRTTGYNWENNFSNAGSDWLHYSDTYLLEDGGVPKGEWSTPASVVTTFHDKALSKNVPYTLITLQAAGYVSADGNGPVSQEETAPSSRWKEVKFEKGAPFSLTPDTEDDYVYMDEFVNYLVNKYGNASTPTGIKGYSIDNQPALWSHTHPRIHPDNVTAKELIEKSVALSKAVKKVDPYAEIFGPALYGFAAYETLQSAPDWGTEGEGYRWFIDYYLDKMKKASDEEGKRLLDVLDVHWYPEARGGGERICFGADPRNIETNKARLQAPRTLWDPTYIEDSWIGQWKKDFLPILPNLLDSIEKYYPGTKLAITEYDYGGGNHITGGIAQADVLGIFGKYGVYLATFWGDASNNYTEAGINLYTNYDGKGGKFGDTSVKCETSDIEVSSAYASIVGEDDSKLHIILLNKNYDQPTTFNFSIDSSKNYTIGNVWAFDRGSSNITQRTPIVNIKDNTFTYTVPALTACHIVLEAAEP

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium thermocellum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1515
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	828.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	459

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2eexA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	2eexA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.944 Å
晶胞边长 b length_b	59.120 Å
晶胞边长 c length_c	171.113 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.720 Å
R 因子 r_factor	0.1650
R_work r_work	0.1650
R_free r_free	0.2010

fit	/app/data/saxs_computation/ee/2eex/2eex.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ee/2eex/2eex.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ee/2eex/2eex.dat